👤 M. Hegde

🔍 Search 📋 Browse 🏷️ Tags ❤️ Favourites ➕ Add 🧬 Extraction
5
Articles
5
Name variants
Also published as: G.V. Hegde, RS Hegde, S. S. Hegde, Samarth Hegde
articles
L. Volpicella, G. Punzi, V. Porcelli +494 more · 2025 · Biomolecules · MDPI · added 2026-04-20
L. Volpicella, G. Punzi, V. Porcelli, N. Gambacorta, L. Trisolini, C.L. Pierri, A. De Grassi, D.M. Muoio, R.C. Noland, J.P. Kovalik, S.E. Seiler, M.N. Davies, K.L. Debalsi, O.R. Ilkayeva, R.D. Stevens, I. Kheterpal, J. Zhang, J. Hsu, N. Fatuzzo, N. Weng, W. Michno, W. Dong, M. Kienle, Y. Dai, A. Pasca, M. Abu-Remaileh, N. Rasgon, R.R. Ramsay, R.D. Gandour, F.R. van der Leij, M.A.K. Westin, M.C. Hunt, S.E.H. Alexson, O.J. Martin, D.H. Slentz, J. An, C.B. Newgard, T.R. Koves, K.H. Fisher-Wellman, C.-T. Lin, T.E. Ryan, L.R. Reese, L.A.A. Gilliam, B.L. Cathey, D.S. Lark, C.D. Smith, P.D. Neufer, J.R. Gooding, K.E. Wong, A.H. Wittmann, L. Lindeboom, L. Kjalarsdottir, J.W. Thompson, L.G. Dubois, M.J. Brosnan, T.P. Rolph, P.A. Grimsrud, V. Mezhnina, R. Pearce, A. Poe, N. Velingkaar, A. Astafev, O.P. Ebeigbe, K. Makwana, Y. Sandlers, R.V. Kondratov, M.A.B. Melone, A. Valentino, S. Margarucci, U. Galderisi, A. Giordano, G. Peluso, N.D. Amoedo, S. Sarlak, E. Obre, P. Esteves, H. Bégueret, Y. Kieffer, B. Rousseau, A. Dupis, J. Izotte, N. Bellance, N. Giangregorio, A. Tonazzi, G. Incampo, V. Tragni, C. Indiveri, G. Fiermonte, E. Paradies, S. Todisco, C.M.T. Marobbio, F. Palmieri, T. Haitina, J. Lindblom, T. Renström, R. Fredriksson, A. Vozza, F. De Leonardis, G. Parisi, F.M. Lasorsa, L. Muto, L. Capobianco, G. Agrimi, A. Russo, P. Scarcia, V.A. Zammit, G. Jogl, L. Tong, A.C. Rufer, R. Thoma, M. Hennig, Y.S. Hsiao, I. Lasheras-Otero, I. Feliu, A. Maillo, H. Moreno, M. Redondo-Muñoz, P. Aldaz, A. Bocanegra, A. Olias-Arjona, F. Lecanda, J. Fernandez-Irigoyen, B. Musio, V. Pesce, M.M. Cavalluzzi, G. Petrosillo, G. La Piana, M.N. Sgobba, N. Schlosserová, L. Cafferati Beltrame, R. Di Lorenzo, G. Primiano, A. Tummolo, G. Paterno, R. Gorgoglione, M. Volpicella, V. Iacobazzi, V. Infantino, P. Convertini, L. Console, C. Lanave, C. Saccone, S.M. Houten, R.J.A. Wanders, D. Lacombe, R. Rossignol, C. Caggese, D. D’Elia, G. Pesole, M. Montaruli, L. Laera, F. Colella, V. Scaglione, S. Barile, A.L. Francavilla, D.I. De Luca, X. Wang, C. Yang, C. Huang, W. Wang, G. Chen, B. Bao, Y. Cheng, M. Tian, J. Song, L. Zheng, Q. Tong, R. Vishwa, B. BharathwajChetty, S. Girisa, B.S. Aswani, M.S. Alqahtani, M. Abbas, M. Hegde, A.B. Kunnumakkara, L.T.M. Le, J.R. Thompson, P.X. Dang, J. Bhandari, A. Alam, K. Zacharowski, B. Blackburn, C. Thiemermann, R. Shi, Y. Zhang, Y. Shi, S. Shi, L. Jiang, K. Jaudzems, J. Kuka, A. Gutsaits, K. Zinovjevs, I. Kalvinsh, E. Liepinsh, M. Dambrova, M. Tsoko, F. Beauseigneur, J. Gresti, I. Niot, J. Demarquoy, J. Boichot, J. Bezard, L. Rochette, P. Clouet, M. Kuwajima, H. Harashima, M. Hayashi, S. Ise, M. Sei, K.-m. Lu, H. Kiwada, Y. Sugiyama, K. Shima, D.L. Jenkins, O.W. Griffith, L.T. Izzo, S. Trefely, C. Demetriadou, J.M. Drummond, T. Mizukami, N. Kuprasertkul, A.T. Farria, P.T.T. Nguyen, N. Murali, L. Reich, H. Mao, A. Angelini, S. Li, G. Wang, L. Li, C. Patterson, X. Pi, L. Xie, A.G. Cordente, E. López-Viñas, M.I. Vázquez, P. Gómez-Puertas, G. Asins, D. Serra, F.G. Hegardt, L. Govindasamy, T. Kukar, W. Lian, B. Pedersen, Y. Gu, M. Agbandje-McKenna, S. Jin, R. McKenna, D. Wu, A.R. Kim, R.J. Rylett, B.H. Shilton, Y. Cai, C.N. Cronin, A.G. Engel, K. Ohno, L.B. Hersh, D.W. Rodgers, J.D. McGarry, N.F. Brown, A. Mattevi, A.M. Waterhouse, J.B. Procter, D.M.A. Martin, M. Clamp, G.J. Barton, M.A. Larkin, G. Blackshields, N.P. Brown, R. Chenna, P.A. McGettigan, H. McWilliam, F. Valentin, I.M. Wallace, A. Wilm, R. Lopez, J.F. Chase, S. Violante, L. Ijlst, J. Ruiter, J. Koster, H. van Lenthe, M. Duran, I.T. de Almeida, F.V. Ventura, P.K. Tubbs, M. Morillas, B. Rubí, J. Clotet, J. Ariño, A. Valencia, K. Kashfi, R.L. Mynatt, E.A. Park, G.A. Cook, R.J. Wanders, W.L. Delano, S. Bromberg, A.C. Wallace, R.A. Laskowski, J.M. Thornton, T.R. Altamimi, P.D. Thomas, A.M. Darwesh, N. Fillmore, M.U. Mahmoud, L. Zhang, A. Gupta, R. Al Batran, J.M. Seubert, G.D. Lopaschuk, M.A. Schroeder, H.J. Atherton, M.S. Dodd, P. Lee, L.E. Cochlin, G.K. Radda, K. Clarke, D.J. Tyler, A. Pop, M. Williams, E.A. Struys, M. Monné, E.E.W. Jansen, W.A. Kanhai, M.R.F. Ojeda, A. Tessa, C. Dionisi-Vici, M.R. Baumgartner, Y.H. Chien, C. Loguercio, H.O. De Baulny, M.