đŸ‘€ J.K. Barton

🔍 Search 📋 Browse đŸ·ïž Tags ❀ Favourites ➕ Add 🧬 Extraction
4
Articles
4
Name variants
Also published as: G. J. Barton, G.J. Barton, WA Barton
articles
L. Volpicella, G. Punzi, V. Porcelli +494 more · 2025 · Biomolecules · MDPI · added 2026-04-20
L. Volpicella, G. Punzi, V. Porcelli, N. Gambacorta, L. Trisolini, C.L. Pierri, A. De Grassi, D.M. Muoio, R.C. Noland, J.P. Kovalik, S.E. Seiler, M.N. Davies, K.L. Debalsi, O.R. Ilkayeva, R.D. Stevens, I. Kheterpal, J. Zhang, J. Hsu, N. Fatuzzo, N. Weng, W. Michno, W. Dong, M. Kienle, Y. Dai, A. Pasca, M. Abu-Remaileh, N. Rasgon, R.R. Ramsay, R.D. Gandour, F.R. van der Leij, M.A.K. Westin, M.C. Hunt, S.E.H. Alexson, O.J. Martin, D.H. Slentz, J. An, C.B. Newgard, T.R. Koves, K.H. Fisher-Wellman, C.-T. Lin, T.E. Ryan, L.R. Reese, L.A.A. Gilliam, B.L. Cathey, D.S. Lark, C.D. Smith, P.D. Neufer, J.R. Gooding, K.E. Wong, A.H. Wittmann, L. Lindeboom, L. Kjalarsdottir, J.W. Thompson, L.G. Dubois, M.J. Brosnan, T.P. Rolph, P.A. Grimsrud, V. Mezhnina, R. Pearce, A. Poe, N. Velingkaar, A. Astafev, O.P. Ebeigbe, K. Makwana, Y. Sandlers, R.V. Kondratov, M.A.B. Melone, A. Valentino, S. Margarucci, U. Galderisi, A. Giordano, G. Peluso, N.D. Amoedo, S. Sarlak, E. Obre, P. Esteves, H. BĂ©gueret, Y. Kieffer, B. Rousseau, A. Dupis, J. Izotte, N. Bellance, N. Giangregorio, A. Tonazzi, G. Incampo, V. Tragni, C. Indiveri, G. Fiermonte, E. Paradies, S. Todisco, C.M.T. Marobbio, F. Palmieri, T. Haitina, J. Lindblom, T. Renström, R. Fredriksson, A. Vozza, F. De Leonardis, G. Parisi, F.M. Lasorsa, L. Muto, L. Capobianco, G. Agrimi, A. Russo, P. Scarcia, V.A. Zammit, G. Jogl, L. Tong, A.C. Rufer, R. Thoma, M. Hennig, Y.S. Hsiao, I. Lasheras-Otero, I. Feliu, A. Maillo, H. Moreno, M. Redondo-Muñoz, P. Aldaz, A. Bocanegra, A. Olias-Arjona, F. Lecanda, J. Fernandez-Irigoyen, B. Musio, V. Pesce, M.M. Cavalluzzi, G. Petrosillo, G. La Piana, M.N. Sgobba, N. SchlosserovĂĄ, L. Cafferati Beltrame, R. Di Lorenzo, G. Primiano, A. Tummolo, G. Paterno, R. Gorgoglione, M. Volpicella, V. Iacobazzi, V. Infantino, P. Convertini, L. Console, C. Lanave, C. Saccone, S.M. Houten, R.J.A. Wanders, D. Lacombe, R. Rossignol, C. Caggese, D. D’Elia, G. Pesole, M. Montaruli, L. Laera, F. Colella, V. Scaglione, S. Barile, A.L. Francavilla, D.I. De Luca, X. Wang, C. Yang, C. Huang, W. Wang, G. Chen, B. Bao, Y. Cheng, M. Tian, J. Song, L. Zheng, Q. Tong, R. Vishwa, B. BharathwajChetty, S. Girisa, B.S. Aswani, M.S. Alqahtani, M. Abbas, M. Hegde, A.B. Kunnumakkara, L.T.M. Le, J.R. Thompson, P.X. Dang, J. Bhandari, A. Alam, K. Zacharowski, B. Blackburn, C. Thiemermann, R. Shi, Y. Zhang, Y. Shi, S. Shi, L. Jiang, K. Jaudzems, J. Kuka, A. Gutsaits, K. Zinovjevs, I. Kalvinsh, E. Liepinsh, M. Dambrova, M. Tsoko, F. Beauseigneur, J. Gresti, I. Niot, J. Demarquoy, J. Boichot, J. Bezard, L. Rochette, P. Clouet, M. Kuwajima, H. Harashima, M. Hayashi, S. Ise, M. Sei, K.-m. Lu, H. Kiwada, Y. Sugiyama, K. Shima, D.L. Jenkins, O.W. Griffith, L.T. Izzo, S. Trefely, C. Demetriadou, J.M. Drummond, T. Mizukami, N. Kuprasertkul, A.T. Farria, P.T.T. Nguyen, N. Murali, L. Reich, H. Mao, A. Angelini, S. Li, G. Wang, L. Li, C. Patterson, X. Pi, L. Xie, A.G. Cordente, E. LĂłpez-Viñas, M.I. VĂĄzquez, P. GĂłmez-Puertas, G. Asins, D. Serra, F.G. Hegardt, L. Govindasamy, T. Kukar, W. Lian, B. Pedersen, Y. Gu, M. Agbandje-McKenna, S. Jin, R. McKenna, D. Wu, A.R. Kim, R.J. Rylett, B.H. Shilton, Y. Cai, C.N. Cronin, A.G. Engel, K. Ohno, L.B. Hersh, D.W. Rodgers, J.D. McGarry, N.F. Brown, A. Mattevi, A.M. Waterhouse, J.B. Procter, D.M.A. Martin, M. Clamp, G.J. Barton, M.A. Larkin, G. Blackshields, N.P. Brown, R. Chenna, P.A. McGettigan, H. McWilliam, F. Valentin, I.M. Wallace, A. Wilm, R. Lopez, J.F. Chase, S. Violante, L. Ijlst, J. Ruiter, J. Koster, H. van Lenthe, M. Duran, I.T. de Almeida, F.V. Ventura, P.K. Tubbs, M. Morillas, B. RubĂ­, J. Clotet, J. Ariño, A. Valencia, K. Kashfi, R.L. Mynatt, E.A. Park, G.A. Cook, R.J. Wanders, W.L. Delano, S. Bromberg, A.C. Wallace, R.A. Laskowski, J.M. Thornton, T.R. Altamimi, P.D. Thomas, A.M. Darwesh, N. Fillmore, M.U. Mahmoud, L. Zhang, A. Gupta, R. Al Batran, J.M. Seubert, G.D. Lopaschuk, M.A. Schroeder, H.J. Atherton, M.S. Dodd, P. Lee, L.E. Cochlin, G.K. Radda, K. Clarke, D.J. Tyler, A. Pop, M. Williams, E.A. Struys, M. MonnĂ©, E.E.W. Jansen, W.A. Kanhai, M.R.F. Ojeda, A. Tessa, C. Dionisi-Vici, M.R. Baumgartner, Y.H. Chien, C. Loguercio, H.O. De Baulny, M.-C. Nassogne, M. Schiff, R. Wibom, V. Töhönen, M. Barbaro, F.H. Sterky, T. Kucinski, K. Naess, M. Jonsson, S. Edvardson, C. Jalas, D. Soiferman, Y. Kellner, A. Shaag, S.H. Korman, N.D. Fraenkel, M. Ruggiu, M.F. Hossain, A. Menga, A. Castegna, F. Invernizzi, S. Baratta, R. Pons, W. Chung, B. Garavaglia, A. Ribes, R. Parini, M.D. Huertas, M.A. Shahroor, I. Dweikat, M.A. Di Noia, M. Gur, G. Agostino, T. Rinaldi, G. Gasparre, A. Onofrio, G. Redavid, A. Santarsiero, N.C. Williams, D. Iacobazzi, G. De Stefano, L.A.J. O’Neill, X. Li, F. Zhao, Z. Zhao, X. Zhao, H. Meng, D. Zhang, S. Zhao, M. Ding, C. Amat di San Filippo, M.R.G. Taylor, L. Mestroni, L.D. Botto, N. Longo, K. GotvaldovĂĄ, J. Ć pačkovĂĄ, K. SmolkovĂĄ, G. Benard, F. Furt, H. Begueret, E. Passerieux, J.P. Delage, J.M. Baste, P. Moreau, J. NovotnĂœ, K. BaslarovĂĄ, P. JeĆŸek, L. RossmeislovĂĄ, J. Gojda, E.M. Palmieri, R. Holewinski, C.L. McGinity, N. Maio, J.M. Weiss, K.M. Miranda, T.A. Rouault, T. Andresson, S. Sharma, X. Sun, S. Agarwal, R. Rafikov, S. Dasarathy, S. Kumar, S.M. Black, J.M. Rutkowsky, T.A. Knotts, K.D. Ono-Moore, C.S. McCoin, S. Huang, D. Schneider, S. Singh, S.H. Adams, D.H. Hwang, L. Amadori, C. Calcagno, D.M. Fernandez, S. Koplev, N. Fernandez, R. Kaur, P. Mury, N.S. Khan, S. Sajja, R. Shamailova, A. Ta-Shma, P. Stepensky, S. Zenvirt, O. Elpeleg, A.J.J.T. Rein, T. Hu, C.H. Liu, M. Lei, Q. Zeng, H. Tang, N. Zhang, C. Garcia, C.J. Andersen, C.N. Blesso, M. Wang, K. Wang, X. Liao, H. Hu, L. Chen, L. Meng, W. Gao, Q. Li, G. Ghilardi, L. Paruzzo, J. Svoboda, E.A. Chong, A.A. Shestov, I.J. Cohen, G. Gabrielli, S.D. Nasta, P. Porazzi, J.B. Baell, J.W.M. Nissink, N. Wiedemar, D.A. Hauser, P. MĂ€ser, M. Favia, A. Muscella, L. Guerra, C. Jose, T. Zhao, X. Mu, Q. You, A.D.R. Campos-Contreras, M. DĂ­az-Muñoz, F.G. VĂĄzquez-Cuevas, L. Nicassio, F. Fracasso, G. Sirago, C. Musicco, A. Picca, E. Marzetti, R. Calvani, P. Cantatore, M.N. Gadaleta, P. Cassano, A.M.S. Lezza, V. Capelli, A.M. Timperio, M. Calvani, L. Mosconi Show less