-C. Nassogne, M. Schiff, R. Wibom, V. Töhönen, M. Barbaro, F.H. Sterky, T. Kucinski, K. Naess, M. Jonsson, S. Edvardson, C. Jalas, D. Soiferman, Y. Kellner, A. Shaag, S.H. Korman, N.D. Fraenkel, M. Ruggiu, M.F. Hossain, A. Menga, A. Castegna, F. Invernizzi, S. Baratta, R. Pons, W. Chung, B. Garavaglia, A. Ribes, R. Parini, M.D. Huertas, M.A. Shahroor, I. Dweikat, M.A. Di Noia, M. Gur, G. Agostino, T. Rinaldi, G. Gasparre, A. Onofrio, G. Redavid, A. Santarsiero, N.C. Williams, D. Iacobazzi, G. De Stefano, L.A.J. O’Neill, X. Li, F. Zhao, Z. Zhao, X. Zhao, H. Meng, D. Zhang, S. Zhao, M. Ding, C. Amat di San Filippo, M.R.G. Taylor, L. Mestroni, L.D. Botto, N. Longo, K. Gotvaldová, J. Špačková, K. Smolková, G. Benard, F. Furt, H. Begueret, E. Passerieux, J.P. Delage, J.M. Baste, P. Moreau, J. Novotný, K. Baslarová, P. Ježek, L. Rossmeislová, J. Gojda, E.M. Palmieri, R. Holewinski, C.L. McGinity, N. Maio, J.M. Weiss, K.M. Miranda, T.A. Rouault, T. Andresson, S. Sharma, X. Sun, S. Agarwal, R. Rafikov, S. Dasarathy, S. Kumar, S.M. Black, J.M. Rutkowsky, T.A. Knotts, K.D. Ono-Moore, C.S. McCoin, S. Huang, D. Schneider, S. Singh, S.H. Adams, D.H. Hwang, L. Amadori, C. Calcagno, D.M. Fernandez, S. Koplev, N. Fernandez, R. Kaur, P. Mury, N.S. Khan, S. Sajja, R. Shamailova, A. Ta-Shma, P. Stepensky, S. Zenvirt, O. Elpeleg, A.J.J.T. Rein, T. Hu, C.H. Liu, M. Lei, Q. Zeng, H. Tang, N. Zhang, C. Garcia, C.J. Andersen, C.N. Blesso, M. Wang, K. Wang, X. Liao, H. Hu, L. Chen, L. Meng, W. Gao, Q. Li, G. Ghilardi, L. Paruzzo, J. Svoboda, E.A. Chong, A.A. Shestov, I.J. Cohen, G. Gabrielli, S.D. Nasta, P. Porazzi, J.B. Baell, J.W.M. Nissink, N. Wiedemar, D.A. Hauser, P. Mäser, M. Favia, A. Muscella, L. Guerra, C. Jose, T. Zhao, X. Mu, Q. You, A.D.R. Campos-Contreras, M. Díaz-Muñoz, F.G. Vázquez-Cuevas, L. Nicassio, F. Fracasso, G. Sirago, C. Musicco, A. Picca, E. Marzetti, R. Calvani, P. Cantatore, M.N. Gadaleta, P. Cassano, A.M.S. Lezza, V. Capelli, A.M. Timperio, M. Calvani, L. Mosconi Show less
Carnitine O-acetyltransferase (CRAT) is a key mitochondrial enzyme involved in maintaining metabolic homeostasis by mediating the reversible transfer of acetyl groups between acetyl-CoA and carnitine. Show more
Carnitine O-acetyltransferase (CRAT) is a key mitochondrial enzyme involved in maintaining metabolic homeostasis by mediating the reversible transfer of acetyl groups between acetyl-CoA and carnitine. This enzymatic activity ensures the optimal functioning of mitochondrial carbon flux by preventing acetyl-CoA accumulation, buffering metabolic flexibility, and regulating the balance between fatty acid and glucose oxidation. CRAT’s interplay with the mitochondrial carnitine shuttle, involving carnitine palmitoyltransferases (CPT1 and CPT2) and the carnitine carrier (SLC25A20), underscores its critical role in energy metabolism. Emerging evidence highlights the structural and functional diversity of CRAT and structurally related acetyltransferases across cellular compartments, illustrating their coordinated role in lipid metabolism, amino acid catabolism, and mitochondrial bioenergetics. Moreover, the structural insights into CRAT have paved the way for understanding its regulation and identifying potential modulators with therapeutic applications for diseases such as diabetes, mitochondrial disorders, and cancer. This review examines CRAT’s structural and functional aspects, its relationships with carnitine shuttle members and other carnitine acyltransferases, and its broader role in metabolic health and disease. The potential for targeting CRAT and its associated pathways offers promising avenues for therapeutic interventions aimed at restoring metabolic equilibrium and addressing metabolic dysfunction in disease states. Show less
📄 PDF DOI: 10.3390/biom15020216
amino-acid mitochondria review
A.W. Greene, J. Baek, O. Ashenberg +1163 more · 2023 · Cells · MDPI · added 2026-04-20
A.W. Greene, J. Baek, O. Ashenberg, A.E. Keating, W.H. Landschulz, P.F. Johnson, S.L. McKnight, C.R. Vinson, K.C. Garcia, J. Lekstrom-Himes, K.G. Xanthopoulos, P. Agre, T. Hai, S.M. Boyd, J.R. Newman, J. Jumper, R. Evans, A. Pritzel, T. Green, M. Figurnov, O. Ronneberger, K. Tunyasuvunakool, R. Bates, A. Zidek, A. Potapenko, M. Varadi, S. Anyango, M. Deshpande, S. Nair, C. Natassia, G. Yordanova, D. Yuan, O. Stroe, G. Wood, A. Laydon, T.K. Sears, J.M. Angelastro, P. Deng, C.M. Haynes, P. Paerhati, J. Liu, Z. Jin, T. Jakos, S. Zhu, L. Qian, J. Zhu, Y. Yuan, T. Sebastian, J.J. Smink, A. Leutz, S.E. van der Krieken, H.E. Popeijus, R.P. Mensink, J. Plat, M. Pulido-Salgado, J.M. Vidal-Taboada, J. Saura, M. Miller, A.J. Spike, J.M. Rosen, K. Balamurugan, E. Sterneck, L. Klimaschewski, S. Tang, O.V. Vitolo, T.A. Weissman, L.T. Donlin, M.L. Shelanski, L.A. Greene, J.M. Aletta, A. Rukenstein, S.H. Green, T.N. Ignatova, V.G. Kukekov, D.A. Steindler, G.B. Stengren, C. Mendelsohn, J.L. Mason, J.E. Goldman, G. Lin, M. Umemura, T. Ogura, A. Matsuzaki, H. Nakano, K. Takao, T. Miyakawa, Y. Takahashi, Y. Kaneko, R. Tanabe, L.R. Devireddy, J.G. Teodoro, F.A. Richard, M.R. Green, S.P. Persengiev, Z. Sheng, L. Li, L.J. Zhu, T.W. Smith, A. Demers, A.H. Ross, R.P. Moser, P.D. Canoll, J. Kuo, M. Weicker, A. Costa, J.N. Bruce, R. Huang, D. Qian, M. Hu, X. Zhang, J. Song, H. Chen, B. Wang, M. Wang, L. Wei, L. Zhang, D.X. Liu, J. Feldheim, A.F. Kessler, D. Schmitt, L. Wilczek, T. Linsenmann, M. Dahlmann, C.M. Monoranu, R.I. Ernestus, C. Hagemann, M. Lohr, D. York, C.D. Sproul, N. Chikere, P.J. Dickinson, T. Wang, R. Yang, J.L. Huang, G. Jiang, Q.X. Song, X. Gu, X.L. Wang, H.H. Song, L.P. Chen, Y.Y. Lin, D. Jiang, D. Zhou, L.R. Palam, L. Jiang, J. Narasimhan, K.A. Staschke, R.C. Wek, M. Costa-Mattioli, P. Walter, X.M. Hua, J. Wang, D.M. Qian, J.Y. Song, X.L. Zhu, R. Zhou, Y.D. Zhao, X.Z. Zhou, Z. Li, H. Li, H. Xie, M. Fan, N. Zhang, J. Ma, S. Che, H.Y. Lee, S.E. Monaco, M. Szabolcs, S. Dong, C.L. Nutt, R.A. Betensky, A.O. Stemmer-Rachamimov, N.C. Denko, K.L. Ligon, D.H. Rowitch, D.N. Louis, X. Wang, F. Xing, I. Herskowitz, B.N. Nguyen, L.W. Elmore, S.E. Holt, S. Dejager, M. Mietus-Snyder, A. Friera, R.E. Pitas, D. Krylov, M. Olive, C. Vinson, S.C. Williams, C. Dezan, D.R. Echlin, K. Gardner, E. Taparowsky, A. Arias, M.W. Lame, L. Santarelli, R. Hen, M. Assanah, R. Lochhead, A. Ogden, J. Bruce, J. Goldman, P. Canoll, G. Hesselager, L. Uhrbom, B. Westermark, M. Nister, N. Vale, D. Duarte, S. Silva, A.S. Correia, B. Costa, M.J. Gouveia, A. Ferreira, E. Dupont, A. Prochiantz, A. Joliot, C.C. Cates, A.D. Arias, L.S. Nakayama Wong, M. Sidorov, G. Cayanan, D.J. Rowland, J. Fung, G. Karpel-Massler, M.D. Siegelin, N.A. Ciaccio, T.S. Reynolds, C.R. Middaugh, J.S. Laurence, B.A. Horst, C. Shu, L. Chau, T. Tsujiuchi, C.S. Peters, X. Liang, S. Li, S. Kannan, Y. Peng, R. Taub, R.H. Diamond, M.L. Moreno, R.L. Bauer, X. Sun, P. Jefferson, Q. Zhou, T. Nakajima, S. Kinoshita, T. Sasagawa, K. Sasaki, M. Naruto, T. Kishimoto, S. Akira, J. Homma, R. Yamanaka, N. Yajima, N. Tsuchiya, N. Genkai, M. Sano, R. Tanaka, M.S. Carro, W.K. Lim, M.J. Alvarez, R.J. Bollo, X. Zhao, E.Y. Snyder, E.P. Sulman, S.L. Anne, F. Doetsch, H. Colman, L.A. Cooper, D.A. Gutman, C. Chisolm, C. Appin, J. Kong, Y. Rong, T. Kurc, E.G. Van