Carnitine O-acetyltransferase (CRAT) is a key mitochondrial enzyme involved in maintaining metabolic homeostasis by mediating the reversible transfer of acetyl groups between acetyl-CoA and carnitine. Show more
Carnitine O-acetyltransferase (CRAT) is a key mitochondrial enzyme involved in maintaining metabolic homeostasis by mediating the reversible transfer of acetyl groups between acetyl-CoA and carnitine. This enzymatic activity ensures the optimal functioning of mitochondrial carbon flux by preventing acetyl-CoA accumulation, buffering metabolic flexibility, and regulating the balance between fatty acid and glucose oxidation. CRAT’s interplay with the mitochondrial carnitine shuttle, involving carnitine palmitoyltransferases (CPT1 and CPT2) and the carnitine carrier (SLC25A20), underscores its critical role in energy metabolism. Emerging evidence highlights the structural and functional diversity of CRAT and structurally related acetyltransferases across cellular compartments, illustrating their coordinated role in lipid metabolism, amino acid catabolism, and mitochondrial bioenergetics. Moreover, the structural insights into CRAT have paved the way for understanding its regulation and identifying potential modulators with therapeutic applications for diseases such as diabetes, mitochondrial disorders, and cancer. This review examines CRAT’s structural and functional aspects, its relationships with carnitine shuttle members and other carnitine acyltransferases, and its broader role in metabolic health and disease. The potential for targeting CRAT and its associated pathways offers promising avenues for therapeutic interventions aimed at restoring metabolic equilibrium and addressing metabolic dysfunction in disease states. Show less
📄 PDF DOI: 10.3390/biom15020216
amino-acid mitochondria review
S. Hangan, J. Lodge, A. Odani +529 more · 2024 · Molecules · MDPI · added 2026-04-20
S. Hangan, J. Lodge, A. Odani, T. Yamaguchi, I. Persson, N. Hadjiliadis, E. Sletten, S.A. Mehrdad, A. Cucchiarini, J.L. Mergny, S.K. Noureini, S. Muthaiah, A. Bhatia, M. Kannan, A.N. Srivastva, M. Stankovic, J. Kljun, N.L.J. Stevanovic, J. Lazic, S.S. Bogojevic, S. Vojnovic, M. Zlatar, J. Nikodinovic-Runic, I. Turel, M.I. Djuran, I. Aleksic, A. Veselinovic, B.D. Glisic, H. Alshater, A.I. Al-Sulami, S.A. Aly, E.M. Abdalla, M.A. Sakr, S.S. Hassan, S. de la Mata Moratilla, S. Casado Angulo, N. GĂłmez-Casanova, J.L. Copa-Patiño, I. Heredero-Bermejo, F.J. de la Mata, S. GarcĂ­a-Gallego, A. Hangan, A. Turza, R.L. Lucaciu, B. Sevastre, E. Pall, L.S. Oprean, G. Borodi, D. Rusu, A. Stănilă, I.O. Marian, C.O. Marian, M. Rusu, R. Lucaciu, T.J. Hubin, P.N. Amoyaw, K.D. Roewe, N.C. Simpson, R.D. Maples, T.N. Carder Freeman, A.N. Cain, J.G. Le, S.J. Archibald, S.I. Khan, E. Bortolamiol, F. Visentin, T. Scattolin, I. Kostova, A.C. Hangan, L. Dican, E. PĂĄll, R.L. Stan, S. Gheorghe-Cetean, A. Tsoupras, S. Pafli, C. Stylianoudakis, K. Ladomenou, C.A. Demopoulos, A. Philippopoulos, J. Wlodarczyk, J. Krajewska, L. Szeleszczuk, P. Szalwinska, A. Gurba, S. Lipiec, P. Taciak, R. Szczepaniak, I. Mlynarzuk-Bialy, J. Fichna, C. Abate, F. Carnamucio, O. Giuffre, C. Foti, C. Chuong, C.M. DuChane, E.M. Webb, P. Rai, J.M. Marano, C.M. Bernier, J.S. Merola, J. Weger-Lucarelli, L. Oprean, P. Kumar, S. Gorai, M.K. Santra, B. Mondal, D. Manna, M. Sirajuddin, S. Ali, A. Badshah, J.D. Watson, F.H.C. Crick, B. Maddox, P.J. Kennelly, K.M. Botham, O. McGuinness, V.W. Rodwell, P.A. Weil, R.A. Harvey, D.R. Ferrier, J.M. Berg, J.L. Tymoczko, G.J. Gatto, L. Stryer, J.A. Cowan, P. Yakovchuk, E. Protozanova, M.D. Frank-Kamenetskii, M.J. Hannon, I. Bertini, H.B. Gray, S.J. Lippard, J.S. Valentine, Z. Shakked, G. Guerstein-Guzikevich, M. Eisenstein, F. Frolow, D. Rabinovich, J.C. Garcia-Ramos, R. Galindo-Murillo, F. Cortez-Guzman, L. Ruiz-Azuara, S. Neidle, M. HĂ€gerlöf, P. Papsai, C.S. Chow, S.K.C. Elmroth, J. François, N.T. Thuong, C. HĂ©lĂšne, J.L. Huppert, T.A. Brooks, S. Kendrick, L. Hurley, X. Li, Y. Peng, J. Ren, X. Qu, Y. Akiyama, S.M. Hecht, L.H. Hurley, J. Zhou, C. Wei, G. Jia, X. Wang, Z. Feng, C. Li, A. Mukherjee, K.M. Vasquez, E. Marian, L.G. Vicas, J. Tunde, M. Muresan, Z. Diaconeasa, C. Ionescu, R.G. Pearson, G. Barone, A. Terenzi, A. Lauria, A.M. Almerico, J.M. Leal, N. Busto, B. Garcia, J. Vinje, J.A. Parkinson, P.J. Sadler, T. Brown, A.A. Almaqwashi, T. Paramanathan, I. Rouzina, M.C. Williams, F.R. Keene, J.A. Smith, J.G. Collins, A. Rilak, R. Masnikosa, I. Bratsos, E. Alessio, S.K. Srivastava, T.C. Johnstone, K. Suntharalingam, S. Cetean, T. Ciuleanu, D.C. Leucuta, C. Cainap, A.M. Constantin, I. Cazacu, S. Cainap, A. Gherman, Y. He, Y. Ding, D. Wang, W. Zhang, W. Chen, X. Liu, W. Qin, X. Qian, H. Chen, Z. Guo, E. StefĂ no, F. De Castro, A. Ciccarese, A. Muscella, S. Marsigliante, M. Benedetti, F.P. Fanizzi, P.M. Takahara, A.C. Rosenzweig, C.A. Frederick, M. Demeunynck, C. Bailly, W.D. Wilson, K. Nakamoto, M. Tsuboi, G.D. Strahan, B.M. Zeglis, V.C. Pierre, J.K. Barton, C. Shobha Devi, B. Thulasiram, R.R. Aerva, P. Nagababu, T. Biver, F. Secco, M. Venturini, C.E. Maciel-Flores, J.A. Lozano-Alvarez, E.Y. BiviĂĄn-Castro, F. Jia, S. Wang, Y. Man, B. Liu, P. Modrich, A. Erxleben, E. Dumont, A. Monari, D.L. Morris, G.S. Khan, A. Shah, D. Zia-ur-Rehman, B.J. Pages, D.L. Ang, E.P. Wright, J.R. Aldrich-Wright, S.M. Nelson, L.R. Ferguson, W.A. Denny, L. Winkler, F. Cortes-Guzman, T.E. Cheatham, O. Sarpataki, N.K. Olah, M. Taulescu, I. Marcus, C. Cătoi, M.M. GonzĂĄlez-Ballesteros, L. SĂĄnchez-SĂĄnchez, A. Espinoza-GuillĂ©n, J. Espinal-EnrĂ­quez, C. MejĂ­a, E. HernĂĄndez-Lemus, P.H. von Hippel, A.H. Marcus, S. Komeda, T. Moulaei, K. Kruger Woods, M. Chikuma, N.P. Farrell, L.D. Williams, T. Jany, A. Moreth, C. Gruschka, A. Sischka, A. Spiering, M. Dieding, Y. Wang, S. Haji Samo, A. Stammler, H. Bögge, S. Li, B. Yuan, J. Zhang, L. Yue, H. Hou, J. Hu, S. Chen, B.R. Kirthan, M.C. Prabhakara, H.S. Bhojya Naik, P.H.A. Nayak, E.I. Naik, U. Saha, S. Chatterjee, M. Dolai, G.S. Kumar, A.M. Abu-Dief, N.H. Alotaibi, E.S. Al-Farraj, H.A. Qasem, S. Alzahrani, M.K. Mahfouz, A. Abdou, B. Kurt, H. Temel, M. Atlan, S. Kaya, H.A. Kiwaan, A.S. El-Mowafy, A.A. El-Bindary, S. Baskaran, M.N. Krishnan, M. Arumugham, R. Kumar, N. Kumar, R. Kaushal, P. Awasthi, A. Kellett, Z. Molphy, C. Slator, V. McKee, V.G. Vaidyanathan, B.U. Nair, R. Vijayalakshmi, P. Karacan, O. Okay, S. Phukan, S. Mitra, S. Nafisi, A.A. Saboury, N. Keramat, J.F. Neault, H.A. Tajmir-Riahi, P. Sathyadevi, P. Krishnamoorthy, R.R. Butorac, A.H. Cowley, N.S.P. Bhuvanesh, N. Dharmaraj, F. Arjmand, S. Parveen, M. Afzal, M. Shahid, J.B. Lepecq, C. Paoletti, J.L. Garcia-Gimenez, M. Gonzalez-Alvarez, M. Liu-Gonzalez, B. Macias, J. Borras, G. Alzuet, M. Aslanoglu, M. Zaheer, R. Qureshi, Z. Akhter, M.F. Nazar, M. Ngoepe, H. Clayton, P. Mucha, P. Hikisz, K. GwoĆșdziƄski, U. Krajewska, A. Leniart, E. Budzisz, E.F. Garman, J.R. Helliwell, E.P. Mitchell, A.N. Boynton, K.M. Boyle, M.J. Waring, S. Da