Meir, J.H. Saltz, C.S. Moreno, T. Chu, E.J. Rice, G.T. Booth, H.H. Salamanca, Z. Wang, L.J. Core, S.L. Longo, R.J. Corona, L.S. Chin, J.T. Lis, T. Kudo, M.T. Prentzell, S.R. Mohapatra, F. Sahm, Z. Zhao, I. Grummt, W. Wick, C.A. Opitz, M. Platten, E.W. Green, K. Lei, Y. Xia, X.C. Wang, E.H. Ahn, L. Jin, K. Ye, D. Wang, X. Ruan, X. Liu, Y. Xue, L. Shao, C. Yang, L. Zhu, Y. Yang, B. Yu, S.M. Wang, W.C. Lin, H.Y. Lin, Y.L. Chen, C.Y. Ko, J.M. Wang, J. Halliday, K. Helmy, S.S. Pattwell, K.L. Pitter, Q. LaPlant, T. Ozawa, E.C. Holland, M. Minata, A. Audia, J. Shi, S. Lu, J. Bernstock, M.S. Pavlyukov, A. Das, S.H. Kim, Y.J. Shin, Y. Lee, J. Yin, Y.T. Oh, J.Y. Kim, S.S. Kim, E. Choi, T.H. Kim, J.H. Hong, N. Chang, H.J. Cho, J.K. Sa, D. Aguilar-Morante, M. Cortes-Canteli, M. Sanz-Sancristobal, A. Santos, A. Perez-Castillo, J.A. Morales-Garcia, F. Di Pascale, S. Nama, M. Muhuri, S. Quah, H.M. Ismail, X.H.D. Chan, G.M. Sundaram, R. Ramalingam, B. Burke, P. Sampath, T.I. Hsu, J.Y. Chuang, T.J. Kao, S.W. Lim, W.B. Yang, C.C. Huang, Y.T. Tsai, W.C. Chang, K. Biserova, A. Jakovlevs, R. Uljanovs, I. Strumfa, Y. Gao, B. Liu, L. Feng, B. Sun, S. He, G. Wu, G. E, C. Liu, Z. Gao, J. Xu, Y. Fan, Y. Qi, S. Wang, S. Zhao, X. Guo, H. Xue, L. Deng, R. Zhao, L. Selagea, A. Mishra, M. Anand, J. Ross, C. Tucker-Burden, D.J. Brat, X. Kong, W. Meng, Z. Zhou, Y. Li, B. Zhou, R. Wang, L. Zhan, L. Yang, W. Yu, Q. Wu, J. Lian, F. Li, S. Liu, A. Li, Z. He, K. Shao, W. Pu, J. Zhang, S. Guo, F. Qian, I. Glurich, Q. Jin, Y. Ma, S. Ju, Z. Zhang, X. Tang, Y. Liang, G. Sun, Q. He, H. Qu, P. Gao, Y. Shu, H. Bao, S. Han, Z. Liu, N. Zhao, W. Yuan, C. Jian, X. Shu, J. Pang, L. Wang, Q. Dong, D. Jin, I.C. Salaroglio, D.C. Belisario, M. Akman, S. La Vecchia, M. Godel, D.P. Anobile, G. Ortone, S. Digiovanni, S. Fontana, C. Costamagna, K. Okazaki, H. Anzawa, N. Ota, H. Kitamura, Y. Onodera, M.M. Alam, D. Matsumaru, T. Suzuki, F. Katsuoka, K. Kinoshita, H. Sekine, H. Motohashi, M. Liu, R. Li, T. Liu, D. Zhang, M. Shen, X. Ren, Q. Sun, B.A. Sterken, T. Ackermann, C. Muller, H.R. Zuidhof, G. Kortman, A. Hernandez-Segura, M. Broekhuis, D. Spierings, V. Guryev, C.F. Calkhoven, X.Z. Liu, A. Rulina, M.H. Choi, L. Pedersen, J. Lepland, S.T. Takle, N. Madeleine, S.D. Peters, C.E. Wogsland, S.M. Grondal, D. Xia, H. Cao, C. Wu, Z. Sun, H. Liu, L.L. Lee, S.J. Kim, Y.I. Hahn, J.H. Jang, S. Saeidi, Y.J. Surh, H. Wu, J. Gu, W. Cheng, Y. Wang, Q. Wang, R. Zhang, X. Li, H. Zhang, H. Xu, F. Wang, L. Tang, K. Ning, N. Geng, F. Liu, D. Mendoza-Villanueva, S. Sharan, G.H. Summers, L.E. Dobrolecki, M.T. Lewis, J. Cao, S. Ben-Shmuel, R. Rashed, R. Rostoker, E. Isakov, Z. Shen-Orr, D. Leroith, E. Kurzejamska, J. Johansson, K. Jirstrom, V. Prakash, S. Ananthaseshan, L. Boon, J. Fuxe, P. Religa, B.H. Park, S. Kook, S. Lee, J.H. Jeong, A. Brufsky, B.C. Lee, A. Chen, J. Lu, D. Liu, X.X. Zhang, M.C. Li, C.H. Cao, D.Y. Wan, B.X. Xi, J.H. Tan, Z.Y. Yang, X.X. Feng, J. Tan, X. Zheng, M. Li, F. Ye, C. Song, C. Xu, W. Li, S. Zeng, S. Yang, R. Cheng, B. Pang, P. Sun, T.C. Hour, Y.L. Lai, C.I. Kuan, C.K. Chou, H.Y. Tu, H.T. Hu, C.S. Lin, W.J. Wu, Y.S. Pu, B. Jin, Y. Gong, L. Jiao, D. Xin, L. Zhou, Y. Jin, J. Zhou, H. Tian, X. Zhi, Z. Xiao, T. Chen, H. Yuan, Q. Chen, M. Chen, J. Yang, G. Regalo, P. Canedo, G. Suriano, C. Resende, M.L. Campos, M.J. Oliveira, C. Figueiredo, P. Rodrigues-Pereira, N. Blin, R. Seruca, S. Du, Z. Yang, X. Lu, S. Yousuf, M. Zhao, J. Miao, H. Yu, X. Zhu, M.H. Kim, A.Z. Minton, V. Agrawal, D.J. Barakat, J. Mendonca, T. Barberi, S.K. Kachhap, I. Paz-Priel, A.D. Friedman, S.R. Denmeade, D. Li, S. Huang, X. Bi, X. Pu, H. Adamo, P. Hammarsten, C. Hagglof, T. Dahl Scherdin, L. Egevad, P. Stattin, S. Halin Bergstrom, A. Bergh, W.J. Wang, H.Y. Lai, F. Zhang, W.J. Shen, P.Y. Chu, H.Y. Liang, Y.B. Liu, X. Song, C.S. Huang, J. Chu, X.X. Zhu, J.H. Li, X.T. Huang, J.P. Cai, W. Zhao, X.Y. Yin, A. Ramirez, J.L. Jorcano, R.C. Smart, Z.J. Messenger, J.R. Hall, D.D. Jima, J.S. House, H.W. Tam, D.A. Tokarz, Y. Zhou, Q. Xu, B. Yang, S. Jiang, L. Hu, Q. Li, Y. Shuai, E. Fan, Q. Zhong, G. Feng, X. Gou, G. Zhang, Q. Du, Z. Tan, F. Shi, M. Tang, L. Xie, L. Zhao, J. Hu, M. Zhou, A. Bode, Q. Huang, Y. Lv, Y. Dong, D. Song, Y. Shen, Y. Shi, M. Zhang, L. Rong, B. Chen, K. Liu, X. He, J. Li, M. He, F. Yang, L. Chai, Z. Xu, L. Kong, L.J. Cao, Y.J. Zhang, S.Q. Dong, X.Z. Li, X.T. Tong, D. Chen, Z.Y. Wu, X.H. Zheng, W.Q. Xue, W.H. Jia, M. Qin, F. Han, J. Wu, F.X. Gao, D.X. Yan, X.M. He, Y. Long, X.P. Tang, D.L. Ren, F. He, H. Xiao, Y. Cai, A. Swoboda, R. Soukup, O. Eckel, K. Kinslechner, B. Wingelhofer, D. Schorghofer, C. Sternberg, H.T.T. Pham, M. Vallianou, J. Horvath, G. Ambrosini, C. Do, B. Tycko, R.B. Realubit, C. Karan, E. Musi, R.D. Carvajal, V. Chua, A.E. Aplin, G.K. Schwartz, A. Nachiyappan, J.L.J. Soon, H.J. Lim, V.K. Lee, R. Taneja, C. Lai, L.F. Shen, R.R. Zhou, Y.Y. Zhang, P. Rajbhandari, G. Lopez, C. Capdevila, B. Salvatori, J. Yu, R. Rodriguez-Barrueco, D. Martinez, M. Yarmarkovich, N. Weichert-Leahey, B.J. Abraham, Z.Y. Hua, J.N. Hansen, S.K. Dai, Y. Choi, M.D. Fulton, S.M. Lloyd, M. Szemes, J. Sen, H.F. Ding, J.D. Gardiner, L.M. Abegglen, X. Huang, B.E. Carter, E.A. Schackmann, M. Stucki, C.N. Paxton, R. Lor Randall, J.F. Amatruda, A.R. Putnam, Y.H. Wang, H.Y. Huang, W.M. Li, B.W. Yeh, T.F. Wu, Y.L. Shiue, J.J. Sheu, C.F. Li, Y.Y. Chu, C.J. Yen, T.C. Chan, C.H. Hsing, S.K. Huang, K.L. Hsieh, Y.H. Kuo, M.V. Yusenko, A. Trentmann, D.A. Casolari, L. Abdel Ghani, M. Lenz, M. Horn, W. Dorner, S. Klempnauer, H.D. Mootz, M.F. Arteaga, K.H. Klempnauer, D. Frank, R. Moorthy, J.C. Widen, C. Khandanpour, D.A. Harki, J. Rousseau, V. Gagne, M. Labuda, C. Beaubois, D. Sinnett, C. Laverdiere, A. Moghrabi, S.E. Sallan, L.B. Silverman, D. Neuberg, Y.H. Youssef, S.M. Makkeyah, A.F. Soliman, N.H. Meky, M. Kurata, I. Onishi, T. Takahara, Y. Yamazaki, S. Ishibashi, R. Goitsuka, D. Kitamura, J. Takita, Y. Hayashi, D.A. Largaesapda, E. Duprez, A.K. Mittal, G.V. Hegde, P. Aoun, R.G. Bociek, B.J. Dave, A.D. Joshi, W.G. Sanger, D.D. Weisenburger, S.S. Joshi, R. Pal, M. Janz, D.L. Galson, M. Gries, K. Johrens, I. Anagnostopoulos, B. Dorken, M.Y. Mapara, L. Borghesi, R. Piva, E. Pellegrino, M. Mattioli, L. Agnelli, L. Lombardi, F. Boccalatte, G. Costa, B.A. Ruggeri, M. Cheng, R. Chiarle, B. Bisikirska, M. Bansal, J. Teruya-Feldstein, R. Chaganti, A. Califano, J.H. White, R.A. McIllhinney, A. Wise, F. Ciruela, W.Y. Chan, P.C. Emson, A. Billinton, F.H. Marshall, X. Jiang, L. Su, Q. Zhang, C. He, P. Yi, Q. Shu, Y. Tan, J.A. Morris, G. Kandpal, L. Ma, C.P. Austin, C. Kakiuchi, M. Ishiwata, S. Nanko, H. Kunugi, Y. Minabe, K. Nakamura, N. Mori, K. Fujii, K. Yamada, T. Yoshikawa, X. Gao, Y. Mi, N. Guo, Z. Hu, F. Hu, L. Gao, W. Jin, B. Madarampalli, K. Lengel, Y. Xu, G. Li, Z. Lu, C.J. Fiorese, A.M. Schulz, Y.F. Lin, N. Rosin, M.W. Pellegrino, T. Dohi, C.M. Raskett, G.M. Orlowski, C.M. Powers, C.A. Gilbert, J. Plescia, D.C. Altieri, R. Keerthiga, D.S. Pei, A. Fu, Y. Zhao, Y.D. Zhang, S.W. Qian, Z.C. Zhang, S.F. Li, L. Guo, Y. Liu, B. Wen, Q.Y. Lei, A. Khramushin, Z. Ben-Aharon, T. Tsaban, J.K. Varga, O. Avraham, O. Schueler-Furman, N. Pasquier, T.T.T. Nguyen, E. Darvishi, L. Ghamsari, S.F. Leong, R. Ramirez, M. Koester, E. Gallagher, M. Yu, J.M. Mason, G. Merutka, B.J. Kappel, D. Dluzen, D. Tacelosky, M. Moreau, S.P. Wheatley, S.N. Brun, S.L. Markant, L.A. Esparza, G. Garcia, D. Terry, J.M. Huang, X.N. Li, G.A. Grant, J.R. Crawford, R. Frazzi, X. Tong, P. Yang, K. Wang, X. Shan, K. Zhang, D. Merino, D.A. Putavet, P.L.J. de