Vela, D.I. Svergun, L.A. Feigin, P.P.P. Kumar, D.K. Lim, T.H. Jensen, M. Bech, O. Bunk, M. Thomsen, A. Menzel, A. Bouchet, G. Le Duc, R. Feidenhans, F. Pfeiffer, S. Sidhu, G. Falzon, S.A. Hart, J.G. Fox, R.A. Lewis, K.K.W. Siu, D.A. Jacques, J. Trewhella, N. Allec, M. Choi, N. Yesupriya, B. Szychowski, M.R. White, M.G. Kann, E.D. Garcin, M.C. Daniel, A. Badano, Y. Qu, J.B. Mangrum, A. Hegmans, S.J. Berners-Price, L. Ronconi, X. Filip, C. Tripon, C. Morari, C. Filip, T. Urathamakul, D.J. Waller, J.L. Beck, S.F. Ralph, X. Fan, J. Wang, X. Zhang, Z. Yang, J.C. Zhang, L. Zhao, H. Peng, J. Lei, H.W. Wang, J.L. Rubinstein, X. Benjin, L. Ling, A. Punjani, D.J. Fleet, M.A. Brubaker, A. Goldstein, Y. Soroka, M. FruĆĄic-Zlotkin, I. Popov, R. Kohen, M. Havrdova, K. Polakova, J. Skopalik, M. Vujtek, A. Mokdad, M. Homolkova, J. Tucek, J. Nebesarova, R. Zboril, M. Malatesta, M.R. RodrĂ­guez, M.J. Lavecchia, B.Z. ParajĂłn-Costa, A.C. GonzĂĄlez-BarĂł, M.R. GonzĂĄlez-BarĂł, E. CattĂĄneo, A.N. Alaghaz, S. Aldulmani, A. Yadav, K. Poonia, R. Ștefan, K.R. Fox, M.V. Villa, R. Lapresa, J. Hernandez-Gil, F. Sanz, J.B. Chaires, M. Mudasir, E.T. Wahyuni, D.H. Tjahjono, N. Yoshioka, H. Inoue, P. Jaividhya, R. Dhivya, M.A. Akbarsha, M. Palaniandavar, N. Raman, R. Jeyamurugan, A. Sakthivel, L. Mitu, A. Prisecaru, R.G. Kipping, E.J. Peterson, J.L. GarcĂ­a-GimĂ©nez, J. HernĂĄndez-Gil, A. MartĂ­nez-RuĂ­z, A. Castiñeiras, M. Liu-GonzĂĄles, F.V. PallardĂł, J. BorrĂĄs, G. Alzuet Piña, M. Swathi, D.S. Shankar, S. Daravath, N. Ganji, P.V.A. Lakshmi, R. Shivaraj, A. PĂ©rez, F.J. Luque, M. Orozco, N.M. Henriksen, D.R. Davis, D.A. Case, T.E.I. Cheatham, T. Darden, H. Gohlke, R. Luo, K.M. Merz, A. Onufriev, C. Simmerling, B. Wang, R.J. Woods, M.B. Peters, Y. Yang, L. FĂŒsti-MolnĂĄr, M.N. Weaver, M. Sahadevan, M. Sundaram, K. Subramanian Show less
DNA structure has many potential places where endogenous compounds and xenobiotics can bind. Therefore, xenobiotics bind along the sites of the nucleic acid with the aim of changing its structure, its Show more
DNA structure has many potential places where endogenous compounds and xenobiotics can bind. Therefore, xenobiotics bind along the sites of the nucleic acid with the aim of changing its structure, its genetic message, and, implicitly, its functions. Currently, there are several mechanisms known to be involved in DNA binding. These mechanisms are covalent and non-covalent interactions. The covalent interaction or metal base coordination is an irreversible binding and it is represented by an intra-/interstrand cross-link. The non-covalent interaction is generally a reversible binding and it is represented by intercalation between DNA base pairs, insertion, major and/or minor groove binding, and electrostatic interactions with the sugar phosphate DNA backbone. In the present review, we focus on the types of DNA–metal complex interactions (including some representative examples) and on presenting the methods currently used to study them. Show less
📄 PDF DOI: 10.3390/molecules29184361
DNA-binding coordination-chemistry review
S. Trapotsi, G. Drakakis, A. Koutsoukas +1688 more · 2022 · RSC Chemical Biology · Royal Society of Chemistry · added 2026-04-20
S. Trapotsi, G. Drakakis, A. Koutsoukas, I. Cortes–Ciriano, P. MartĂ­nez–Alonso, T. E. Malliavin, A. Velazquez-Campoy, S. C. Brewerton, M. J. Bodkin, D. A. Evans, R. C. Glen, J. A. Carrodeguas, A. Bender, S. W. Page, J. E. Maddison, M. R. Trusheim, E. R. Berndt, F. L. Douglas, L. Rovin, C. J. Bailey, G. Zhou, R. Myers, Y. Li, Y. Chen, X. Shen, J. Fenyk-Melody, M. Wu, J. Ventre, T. Doebber, N. Fujii, N. Musi, M. F. Hirshman, L. J. Goodyear, D. E. Moller, I. Bezprozvanny, J. Wu, Q. Li, A. C. Lai, C. M. Crews, J. Downward, F. Ardito, M. Giuliani, D. Perrone, G. Troiano, L. L. Muzio, H. Lodish, A. Berk, S. L. Zipursky, P. Matsudaira, D. Baltimore, J. Darnell, N. Ammeux, B. E. Housden, A. Georgiadis, Y. Hu, N. Perrimon, J. E. Dumont, S. Dremier, I. Pirson, C. Maenhaut, T. Vu, F. X. Claret, H. S. Camp, O. Li, S. C. Wise, Y. H. Hong, C. L. Frankowski, R. Vanbogelen, T. Leff, K. Kores, J. Konc, U. Bren, M.-A. Trapotsi, L. H. Mervin, A. M. Afzal, N. Sturm, O. Engkvist, I. P. Barrett, B. Baillif, J. Wichard, O. MĂ©ndez-Lucio, D. RouquiĂ©, J. Inglese, D. S. Auld, B. A. Wetmore, J. F. Wambaugh, S. S. Ferguson, M. A. Sochaski, D. M. Rotroff, K. Freeman, H. J. Clewell III, D. J. Dix, M. E. Andersen, K. A. Houck, B. Allen, R. S. Judson, R. Singh, R. J. Kavlock, A. M. Richard, R. S. Thomas, M. Schenone, V. Dančík, B. K. Wagner, P. A. Clemons, A. Subramanian, R. Narayan, S. M. Corsello, D. D. Peck, T. E. Natoli, X. Lu, J. Gould, J. F. Davis, A. A. Tubelli, J. K. Asiedu, D. L. Lahr, J. E. Hirschman, Z. Liu, M. Donahue, B. Julian, M. Khan, D. Wadden, I. C. Smith, D. Lam, A. Liberzon, C. Toder, M. Bagul, M. Orzechowski, O. M. Enache, F. Piccioni, S. A. Johnson, N. J. Lyons, A. H. Berger, A. F. Shamji, A. N. Brooks, A. Vrcic, C. Flynn, J. Rosains, D. Y. Takeda, R. Hu, D. Davison, J. Lamb, K. Ardlie, L. Hogstrom, P. Greenside, N. S. Gray, S. Silver, X. Wu, W.-N. Zhao, W. Read-Button, S. J. Haggarty, L. V. Ronco, J. S. Boehm, S. L. Schreiber, J. G. Doench, J. A. Bittker, D. E. Root, B. Wong, T. R. Golub, J. M. Raser, E. K. O’Shea, A. A. Kalaitzis, N. D. Lawrence, D. P. Nusinow, J. Szpyt, M. Ghandi, C. M. Rose, E. R. McDonald, M. Kalocsay, J. JanĂ©-Valbuena, E. Gelfand, D. K. Schweppe, M. Jedrychowski, J. Golji, D. A. Porter, T. Rejtar, Y. K. Wang, G. V. Kryukov, F. Stegmeier, B. K. Erickson, L. A. Garraway, W. R. Sellers, S. P. Gygi, M.-A. Bray, S. Singh, H. Han, C. T. Davis, B. Borgeson, C. Hartland, M. Kost-Alimova, S. M. Gustafsdottir, C. C. Gibson, A. E. Carpenter, A. X. Lu, O. Z. Kraus, S. Cooper, A. M. Moses, S. N. Chandrasekaran, H. Ceulemans, J. D. Boyd, M. J. Cox, S. Jaensch, J. Van de Waeter, L. Cougnaud, D. Seynaeve, S. Benalla, S. J. Koo, I. Van Den Wyngaert, J.