Keizer, L. Bousset, J. Gil, J. Salotti, K. Sakchaisri, W.G. Tourtellotte, L.M. Podust, A.M. Krezel, Y. Kim, H. Tominaga, S. Maeda, M. Hayashi, S. Takeda, S. Komiya, T. Nakamura, H. Akiyama, T. Imamura, I.K. Mann, R. Chatterjee, J. Zhao, M.T. Weirauch, T.R. Hughes, S.M. Ebert, S.A. Bullard, N. Basisty, G.R. Marcotte, Z.P. Skopec, J.M. Dierdorff, A. Al-Zougbi, K.C. Tomcheck, A.D. DeLau, J.A. Rathmacher, I.M.N. Wortel, L.T. van der Meer, M.S. Kilberg, F.N. van Leeuwen, S. Moeckel, K. LaFrance, J. Wetsch, C. Seliger, M.J. Riemenschneider, M. Proescholdt, P. Hau, A. Vollmann-Zwerenz, N.I. Lorenz, A.C.M. Sittig, H. Urban, A.L. Luger, A.L. Engel, C. Munch, J.P. Steinbach, M.W. Ronellenfitsch, C. Chen, P. Liu, S. Fang, Y. You, S. Kaspar, C. Oertlin, K. Szczepanowska, A. Kukat, K. Senft, C. Lucas, S. Brodesser, M. Hatzoglou, O. Larsson, I. Topisirovic, S.E. Parkin, M. Baer, T.D. Copeland, R.C. Schwartz, C.J. Huggins, R. Malik, S. Thomas, N. Martin, O.A. Quinones, W.G. Alvord, M.E. Olanich, J.R. Keller, Z. Renfro, B.E. White, K.E. Stephens, J.M. Adams, S. Cory, C.T. Ishida, Y. Zhang, M.E. Halatsch, M.A. Westhoff, D. Kaloni, S.T. Diepstraten, A. Strasser, G.L. Kelly, M.A. Anderson, P.E. Czabotar, G. Lessene, A.L. Koessinger, C. Cloix, D. Koessinger, D.H. Heiland, F.J. Bock, K. Strathdee, K. Kinch, L. Martinez-Escardo, N.R. Paul, C. Nixon, W. He, M. Morsch, M. Ismail, F.U. Rehman, M. Zheng, R. Chung, M.D. Wendt, S.H.M. Wong, W.Y. Kong, C.M. Fang, H.S. Loh, L.H. Chuah, S. Abdullah, S.C. Ngai, X. Zhai, P. Liang, H. Cui, S. Ishihara, M. Yasuda, A. Ishizu, M. Ishikawa, H. Shirato, H. Haga, S. Banerjee, N. Aykin-Burns, K.J. Krager, S.K. Shah, S.B. Melnyk, M. Hauer-Jensen, S.A. Pawar, D.Y. Zhang, C. Dmello, L. Chen, V.A. Arrieta, E. Gonzalez-Buendia, J.R. Kane, L.P. Magnusson, A. Baran, C.D. James, C. Horbinski, I. Ullah, K. Chung, S. Bae, C. Kim, B. Choi, H.Y. Nam, C.O. Yun, K.Y. Lee, P. Weyerhauser, S.R. Kantelhardt, E.L. Kim, N.J. Caron, S.P. Quenneville, J.P. Tremblay, S.Y. Van Der Zanden, X. Qiao, J. Neefjes, V. Aragon-Sanabria, A. Aditya, F. Chen, B. Yoo, T. Cao, B. Madajewski, R. Lee, M.Z. Turker, K. Ma, F. Iwamoto, V. Gondi, N. Butowski, G. Falchook, A. Williams, K. Peters, J. Evans, N. Lakhani, M. McKean, S. Symeonides, J. Dauparas, I. Anishchenko, N. Bennett, H. Bai, R.J. Ragotte, L.F. Milles, B.I.M. Wicky, A. Courbet, R.J. de Haas, N. Bethel, L. Chang, A. Mondal, A. Perez, R.A. Bottens, T. Yamada, A. Shoari, R. Tooyserkani, M. Tahmasebi, D. Lowik Show less
Developing novel therapeutics often follows three steps: target identification, design of strategies to suppress target activity and drug development to implement the strategies. In this review, we re Show more
Developing novel therapeutics often follows three steps: target identification, design of strategies to suppress target activity and drug development to implement the strategies. In this review, we recount the evidence identifying the basic leucine zipper transcription factors ATF5, CEBPB, and CEBPD as targets for brain and other malignancies. We describe strategies that exploit the structures of the three factors to create inhibitory dominant-negative (DN) mutant forms that selectively suppress growth and survival of cancer cells. We then discuss and compare four peptides (CP-DN-ATF5, Dpep, Bpep and ST101) in which DN sequences are joined with cell-penetrating domains to create drugs that pass through tissue barriers and into cells. The peptide drugs show both efficacy and safety in suppressing growth and in the survival of brain and other cancers in vivo, and ST101 is currently in clinical trials for solid tumors, including GBM. We further consider known mechanisms by which the peptides act and how these have been exploited in rationally designed combination therapies. We additionally discuss lacunae in our knowledge about the peptides that merit further research. Finally, we suggest both short- and long-term directions for creating new generations of drugs targeting ATF5, CEBPB, CEBPD, and other transcription factors for treating brain and other malignancies. Show less
📄 PDF DOI: 10.3390/cells12040581
amino-acid review
S. Trapotsi, G. Drakakis, A. Koutsoukas +1688 more · 2022 · RSC Chemical Biology · Royal Society of Chemistry · added 2026-04-20
S. Trapotsi, G. Drakakis, A. Koutsoukas, I. Cortes–Ciriano, P. Martínez–Alonso, T. E. Malliavin, A. Velazquez-Campoy, S. C. Brewerton, M. J. Bodkin, D. A. Evans, R. C. Glen, J. A. Carrodeguas, A. Bender, S. W. Page, J. E. Maddison, M. R. Trusheim, E. R. Berndt, F. L. Douglas, L. Rovin, C. J. Bailey, G. Zhou, R. Myers, Y. Li, Y. Chen, X. Shen, J. Fenyk-Melody, M. Wu, J. Ventre, T. Doebber, N. Fujii, N. Musi, M. F. Hirshman, L. J. Goodyear, D. E. Moller, I. Bezprozvanny, J. Wu, Q. Li, A. C. Lai, C. M. Crews, J. Downward, F. Ardito, M. Giuliani, D. Perrone, G. Troiano, L. L. Muzio, H. Lodish, A. Berk, S. L. Zipursky, P. Matsudaira, D. Baltimore, J. Darnell, N. Ammeux, B. E. Housden, A. Georgiadis, Y. Hu, N. Perrimon, J. E. Dumont, S. Dremier, I. Pirson, C. Maenhaut, T. Vu, F. X. Claret, H. S. Camp, O. Li, S. C. Wise, Y. H. Hong, C. L. Frankowski, R. Vanbogelen, T. Leff, K. Kores, J. Konc, U. Bren, M.-A. Trapotsi, L. H. Mervin, A. M. Afzal, N. Sturm, O. Engkvist, I. P. Barrett, B. Baillif, J. Wichard, O. Méndez-Lucio, D. Rouquié, J. Inglese, D. S. Auld, B. A. Wetmore, J. F. Wambaugh, S. S. Ferguson, M. A. Sochaski, D. M. Rotroff, K. Freeman, H. J. Clewell III, D. J. Dix, M. E. Andersen, K. A. Houck, B. Allen, R. S. Judson, R. Singh, R. J. Kavlock, A. M. Richard, R. S. Thomas, M. Schenone, V. Dančík, B. K. Wagner, P. A. Clemons, A. Subramanian, R. Narayan, S. M. Corsello, D. D. Peck, T. E. Natoli, X. Lu, J. Gould, J. F. Davis, A. A. Tubelli, J. K. Asiedu, D. L. Lahr, J. E. Hirschman, Z. Liu, M. Donahue, B. Julian, M. Khan, D. Wadden, I. C. Smith, D. Lam, A. Liberzon, C. Toder, M. Bagul, M. Orzechowski, O. M. Enache, F. Piccioni, S. A. Johnson, N. J. Lyons, A. H. Berger, A. F. Shamji, A. N. Brooks, A. Vrcic, C. Flynn, J. Rosains, D. Y. Takeda, R. Hu, D. Davison, J. Lamb, K. Ardlie, L. Hogstrom, P. Greenside, N. S. Gray, S. Silver, X. Wu, W.-N. Zhao, W. Read-Button, S. J. Haggarty, L. V. Ronco, J. S. Boehm, S. L. Schreiber, J. G. Doench, J. A. Bittker, D. E. Root, B. Wong, T. R. Golub, J. M. Raser, E. K. O’Shea, A. A. Kalaitzis, N. D. Lawrence, D. P. Nusinow, J. Szpyt, M. Ghandi, C. M. Rose, E. R. McDonald, M. Kalocsay, J. Jané-Valbuena, E. Gelfand, D. K. Schweppe, M. Jedrychowski, J. Golji, D. A. Porter, T. Rejtar, Y. K. Wang, G. V. Kryukov, F. Stegmeier, B. K. Erickson, L. A. Garraway, W. R. Sellers, S. P. Gygi, M.-A. Bray, S. Singh, H. Han, C. T. Davis, B. Borgeson, C. Hartland, M. Kost-Alimova, S. M. Gustafsdottir, C. C. Gibson, A. E. Carpenter, A. X. Lu, O. Z. Kraus, S. Cooper, A. M. Moses, S. N. Chandrasekaran, H. Ceulemans, J. D. Boyd, M. J. Cox, S. Jaensch, J. Van de Waeter, L. Cougnaud, D. Seynaeve, S. Benalla, S. J. Koo, I. Van Den Wyngaert, J.-M. Neefs, D. Malkov, M. Bittremieux, M. Steemans, P. J. Peeters, J. K. Wegner, E. Gustin, Y. T. Chong, H. W. H. Göhlmann, I. Nassiri, M. N. McCall, P. D. Piehowski, V. A. Petyuk, D. J. Orton, F. Xie, M. Ramirez-Restrepo, A. Engel, A. P. Lieberman, R. L. Albin, D. G. Camp, R. D. Smith, A. J. Myers, M. Medo, D. M. Aebersold, M. Medová, C. H. Johnson, F. J. Gonzalez, T. Ramirez, M. Daneshian, H. Kamp, F. Y. Bois, M. R. Clench, M. Coen, B. Donley, S. M. Fischer, D. R. Ekman, E. Fabian, C. Guillou, J. Heuer, H. T. Hogberg, H. Jungnickel, H. C. Keun, G. Krennrich, E. Krupp, A. Luch, F. Noor, E. Peter, B. Riefke, M. Seymour, N. Skinner, L. Smirnova, E. Verheij, S. Wagner, T. Hartung, B. van Ravenzwaay, M. Leist, A. M. D. Livera, M. Sysi-Aho, L. Jacob, J. A. Gagnon-Bartsch, S. Castillo, J. A. Simpson, T. P. Speed, R. Chaleckis, I. Meister, P. Zhang, C. E. Wheelock, J. G. Abelin, J. Patel, C. M. Feeney, L. Fagbami, A. L. Creech, L. Pino, J. W. Qiao, E. Kuhn, A. Officer, J. Li, S. Abbatiello, R. Sidman, E. Snyder, S. A. Carr, J. D. Jaffe, Y. A. Chen, S. A. Eschrich, L. Litichevskiy, R. Peckner, C. M. Dunning, J. D. Egertson, S. Egri, T. Ko, B. X. MacLean, A. E. Mungenast, M. Papanastasiou, V. Sharma, J. Z. Young, M. J. MacCoss, L.