-M. Neefs, D. Malkov, M. Bittremieux, M. Steemans, P. J. Peeters, J. K. Wegner, E. Gustin, Y. T. Chong, H. W. H. Göhlmann, I. Nassiri, M. N. McCall, P. D. Piehowski, V. A. Petyuk, D. J. Orton, F. Xie, M. Ramirez-Restrepo, A. Engel, A. P. Lieberman, R. L. Albin, D. G. Camp, R. D. Smith, A. J. Myers, M. Medo, D. M. Aebersold, M. MedovĂĄ, C. H. Johnson, F. J. Gonzalez, T. Ramirez, M. Daneshian, H. Kamp, F. Y. Bois, M. R. Clench, M. Coen, B. Donley, S. M. Fischer, D. R. Ekman, E. Fabian, C. Guillou, J. Heuer, H. T. Hogberg, H. Jungnickel, H. C. Keun, G. Krennrich, E. Krupp, A. Luch, F. Noor, E. Peter, B. Riefke, M. Seymour, N. Skinner, L. Smirnova, E. Verheij, S. Wagner, T. Hartung, B. van Ravenzwaay, M. Leist, A. M. D. Livera, M. Sysi-Aho, L. Jacob, J. A. Gagnon-Bartsch, S. Castillo, J. A. Simpson, T. P. Speed, R. Chaleckis, I. Meister, P. Zhang, C. E. Wheelock, J. G. Abelin, J. Patel, C. M. Feeney, L. Fagbami, A. L. Creech, L. Pino, J. W. Qiao, E. Kuhn, A. Officer, J. Li, S. Abbatiello, R. Sidman, E. Snyder, S. A. Carr, J. D. Jaffe, Y. A. Chen, S. A. Eschrich, L. Litichevskiy, R. Peckner, C. M. Dunning, J. D. Egertson, S. Egri, T. Ko, B. X. MacLean, A. E. Mungenast, M. Papanastasiou, V. Sharma, J. Z. Young, M. J. MacCoss, L.-H. Tsai, R. Lewis, Z. Tanoli, U. Seemab, A. Scherer, K. Wennerberg, J. Tang, M. VĂ€hĂ€-Koskela, A. Gaulton, L. J. Bellis, A. P. Bento, J. Chambers, M. Davies, A. Hersey, Y. Light, S. McGlinchey, D. Michalovich, B. Al-Lazikani, J. P. Overington, S. Kim, J. Chen, T. Cheng, A. Gindulyte, J. He, S. He, B. A. Shoemaker, P. A. Thiessen, B. Yu, L. Zaslavsky, J. Zhang, E. E. Bolton, I. A. Smit, C. H. G. Allen, F. Svensson, T. Hanser, J. Bajorath, J. Sun, N. Jeliazkova, V. Chupakhin, J.-F. Golib-Dzib, L. Carlsson, J. Wegner, I. Georgiev, V. Jeliazkov, N. Kochev, T. J. Ashby, H. Chen, T. Kalliokoski, C. Kramer, A. Vulpetti, P. Gedeck, A. Lin, D. Horvath, V. Afonina, G. Marcou, J.-L. Reymond, A. Varnek, C. Ye, D. J. Ho, M. Neri, C. Yang, T. Kulkarni, R. Randhawa, M. Henault, N. Mostacci, P. Farmer, S. Renner, R. Ihry, L. Mansur, C. G. Keller, G. McAllister, M. Hild, J. Jenkins, A. Kaykas, P. R. Bushel, R. S. Paules, S. S. Auerbach, H. K. Yalamanchili, Y.-W. Wan, G. X. Y. Zheng, J. M. Terry, P. Belgrader, P. Ryvkin, Z. W. Bent, R. Wilson, S. B. Ziraldo, T. D. Wheeler, G. P. McDermott, J. Zhu, M. T. Gregory, J. Shuga, L. Montesclaros, J. G. Underwood, D. A. Masquelier, S. Y. Nishimura, M. Schnall-Levin, P. W. Wyatt, C. M. Hindson, R. Bharadwaj, A. Wong, K. D. Ness, L. W. Beppu, H. J. Deeg, C. McFarland, K. R. Loeb, W. J. Valente, N. G. Ericson, E. A. Stevens, J. P. Radich, T. S. Mikkelsen, B. J. Hindson, J. H. Bielas, N. J. Schurch, P. Schofield, M. GierliƄski, C. Cole, A. Sherstnev, V. Singh, N. Wrobel, K. Gharbi, G. G. Simpson, T. Owen-Hughes, M. Blaxter, G. J. Barton, A. Koussounadis, S. P. Langdon, I. H. Um, D. J. Harrison, V. A. Smith, X. Xie, E. D. Crawford, D. Peck, J. W. Modell, I. C. Blat, M. J. Wrobel, J. Lerner, J.-P. Brunet, K. N. Ross, M. Reich, H. Hieronymus, G. Wei, S. A. Armstrong, R. Wei, E. S. Lander, R. Edgar, M. Domrachev, A. E. Lash, H. Parkinson, M. Kapushesky, M. Shojatalab, N. Abeygunawardena, R. Coulson, A. Farne, E. Holloway, N. Kolesnykov, P. Lilja, M. Lukk, R. Mani, T. Rayner, A. Sharma, E. William, U. Sarkans, A. Brazma, D. L. Svoboda, T. Saddler, Y. Igarashi, N. Nakatsu, T. Yamashita, A. Ono, Y. Ohno, T. Urushidani, H. Yamada, N. Lim, P. Pavlidis, A. Musa, L. S. Ghoraie, S.-D. Zhang, G. Galzko, O. Yli-Harja, M. Dehmer, B. Haibe-Kains, F. Emmert-Streib, M. Bickle, S. Seal, H. Yang, L. Vollmers, T. R. Jones, M. R. Lamprecht, C. Clarke, I. H. Kang, O. Friman, D. A. Guertin, J. H. Chang, R. A. Lindquist, J. Moffat, P. Golland, D. M. Sabatini, M. Held, M. H. A. Schmitz, B. Fischer, T. Walter, B. Neumann, M. H. Olma, M. Peter, J. Ellenberg, D. W. Gerlich, S. Rajaram, B. Pavie, L. F. Wu, S. J. Altschuler, J. Ollion, J. Cochennec, F. Loll, C. EscudĂ©, T. Boudier, T. Wollmann, M. Gunkel, I. Chung, H. Erfle, K. Rippe, K. Rohr, J. C. Caicedo, A. Goodman, K. W. Karhohs, B. A. Cimini, J. Ackerman, M. Haghighi, C. Heng, T. Becker, M. Doan, C. McQuin, M. Rohban, V. Chernyshev, L. Kamentsky, L. Ding, S. M. Rafelski, D. Thirstrup, W. Wiegraebe, F. Heigwer, S. Warchal, P. Qiu, C. Molnar, A. S. Vasilevich, J. D. Barry, H. S. Bansal, O. Kraus, M. Wawer, L. Paavolainen, M. D. Herrmann, J. Hung, H. Hennig, J. Concannon, I. Smith, P. Rees, P. Horvath, R. G. Linington, V. Ljosa, K. L. Sokolnicki, E. Williams, J. Moore, S. W. Li, G. Rustici, A. Tarkowska, A. Chessel, S. Leo, B. Antal, R. K. Ferguson, R. E. C. Salas, J. R. Swedlow, M. H. Rohban, N. E. Bodycombe, T. P. Hasaka, C. S. Hon, M. M. Kemp, K. Li, D. Walpita, M. J. Wawer, A. Mullard, A. A. Saei, C. M. Beusch, A. Chernobrovkin, P. Sabatier, B. Zhang, Ü. G. Tokat, E. Stergiou, M. Gaetani, Á. VĂ©gvĂĄri, R. A. Zubarev, M. Zapalska-Sozoniuk, L. Chrobak, K. Kowalczyk, M. Kankofer, H. Gullberg, K. Johansson, B. Lundgren, P. I. Arvidsson, E. S. J. ArnĂ©r, Y. Perez-Riverol, A. Csordas, J. Bai, M. Bernal-Llinares, S. Hewapathirana, D. J. Kundu, A. Inuganti, J. Griss, G. Mayer, M. Eisenacher, E. PĂ©rez, J. Uszkoreit, J. Pfeuffer, T. Sachsenberg, ƞ. Yılmaz, S. Tiwary, J. Cox, E. Audain, M. Walzer, A. F. Jarnuczak, T. Ternent, J. A. VizcaĂ­no, P. Samaras, T. Schmidt, M. Frejno, S. Gessulat, M. Reinecke, A. Jarzab, J. Zecha, J. Mergner, P. Giansanti, H.-C. Ehrlich, S. Aiche, J. Rank, H. Kienegger, H. Krcmar, B. Kuster, M. Wilhelm, B. Aslam, M. Basit, M. A. Nisar, M. Khurshid, M. H. Rasool, Y. Lao, X. Wang, N. Xu, H. Zhang, H. Xu, K. Hollywood, D. R. Brison, R. Goodacre, L. Zhang, C. Ma, H. Chao, Y. Long, Z. Li, X. Ge, H. Xia, Y. Yin, J. Batley, M. Li, R. Cavill, D. Jennen, J. Kleinjans, J. J. BriedĂ©, W. Lu, X. Su, M. S. Klein, I. A. Lewis, O. Fiehn, J. D. Rabinowitz, M. Wright Muelas, I. Roberts, F. Mughal, S. O’Hagan, P. J. Day, D. B. Kell, Y. Lin, G. W. Caldwell, W. Lang, J. Masucci, K. Peters, J. Bradbury, S. Bergmann, M. Capuccini, M. Cascante, P. de Atauri, T. M. D. Ebbels, C. Foguet, R. Glen, A. Gonzalez-Beltran, U. L. GĂŒnther, E. Handakas, T. Hankemeier, K. Haug, S. Herman, P. Holub, M. Izzo, D. Jacob, D. Johnson, F. Jourdan, N. Kale, I. Karaman, B. Khalili, P. Emami Khonsari, K. Kultima, S. Lampa, A. Larsson, C. Ludwig, P. Moreno, S. Neumann, J. A. Novella, C. O’Donovan, J. T. M. Pearce, A. Peluso, M. E. Piras, L. Pireddu, M. A. C. Reed, P. Rocca-Serra, P. Roger, A. Rosato, R. Rueedi, C. Ruttkies, N. Sadawi, R. M. Salek, S.-A. Sansone, V. Selivanov, O. Spjuth, D. Schober, E. A. ThĂ©venot, M. Tomasoni, M. van Rijswijk, M. van Vliet, M. R. Viant, R. J. M. Weber, G. Zanetti, C. Steinbeck, J. Xia, N. Psychogios, N. Young, D. S. Wishart, K. Cochrane, V. C. Nainala, M. Williams, J. Chang, K. V. Jayaseelan, A. I. Campos, M. Zampieri, T. Fuhrer, D. C. SĂ©vin, U. Sauer, N. Zamboni, N. J. Shah, S. Sureshkumar, D. G. Shewade, P. V. Hornbeck, J. M. Kornhauser, S. Tkachev, E. Skrzypek, B. Murray, V. Latham, M. Sullivan, T. Y. Low, M. A. Mohtar, P. Y. Lee, N. Omar, H. Zhou, M. Ye, M. K. Morris, A. Chi, I. N. Melas, L. G. Alexopoulos, M. L. Guerriero, A. Corrigan, A. Bornot, M. Firth, P. O’Shea, D. Ross-Thriepland, S. Peel, A. Agrotis, R. Ketteler, M. Jost, J. S. Weissman, E. Goncalves, C. Fellmann, B. G. Gowen, P.-C. Lin, J. A. Doudna, J. E. Corn, S. M. B. Nijman, A. E. Enayetallah, D. Ziemek, M. T. Leininger, J. Yang, T. B. Manion, D. E. Mather, W. J. Zavadoski, M. Kuhn, J. L. Treadway, S. A. G. des Etages, E. M. Gibbs, N. Greene, C. M. Steppan, R. Kumar, S. J. Blakemore, C. E. Ellis, E. F. Petricoin, D. Pratt, M. Macoritto, A. L. Matthews, J. J. Loureiro, K. Elliston, R. T. Pillich, V. Rynkov, D. Welker, S. Orchard, S. Kerrien, S. Abbani, B. Aranda, J. Bhate, S. Bidwell, A. Bridge, L. Briganti, F. S. L. Brinkman, G. Cesareni, A. Chatr-aryamontri, E. Chautard, C. Chen, M. Dumousseau, J. Goll, R. E. W. Hancock, L. I. Hannick, I. Jurisica, J. Khadake, D. J. Lynn, U. Mahadevan, L. Perfetto, A. Raghunath, S. Ricard-Blum, B. Roechert, L. Salwinski, V. StĂŒmpflen, M. Tyers, P. Uetz, I. Xenarios, H. Hermjakob, M. D. Wilkinson, M. Dumontier, I. J. J. Aalbersberg, G. Appleton, M. Axton, A. Baak, N. Blomberg, J.-W. Boiten, L. B. da Silva Santos, P. E. Bourne, J. Bouwman, A. J. Brookes, T. Clark, M. Crosas, I. Dillo, O. Dumon, S. Edmunds, C. T. Evelo, R. Finkers, A. J. G. Gray, P. Groth, C. Goble, J. S. Grethe, J. Heringa, P. A. C.’t Hoen, R. Hooft, T. Kuhn, R. Kok, J. Kok, S. J. Lusher, M. E. Martone, A. Mons, A. L. Packer, B. Persson, M. Roos, R. van Schaik, E. Schultes, T. Sengstag, T. Slater, G. Strawn, M. A. Swertz, M. Thompson, J. van der Lei, E. van Mulligen, J. Velterop, A. Waagmeester, P. Wittenburg, K. Wolstencroft, J. Zhao, B. Mons, C. von Mering, L. J. Jensen, B. Snel, S. D. Hooper, M. Krupp, M. Foglierini, N. Jouffre, M. A. Huynen, P. Bork, L. Garcia-Alonso, M. M. Ibrahim, D. Turei, J. Saez-Rodriguez, H. Huang, B. M. Jedynak, J. S. Bader, X. Zhu, M. Gerstein, M. Snyder, K. Luck, D.-K. Kim, L. Lambourne, K. Spirohn, B. E. Begg, W. Bian, R. Brignall, T. Cafarelli, F. J. Campos-Laborie, B. Charloteaux, D. Choi, A. G. CotĂ©, M. Daley, S. Deimling, A. Desbuleux, A. Dricot, M. Gebbia, M. F. Hardy, N. Kishore, J. J. Knapp, I. A. KovĂĄcs, I. Lemmens, M. W. Mee, J. C. Mellor, C. Pollis, C. Pons, A. D. Richardson, S. Schlabach, B. Teeking, A. Yadav, M. Babor, D. Balcha, O. Basha, C. Bowman-Colin, S.-F. Chin, S. G. Choi, C. Colabella, G. Coppin, C. D’Amata, D. De Ridder, S. De Rouck, M. Duran-Frigola, H. Ennajdaoui, F. Goebels, L. Goehring, A. Gopal, G. Haddad, E. Hatchi, M. Helmy, Y. Jacob, Y. Kassa, S. Landini, R. Li, N. van Lieshout, A. MacWilliams, D. Markey, J. N. Paulson, S. Rangarajan, J. Rasla, A. Rayhan, T. Rolland, A. San-Miguel, Y. Shen, D. Sheykhkarimli, G. M. Sheynkman, E. Simonovsky, M. Taßan, A. Tejeda, V. Tropepe, J.-C. Twizere, Y. Wang, R. J. Weatheritt, J. Weile, Y. Xia, X. Yang, E. Yeger-Lotem, Q. Zhong, P. Aloy, G. D. Bader, J. De Las Rivas, S. Gaudet, T. Hao, J. Rak, J. Tavernier, D. E. Hill, M. Vidal, F. P. Roth, M. A. Calderwood, S. Bazzani, K. Sriyudthsak, F. Shiraishi, M. Y. Hirai, E. Alm, A. P. Arkin, J. Ma, A. Shojaie, G. Michailidis, S. Chowdhury, R. R. Sarkar, G. Vert, J. Chory, W. A. Haynes, A. Tomczak, P. Khatri, T. Charitou, K. Bryan, A. BrĂŒckner, C. Polge, N. Lentze, D. Auerbach, U. Schlattner, B. Tian, C. Zhao, F. Gu, Z. He, R. Krause, M. Cornell, S. G. Oliver, S. Fields, D. Voet, J. G. Voet, A. R. Neves, A. Ramos, M. C. Nunes, M. Kleerebezem, J. Hugenholtz, W. M. de Vos, J. Almeida, H. Santos, S. A. Lambert, A. Jolma, L. F. Campitelli, P. K. Das, M. Albu, X. Chen, J. Taipale, T. R. Hughes, M. T. Weirauch, P. J. Park, A. Blais, B. D. Dynlacht, M. Haque, R. Sarmah, D. K. Bhattacharyya, P. J. Thul, C. Lindskog, R. Barshir, M. Sharon, E. Lerman, B. F. Kirson, I. Hekselman, J. K. Huang, D. E. Carlin, M. K. Yu, W. Zhang, J. F. Kreisberg, P. Tamayo, T. Ideker, D. Yu, M. Kim, G. Xiao, T. H. Hwang, C. H. Wu, N. C. Duarte, S. A. Becker, N. Jamshidi, I. Thiele, M. L. Mo, T. D. Vo, R. Srivas, B. Ø. Palsson, D. TĂŒrei, T. KorcsmĂĄros, R. Oughtred, J. Rust, C. Chang, B. Breitkreutz, C. Stark, A. Willems, L. Boucher, G. Leung, N. Kolas, F. Zhang, S. Dolma, J. Coulombe-Huntington, K. Dolinski, E. L. Huttlin, L. Ting, R. J. Bruckner, F. Gebreab, M. P. Gygi, S. Tam, G. Zarraga, G. Colby, K. Baltier, R. Dong, V. Guarani, L. P. Vaites, A. Ordureau, R. Rad, M. WĂŒhr, J. Chick, B. Zhai, D. Kolippakkam, J. Mintseris, R. A. Obar, T. Harris, S. Artavanis-Tsakonas, M. E. Sowa, P. DeCamilli, J. A. Paulo, J. W. Harper, R. Goel, H. C. Harsha, A. Pandey, T. S. K. Prasad, C. S. Greene, A. Krishnan, A. K. Wong, E. Ricciotti, R. A. Zelaya, D. S. Himmelstein, R. Zhang, B. M. Hartmann, E. Zaslavsky, S. C. Sealfon, D. I. Chasman, G. A. FitzGerald, T. Grosser, O. G. Troyanskaya, J. J. O’Shea, D. M. Schwartz, A. V. Villarino, M. Gadina, I. B. McInnes, A. Laurence, S. A. Sam, J. Teel, A. N. Tegge, A. Bharadwaj, T. M. Murali, A. Fabregat, S. Jupe, L. Matthews, K. Sidiropoulos, M. Gillespie, P. Garapati, R. Haw, B. Jassal, F. Korninger, B. May, M. Milacic, C. D. Roca, K. Rothfels, C. Sevilla, V. Shamovsky, S. Shorser, T. Varusai, G. Viteri, J. Weiser, G. Wu, L. Stein, P. D’Eustachio, D. N. Slenter, M. Kutmon, K. Hanspers, A. Riutta, J. Windsor, N. Nunes, J. MĂ©lius, E. Cirillo, S. L. Coort, D. Digles, F. Ehrhart, P. Giesbertz, M. Kalafati, M. Martens, R. Miller, K. Nishida, L. Rieswijk, L. M. T. Eijssen, A. R. Pico, E. L. Willighagen, M. Kanehisa, S. Goto, M. Trupp, T. Altman, C. A. Fulcher, R. Caspi, M. Krummenacker, S. Paley, P. D. Karp, E. G. Cerami, B. E. Gross, E. Demir, I. Rodchenkov, Ö. Babur, N. Anwar, N. Schultz, C. Sander, L. Y. Geer, A. Marchler-Bauer, R. C. Geer, L. Han, C. Liu, W. Shi, S. H. Bryant, S. G. Jantzen, B. J. Sutherland, D. R. Minkley, B. F. Koop, F. Supek, M. BoĆĄnjak, N. Ć kunca, T. Ć muc, D. V. Klopfenstein, B. S. Pedersen, F. RamĂ­rez, A. Warwick Vesztrocy, A. Naldi, C. J. Mungall, J. M. Yunes, O. Botvinnik, M. Weigel, W. Dampier, C. Dessimoz, P. Flick, H. Tang, D. Domingo-FernĂĄndez, S. Mubeen, J. MarĂ­n-LlaĂł, C. T. Hoyt, M. Hofmann-Apitius, A. B. Keenan, M. L. Wojciechowicz, Z. Wang, K. M. Jagodnik, S. L. Jenkins, A. Lachmann, A. Ma’ayan, X. P. Peng, C. Clement, A. Rodina, M. Nieto, J. Du, K. Stegmaier, S. M. Raj, K. N. Maloney, J. Clardy, W. C. Hahn, G. Chiosis, I. Barrett, P. Shannon, T. Sandmann, S. K. Kummerfeld, R. Gentleman, R. Bourgon, M. A. GarcĂ­a-Campos, J. Espinal-EnrĂ­quez, E. HernĂĄndez-Lemus, A. Yuryev, S. Ekins, R. Mathur, D. Rotroff, A. Motsinger-Reif, M. Sirota, A. J. Butte, B. Debrabant, M. E. Ritchie, B. Phipson, D. Wu, C. W. Law, G. K. Smyth, E. Lim, F. Vaillant, M.-L. Asselin-Labat, J. E. Visvader, P. D. Thomas, M. J. Campbell, A. Kejariwal, H. Mi, B. Karlak, R. Daverman, K. Diemer, A. Muruganujan, A. Narechania, E. Y. Chen, C. M. Tan, Y. Kou, Q. Duan, G. V. Meirelles, N. R. Clark, G. Dennis, B. T. Sherman, D. A. Hosack, W. Gao, H. C. Lane, R. A. Lempicki, A. Markiel, O. Ozier, N. S. Baliga, J. T. Wang, D. Ramage, N. Amin, B. Schwikowski, G. Bindea, B. Mlecnik, H. Hackl, P. Charoentong, M. Tosolini, A. Kirilovsky, W.-H. Fridman, F. PagĂšs, Z. Trajanoski, J. Galon, G. Yu, Q.-Y. He, L.-G. Wang, Y. Han, I. Ihnatova, E. Budinska, F. Li, Y. Qin, X. Bo, Y. Wu, S. Wang, G. Bradley, S. J. Barrett, N. L. Catlett, A. J. Bargnesi, S. Ungerer, T. Seagaran, W. Ladd, K. O. Elliston, S. Jaeger, J. Min, F. Nigsch, M. Camargo, J. Hutz, A. Cornett, S. Cleaver, A. Buckler, J. L. Jenkins, J. H. Woo, Y. Shimoni, W. S. Yang, P. Subramaniam, A. Iyer, P. Nicoletti, M. RodrĂ­guez MartĂ­nez, G. LĂłpez, M. Mattioli, R. Realubit, C. Karan, B. R. Stockwell, M. Bansal, A. Califano, H. Noh, J. E. Shoemaker, R. Gunawan, A. Liu, P. Trairatphisan, E. Gjerga, A. Didangelos, J. Barratt, A. Dugourd, C. Kuppe, M. Sciacovelli, K. B. Emdal, D. B. Bekker-Jensen, J. Kranz, E. M. J. Bindels, A. S. H. Costa, J. V. Olsen, C. Frezza, R. Kramann, A. Dubovenko, Y. Nikolsky, E. Rakhmatulin, T. Nikolskaya, A. KrĂ€mer, J. Green, J. Pollard, S. Tugendreich, C. Wiwie, J. Baumbach, R. Röttger, M. R. Karim, O. Beyan, A. Zappa, I. G. Costa, D. Rebholz-Schuhmann, M. Cochez, S. Decker, D. Xu, Y. Tian, F. Pedregosa, G. Varoquaux, A. Gramfort, V. Michel, B. Thirion, O. Grisel, M. Blondel, P. Prettenhofer, R. Weiss, V. Dubourg, J. Vanderplas, A. Passos, D. Cournapeau, M. MĂ€chler, P. Rousseeuw, A. Struyf, M. Hubert, K. Hornik, A. Kassambara, F. Mundt, R. Argelaguet, B. Velten, D. Arnol, S. Dietrich, T. Zenz, J. C. Marioni, F. Buettner, W. Huber, O. Stegle, A. Klami, S. Virtanen, E. LeppĂ€aho, S. Kaski, S. A. Khan, O. P. Kallioniemi, A. Poso, T. Chen, S. Tyagi, D. Bredikhin, Y. Deloro, E. Leppaaho, M. Ammad-ud-din, I. Subramanian, S. Verma, S. Kumar, A. Jere, K. Anamika, R. Chen, X. Liu, S. Jin, J. Lin, J. Liu, J. Vamathevan, D. Clark, P. Czodrowski, I. Dunham, E. Ferran, G. Lee, B. Li, A. Madabhushi, P. Shah, M. Spitzer, S. Zhao, J. Scheiber, M. Glick, J. W. Davies, K. Azzaoui, J. Hamon, L. Urban, S. Whitebread, D. Rogers, M. Hahn, Y. C. Martin, J. L. Kofron, L. M. Traphagen, S. Gao, D. Luo, G. Liu, Z. Xiao, G. Shan, Y. Zhang, W. Zhou, C. Scheeder, M. Boutros, R. P. Sheridan, L. M. Kauvar, D. L. Higgins, H. O. Villar, J. R. Sportsman, A. Engqvist-Goldstein, R. Bukar, K. E. Bauer, H. Dilley, D. M. Rocke, C. Yuan, T. V. Aa, I. Chakroun, J. Simm, A. Arany, Y. Moreau, T. L. Van, J. F. G. Dzib, R. Wuyts, W. Verachtert, M. Wen, Z. Zhang, S. Niu, H. Sha, R. Yang, Y. Yun, H. Lu, A. A. M. Al-Saffar, H. Tao, M. A. Talab, A. Mayr, G. Klambauer, T. Unterthiner, M. Steijaert, D.-A. Clevert, S. Hochreiter, M. C. Robinson, A. A. Lee, I. CortĂ©s-Ciriano, Y. Zhu, T. Brettin, F. Xia, A. Partin, M. Shukla, H. Yoo, Y. A. Evrard, J. H. Doroshow, R. L. Stevens, M. Hofmarcher, E. Rumetshofer, N. Aniceto, A. A. Freitas, T. Ghafourian, N. Bosc, F. Atkinson, E. Felix, A. R. Leach, Y. Saeys, I. Inza, P. Larrañaga, R. Caruana, S. Lawrence, C. L. Giles, Y. E. Wang, G.-Y. Wei, D. Brooks, C. Rudin, M. Walter, P. Wright, A. Bartosik, D. Dolciami, A. Elbasir, N. Fortelny, C. Bock, M. Abadi, P. Barham, Z. Chen, A. Davis, J. Dean, M. Devin, S. Ghemawat, G. Irving, M. Isard, M. Kudlur, J. Levenberg, R. Monga, S. Moore, D. G. Murray, B. Steiner, P. Tucker, V. Vasudevan, P. Warden, M. Wicke, Y. Yu, X. Zheng, A. Paszke, S. Gross, F. Massa, A. Lerer, G. Chanan, T. Killeen, Z. Lin, N. Gimelshein, L. Antiga, A. Desmaison, A. Köpf, E. Yang, Z. DeVito, M. Raison, A. Tejani, S. Chilamkurthy, L. Fang, S. Chintala, P. Zakeri, T. Haber, K. C. Bulusu, L. Kalash, M. A. Firth, Z. Ji, J. Su, H. Wang, D. Huang, X. Zhou, O. Weinreb, T. Amit, M. B. H. Youdim, N. L. Patel-Murray, M. Adam, N. Huynh, B. T. Wassie, P. Milani, E. Fraenkel, J. Vialard, P. Buijnsters, I. Velter, A. Vapirev, M. F. Cuccarese, B. A. Earnshaw, K. Heiser, B. Fogelson, P. F. McLean, H. B. Gordon, K.-R. Skelly, F. L. Weathersby, V. Rodic, I. K. Quigley, E. D. Pastuzyn, B. M. Mendivil, N. H. Lazar, C. A. Brooks, J. Carpenter, B. L. Probst, P. Jacobson, S. W. Glazier, J. Ford, J. D. Jensen, N. D. Campbell, M. A. Statnick, A. S. Low, K. R. Thomas, S. S. Hegde, R. W. Alfa, M. L. Victors, I. S. Haque, M. Kibble, N. Saarinen, F. Iorio, S. MĂ€kelĂ€, T. Aittokallio, M. Iwata, R. Sawada, H. Iwata, M. Kotera, Y. Yamanishi, E. Dazert, M. Colombi, T. Boldanova, S. Moes, D. Adametz, L. Quagliata, V. Roth, L. Terracciano, M. H. Heim, P. Jenoe, M. N. Hall, D. Carrella, F. Napolitano, R. Rispoli, M. Miglietta, A. Carissimo, L. Cutillo, F. Sirci, F. Gregoretti, D. Di Bernardo, A. Conesa, S. Beck Show less
The elucidation of a compound's Mechanism of Action (MoA) is a challenging task in the drug discovery process, but it is important in order to rationalise phenotypic findings and to anticipate potenti Show more
The elucidation of a compound's Mechanism of Action (MoA) is a challenging task in the drug discovery process, but it is important in order to rationalise phenotypic findings and to anticipate potential side-effects. Bioinformatic approaches, advances in machine learning techniques and the increasing deposition of high-throughput data in public databases have significantly contributed to recent advances in the field, but it is not straightforward to decide which data and methods are most suitable to use in a given case. In this review, we focus on these methods and data and their applications in generating MoA hypotheses for subsequent experimental validation. We discuss compound-specific data such as -omics, cell morphology and bioactivity data, as well as commonly used supplementary prior knowledge such as network and pathway data, and provide information on databases where this data can be accessed. In terms of methodologies, we discuss both well-established methods (connectivity mapping, pathway enrichment) as well as more developing methods (neural networks and multi-omics integration). Finally, we review case studies where the MoA of a compound was successfully suggested from computational analysis by incorporating multiple data modalities and/or methodologies. Our aim for this review is to provide researchers with insights into the benefits and drawbacks of both the data and methods in terms of level of understanding, biases and interpretation – and to highlight future avenues of investigation which we foresee will improve the field of MoA elucidation, including greater public access to -omics data and methodologies which are capable of data integration. Show less
📄 PDF DOI: 10.1039/d1cb00069a
ML review
E Rimel, JM Egly, BV Houten +1028 more · 2018 · Protein science : a publication of the Protein Society · Wiley · added 2026-04-20
E Rimel, JM Egly, BV Houten, J Kuper, C Kisker, M Spies, RC Conaway, JW Conaway, WJ Feaver, JQ Svejstrup, L Bardwell, AJ Bardwell, S Buratowski, KD Gulyas, TF Donahue, EC Friedberg, RD Kornberg, NL Henry, O Flores, H Lu, D Reinberg, M Gerard, L Fischer, V Moncollin, JM Chipoulet, P Chambon, L Zawel, L Fisher, J‐M Egly, R Roy, JP Adamczewski, T Seroz, W Vermeulen, JP Tassan, L Schaeffer, EA Nigg, JH Hoeijmakers, H Serizawa, TP Makela, RA Weinberg, RA Young, S Humbert, J Fishburn, E Tomko, E Galburt, S Hahn, S Grunberg, L Warfield, R Drapkin, JT Reardon, A Ansari, JC Huang, K Ahn, A Sancar, P Sung, V Bailly, C Weber, LH Thompson, L Prakash, S Prakash, E Park, SN Guzder, MH Koken, I Jaspers‐Dekker, G Weeda, Z Wang, WJ Feave, X Wu, DA Bushnell, CA Weber, EP Salazar, SA Stewart, P Di Lello, LM Jenkins, TN Jones, BD Nguyen, T Hara, H Yamaguchi, JD Dikeakos, E Appella, P Legault, JG Omichinski, LM Miller Jenkins, C Mas, C Langlois, E Malitskaya, A Fradet‐Turcotte, J Archambault, S Schilbach, M Hantsche, D Tegunov, C Dienemann, C Wigge, H Urlaub, P Cramer, M Fregoso, JP Laine, J Aguilar‐Fuentes, V Mocquet, E Reynaud, F Coin, M Zurita, A Jawhari, S Dubaele, V Lamour, A Poterszman, D Moras, SJ Araujo, F Tirode, H Pospiech, JE Syvaoja, M Stucki, U Hubscher, RD Wood, JC Marinoni, P Miniou, Y Lutz, DM Gomez, G Giglia‐Mari, JA Ranish, D Hoogstraten, A Theil, N Wijgers, NG Jaspers, A Raams, M Argentini, PJ van der Spek, E Botta, M Stefanini, R Aebersold, Y Lu, EC Yi, XJ Li, J Eng, M Herrera, C Braun, DE Kainov, M Vitorino, J Cavarelli, L Radu, E Schoenwetter, J Marcoux, W Koelmel, DR Schmitt, S Cianferani, C Rodolfo, S Fribourg, AM Pedrini, J Luo, P Cimermancic, S Viswanath, CC Ebmeier, B Kim, M Dehecq, V Raman, CH Greenberg, R Pellarin, A Sali, DJ Taatjes, J Ranish, R Shiekhattar, F Mermelstein, RP Fisher, B Dynlacht, HC Wessling, DO Morgan, FH Espinoza, A Farrell, H Erdjument‐Bromage, P Tempst, P Kaldis, A Sutton, MJ Solomon, JY Thuret, JG Valay, G Faye, C Mann, D Hermand, A Pihlak, T Westerling, V Damagnez, J Vandenhaute, G Cottarel, KM Lee, JE Saiz, WA Barton, K Helenius, Y Yang, TV Tselykh, HK Pessa, MJ Frilander, S Larochelle, J Batliner, MJ Gamble, NM Barboza, BC Kraybill, JD Blethrow, KM Shokat, J Chen, R Knights, J Pandur, P Morcillo, B Suter, S Frutiger, GJ Hughes, SA Patel, MC Simon, KY Yankulov, DL Bentley, M Rossignol, I Kolb‐Cheynel, S Inamoto, N Segil, ZQ Pan, M Kimura, RG Roeder, LJ Ko, SY Shieh, X Chen, L Jayaraman, K Tamai, Y Taya, C Prives, M Jaquenoud, AM Fry, D Busso, A Keriel, B Sandrock, O Gileadi, P Jin, HM Chamberlin, BJ Greber, THD Nguyen, J Fang, PV Afonine, PD Adams, E Nogales, BJ Gibbons, EJ Brignole, M Azubel, K Murakami, NR Voss, FJ Asturias, P Schultz, V Mallouh, V Oksenych, A Singh, E Compe, N Le May, W Abdulrahman, I Iltis, A Maglott‐Roth, C Giraudon, Y He, KL Tsai, N Kalisman, C Plaschka, C Burzinski, J Plitzko, C Yan, C Inouye, R Tjian, I Ivanov, BL Allen, A Dvir, KP Garrett, C Chalut, JA Goodrich, A Elias, G Michels, F Sauer, S Boeing, C Rigault, M Heidemann, D Eick, M Meisterernst, Y Kim, S Bjorklund, Y Li, MH Sayre, KD Meyer, S Lin, C Bernecky, Y Gao, D Nair, LC Myers, C Esnault, Y Ghavi‐Helm, S Brun, J Soutourina, N Van Berkum, C Boschiero, F Holstege, M Werner, JH Lee, HS Jung, A Gunzl, G Cai, AK Panigrahi, S Dunham‐Ems, TN Nguyen, JD Radolf, A GĂŒnzl, F Kouzine, D Wojtowicz, A Yamane, W Resch, KR Kieffer‐Kwon, R Bandle, S Nelson, H Nakahashi, P Awasthi, L Feigenbaum, H Menoni, J Hoeijmakers, H Ge, TM Przytycka, D Levens, R Casellas, T Kim, RH Ebright, L Spangler, X Wang, FM Fazal, CA Meng, SM Block, EJ Tomko, EA Galburt, B Bernardes de Jesus, A Zhovmer, PJ Mattei, RE Davis, H Jin, CD Kaplan, Y Liu, C Kung, AZ Ansari, KD Westover, P Cabart, A Ujvari, M Pal, DS Luse, K Tran, JD Gralla, RJ Moreland, Q Yan, KM Harlen, LS Churchman, PJ Robinson, MJ Trnka, AL Burlingame, AM Naar, W Zhai, J Fellows, A Gnatt, MS Akhtar, JR Tietjen, DW Zhang, RD Chapman, K Glover‐Cutter, B Erickson, C Zhang, K Shokat, M Kim, H Suh, EJ Cho, TM Sogaard, MA Allen, H Kim, N Fong, JR Jacobsen, K Liang, A Shilatifard, RD Dowell, WM Old, C Jeronimo, F Robert, KH Wong, Y Jin, K Struhl, H Kwak, JT Lis, A Mayer, M Lidschreiber, M Siebert, K Leike, J Soding, GT Booth, IX Wang, VG Cheung, K Adelman, JM Plitzko, A Missra, DS Gilmour, R Amat, M Sanso, JJ Allen, KA Nilson, J Guo, ME Turek, JE Brogie, E Delaney, DH Price, G Diamant, L Amir‐Zilberstein, Y Yamaguchi, H Handa, R Dikstein, J Fitz, T Neumann, R Pavri, JB Rodriguez‐Molina, SC Tseng, SP Simonett, J Taunton, A Shetty, SP Kallgren, C Demel, KC Maier, D Spatt, BH Alver, PJ Park, F Winston, L Viladevall, CV St Amour, A Rosebrock, S Schneider, B Schwer, JK Leatherwood, Q Zhou, T Li, RS Levin, JJ Lipp, VY Wang, AK Greifenberg, EM Quezada, A Ali, A Ghosh, TM Rana, M Geyer, L Tong, CK Ho, S Shuman, P Komarnitsky, SC Schroeder, D Bentley, SS Mandal, C Chu, T Wada, AJ Shatkin, Y Pei, FX Chen, AR Woodfin, A Gardini, RA Rickels, SA Marshall, ER Smith, P Xie, CK Collings, K Cao, Y Aoi, EJ Rendleman, M Ugarenko, PA Ozark, A Zhang, MQ Zhang, M Yu, W Yang, T Ni, Z Tang, T Nakadai, J Zhu, SW Hong, SM Hong, JW Yoo, YC Lee, S Kim, DK Lee, EI Kanin, RT Kipp, M Slattery, A Viale, S Moteki, D Price, SB Ficarro, UB Kang, Y Chun, JA Marto, M de la Mata, CR Alonso, S Kadener, JP Fededa, M Blaustein, F Pelisch, AR Kornblihtt, Y Zhou, X Ji, J Qiu, T Saldi, K Diener, K Jones, XD Fu, MJ Munoz, MS Perez Santangelo, MP Paronetto, S Boireau, C Ben‐Dov, JJ Lozano, G Bird, E Bertrand, T Nojima, T Gomes, AR Grosso, H Kimura, MJ Dye, S Dhir, M Carmo‐Fonseca, NJ Proudfoot, J di Iulio, S Maleri, U Eser, J Vierstra, A Reynolds, R Sandstrom, JA Stamatoyannopoulos, S Medler, W Luo, D Seward, JH Graber, DD Pollock, PC Megee, T Takagi, A Ferdous, T Imai, S Hirose, S Sugimoto, K Yano, GA Hartzog, KO Kizer, HP Phatnani, Y Shibata, H Hall, AL Greenleaf, BD Strahl, DG Skalnik, HH Ng, SM Yoh, JS Lucas, KA Jones, C Deans, KA Maggert, R Bonasio, S Tu, RT Coleman, G Struhl, LJ Gaydos, W Wang, S Strome, F Zenk, E Loeser, R Schiavo, F Kilpert, O Bogdanovic, N Iovino, M Morselli, WA Pastor, B Montanini, K Nee, R Ferrari, K Fu, G Bonora, L Rubbi, AT Clark, S Ottonello, SE Jacobsen, M Pellegrini, JM Simon, KE Hacker, D Singh, AR Brannon, JS Parker, M Weiser, TH Ho, PF Kuan, E Jonasch, TS Furey, JF Prins, JD Lieb, WK Rathmell, IJ Davis, P Kolasinska‐Zwierz, T Down, I Latorre, T Liu, XS Liu, J Ahringer, RF Luco, Q Pan, K Tominaga, BJ Blencowe, OM Pereira‐Smith, T Misteli, RJ Sims, S Millhouse, CF Chen, BA Lewis, JL Manley, P Bailey, AJ Levine, D Chen, T Riedl, E Washbrook, PE Pace, RC Coombes, S Ali, P Chymkowitch, P Charneau, A Stary, A Sarasin, C Rochette‐Egly, S Adam, P Beltrao, V Albanese, LR Kenner, DL Swaney, A Burlingame, J Villen, WA Lim, JS Fraser, J Frydman, NJ Krogan, FCP Holstege, PC van der Vliet, HTM Timmers, Y Ohkuma, L Lariviere, L Wenzeck, M Seizl, M Hemann, EV Petrotchenko, CH Borchers, W Baumeister, F Herzog, E Villa, S Akoulitchev, S Chuikov, S Malik, H Molina, Z Xue, GS Winkler, U Fiedler, HT Timmers, K Yoder, K Kraemer, M McIlhatton, F Bushman, R Fishel, KE Yoder, W Roddick, P Hoellerbauer, LT Gray, AC Vallur, J Eddy, N Maizels, D Rhodes, HJ Lipps, DJ Rossi, A Londesborough, N Korsisaari, E Lehtonen, M Henkemeyer, KA Merrick, ME Terret, L Wohlbold, PV Jallepalli, MM Schachter, A Hirschi, SM Rubin, HK Salz, AI Abdullah, H Zhang, Y Nie, W Tang, T Sun, M Ganuza, C SĂĄiz‐Ladera, M Cañamero, G GĂłmez, R Schneider, MA Blasco, D Pisano, JM Paramio, D SantamarĂ­a, M Barbacid, S Luo, HR Horvitz, G He, X Yang, G Wang, J Qi, R Mao, Z Wu, Z Zhou, E Korzus, MG Rosenfeld, M Mayford, JE Cleaver, ET Lam, I Revet, L Proietti De Santis, RJ Bienstock, B Van Houten, M Moriel‐Carretero, E Herrera‐Moyano, A Aguilera, S Mourgues, V Gautier, A Lagarou, C Bordier, A Mourcet, J Slingerland, L Kaddoum, A Gonzales de Peredo, B Monsarrat, PO Mari, R Velez‐Cruz, AS Zadorin, S Hashimoto, I Jaitovich‐Groisman, N Benlimame, BL Slagle, MH Perez, L Alpert, DJ Song, N Fotouhi‐Ardakani, J Galipeau, MA Alaoui‐Jamali, A Billecocq, M Bouloy, N Cyr, C de la Fuente, L Lecoq, I Guendel, PR Chabot, K Kehn‐Hall, B Kalveram, O Lihoradova, T Ikegami, TP Cujec, H Okamoto, K Fujinaga, J Meyer, H Chamberlin, BM Peterlin, CA Parada, YK Kim, CF Bourgeois, R Pearson, M Tyagi, MJ West, J Wong, SY Wu, CM Chiang, J Karn, C Hutterer, J Eickhoff, J Milbradt, K Korn, I Zeittrager, H Bahsi, S Wagner, G Zischinsky, A Wolf, C Degenhart, A Unger, M Baumann, B Klebl, M Marschall, B Li, T Ni Chonghaile, Y Fan, SF Madden, R Klinger, AE O'Connor, L Walsh, G O'Hurley, G Mallya Udupi, J Joseph, F Tarrant, E Conroy, A Gaber, SF Chin, HA Bardwell, E Provenzano, J Crown, T Dubois, S Linn, K Jirstrom, C Caldas, DP O'Connor, WM Gallagher, H Patel, R Abduljabbar, C‐F Lai, M Periyasamy, A Harrod, C Gemma, JH Steel, N Patel, C Busonero, D Jerjees, J Remenyi, S Smith, JJ Gomm, L Magnani, B GyƑrffy, LJ Jones, F Fuller‐Pace, S Shousha, L Buluwela, EA Rakha, IO Ellis, D Hnisz, BJ Abraham, TI Lee, A Lau, V Saint‐Andre, AA Sigova, HA Hoke, J Loven, CY Lin, DA Orlando, CR Vakoc, JE Bradner, S Pott, K Shrinivas, AK Chakraborty, PA Sharp, E Chipumuro, E Marco, CL Christensen, N Kwiatkowski, T Zhang, CM Hatheway, B Sharma, C Yeung, A Altabef, A Perez‐Atayde, KK Wong, GC Yuan, NS Gray, RE George, J Carretero, F Al‐Shahrour, GS Herter‐Sprie, EA Akbay, J Zhang, T Shimamura, M Capelletti, JB Reibel, JD Cavanaugh, P Gao, SR Michaelsen, HS Poulsen, AR Aref, DA Barbie, PB Rahl, J Reddy, A Dastur, A Amzallag, S Ramaswamy, B Tesar, CE Jenkins, NM Hannett, D McMillin, T Sanda, T Sim, ND Kim, T Look, CS Mitsiades, AP Weng, JR Brown, CH Benes, Y Wang, S Xie, H Yuzugullu, T Von, H Li, Z Lin, DG Stover, E Lim, ZC Wang, JD Iglehart, JJ Zhao, F Cayrol, P Praditsuktavorn, TM Fernando, R Marullo, MN Calvo‐Vidal, J Phillip, B Pera, SN Yang, K Takpradit, L Roman, M Gaudiano, R Crescenzo, J Ruan, G Inghirami, G Cremaschi, L Cerchietti, S Kalan, Y Liang, CM Olson, M Rusan, K Li, KA Buczkowski, B Bockorny, T Chen, S Li, K Rhee, W Chen, H Terai, T Tavares, AL Leggett, TJ Kim, SH Hong, N Poudel‐Neupane, M Silkes, T Mudianto, L Tan, M Meyerson, AJ Bass, H Watanabe, PS Hammerman, TW Kelso, K Baumgart, T Albert, C Antrecht, S Lemcke, AC Bishop, JA Ubersax, DT Petsch, DP Matheos, J Blethrow, E Shimizu, JZ Tsien, PG Schultz, MD Rose, JL Wood, QL He, DV Titov, J Li, M Tan, Z Ye, Y Zhao, D Romo, JO Liu, B Gilman, S Bhat, WK Low, Y Dang, M Smeaton, AL Demain, PS Miller, JF Kugel, F Chen, X Gao, SG Manzo, ZL Zhou, YQ Wang, J Marinello, JX He, YC Li, J Ding, G Capranico, ZH Miao, JJ Lu, L He, Q Yu, I Jonkers, LJ Core, JJ Waterfall, S Alekseev, M Ayadi, L Brino, AK Larsen, Z Nagy, J Sandoz, A Weiss, WW Tee, SS Shen, O Oksuz, V Narendra, J Baell, MA Walters, S Nagai, X Liu, T Wu, RK Louder, JR LĂłpez‐Blanco, P ChacĂłn, A Gegonne, JD Weissman, M Zhou, A Dasgupta, R Ribble, JN Brady, DS Singer, N Yudkovsky, AC Seila, JM Calabrese, SS Levine, GW Yeo, RA Flynn, M Okuda, M Kinoshita, E Kakumu, K Sugasawa, Y Nishimura, Y Nakazawa, C Guo, T Ogi, P Ruthemann, C Balbo Pogliano, T Codilupi, Z Garajova, H Naegeli, N Damodaren, T Van Eeuwen, J Zamel, E Lin‐Shiao Show less
Abstract TFIIH is a 10‐subunit complex that regulates RNA polymerase II (pol II) transcription but also serves other important biological roles. Although much remains unknown about TFIIH function in Show more
Abstract TFIIH is a 10‐subunit complex that regulates RNA polymerase II (pol II) transcription but also serves other important biological roles. Although much remains unknown about TFIIH function in eukaryotic cells, much progress has been made even in just the past few years, due in part to technological advances (e.g. cryoEM and single molecule methods) and the development of chemical inhibitors of TFIIH enzymes. This review focuses on the major cellular roles for TFIIH, with an emphasis on TFIIH function as a regulator of pol II transcription. We describe the structure of TFIIH and its roles in pol II initiation, promoter‐proximal pausing, elongation, and termination. We also discuss cellular roles for TFIIH beyond transcription (e.g. DNA repair, cell cycle regulation) and summarize small molecule inhibitors of TFIIH and diseases associated with defects in TFIIH structure and function. Show less
📄 PDF DOI: 10.1002/pro.3424
amino-acid review