-H. Tsai, R. Lewis, Z. Tanoli, U. Seemab, A. Scherer, K. Wennerberg, J. Tang, M. Vähä-Koskela, A. Gaulton, L. J. Bellis, A. P. Bento, J. Chambers, M. Davies, A. Hersey, Y. Light, S. McGlinchey, D. Michalovich, B. Al-Lazikani, J. P. Overington, S. Kim, J. Chen, T. Cheng, A. Gindulyte, J. He, S. He, B. A. Shoemaker, P. A. Thiessen, B. Yu, L. Zaslavsky, J. Zhang, E. E. Bolton, I. A. Smit, C. H. G. Allen, F. Svensson, T. Hanser, J. Bajorath, J. Sun, N. Jeliazkova, V. Chupakhin, J.-F. Golib-Dzib, L. Carlsson, J. Wegner, I. Georgiev, V. Jeliazkov, N. Kochev, T. J. Ashby, H. Chen, T. Kalliokoski, C. Kramer, A. Vulpetti, P. Gedeck, A. Lin, D. Horvath, V. Afonina, G. Marcou, J.-L. Reymond, A. Varnek, C. Ye, D. J. Ho, M. Neri, C. Yang, T. Kulkarni, R. Randhawa, M. Henault, N. Mostacci, P. Farmer, S. Renner, R. Ihry, L. Mansur, C. G. Keller, G. McAllister, M. Hild, J. Jenkins, A. Kaykas, P. R. Bushel, R. S. Paules, S. S. Auerbach, H. K. Yalamanchili, Y.-W. Wan, G. X. Y. Zheng, J. M. Terry, P. Belgrader, P. Ryvkin, Z. W. Bent, R. Wilson, S. B. Ziraldo, T. D. Wheeler, G. P. McDermott, J. Zhu, M. T. Gregory, J. Shuga, L. Montesclaros, J. G. Underwood, D. A. Masquelier, S. Y. Nishimura, M. Schnall-Levin, P. W. Wyatt, C. M. Hindson, R. Bharadwaj, A. Wong, K. D. Ness, L. W. Beppu, H. J. Deeg, C. McFarland, K. R. Loeb, W. J. Valente, N. G. Ericson, E. A. Stevens, J. P. Radich, T. S. Mikkelsen, B. J. Hindson, J. H. Bielas, N. J. Schurch, P. Schofield, M. Gierliński, C. Cole, A. Sherstnev, V. Singh, N. Wrobel, K. Gharbi, G. G. Simpson, T. Owen-Hughes, M. Blaxter, G. J. Barton, A. Koussounadis, S. P. Langdon, I. H. Um, D. J. Harrison, V. A. Smith, X. Xie, E. D. Crawford, D. Peck, J. W. Modell, I. C. Blat, M. J. Wrobel, J. Lerner, J.-P. Brunet, K. N. Ross, M. Reich, H. Hieronymus, G. Wei, S. A. Armstrong, R. Wei, E. S. Lander, R. Edgar, M. Domrachev, A. E. Lash, H. Parkinson, M. Kapushesky, M. Shojatalab, N. Abeygunawardena, R. Coulson, A. Farne, E. Holloway, N. Kolesnykov, P. Lilja, M. Lukk, R. Mani, T. Rayner, A. Sharma, E. William, U. Sarkans, A. Brazma, D. L. Svoboda, T. Saddler, Y. Igarashi, N. Nakatsu, T. Yamashita, A. Ono, Y. Ohno, T. Urushidani, H. Yamada, N. Lim, P. Pavlidis, A. Musa, L. S. Ghoraie, S.-D. Zhang, G. Galzko, O. Yli-Harja, M. Dehmer, B. Haibe-Kains, F. Emmert-Streib, M. Bickle, S. Seal, H. Yang, L. Vollmers, T. R. Jones, M. R. Lamprecht, C. Clarke, I. H. Kang, O. Friman, D. A. Guertin, J. H. Chang, R. A. Lindquist, J. Moffat, P. Golland, D. M. Sabatini, M. Held, M. H. A. Schmitz, B. Fischer, T. Walter, B. Neumann, M. H. Olma, M. Peter, J. Ellenberg, D. W. Gerlich, S. Rajaram, B. Pavie, L. F. Wu, S. J. Altschuler, J. Ollion, J. Cochennec, F. Loll, C. Escudé, T. Boudier, T. Wollmann, M. Gunkel, I. Chung, H. Erfle, K. Rippe, K. Rohr, J. C. Caicedo, A. Goodman, K. W. Karhohs, B. A. Cimini, J. Ackerman, M. Haghighi, C. Heng, T. Becker, M. Doan, C. McQuin, M. Rohban, V. Chernyshev, L. Kamentsky, L. Ding, S. M. Rafelski, D. Thirstrup, W. Wiegraebe, F. Heigwer, S. Warchal, P. Qiu, C. Molnar, A. S. Vasilevich, J. D. Barry, H. S. Bansal, O. Kraus, M. Wawer, L. Paavolainen, M. D. Herrmann, J. Hung, H. Hennig, J. Concannon, I. Smith, P. Rees, P. Horvath, R. G. Linington, V. Ljosa, K. L. Sokolnicki, E. Williams, J. Moore, S. W. Li, G. Rustici, A. Tarkowska, A. Chessel, S. Leo, B. Antal, R. K. Ferguson, R. E. C. Salas, J. R. Swedlow, M. H. Rohban, N. E. Bodycombe, T. P. Hasaka, C. S. Hon, M. M. Kemp, K. Li, D. Walpita, M. J. Wawer, A. Mullard, A. A. Saei, C. M. Beusch, A. Chernobrovkin, P. Sabatier, B. Zhang, Ü. G. Tokat, E. Stergiou, M. Gaetani, Á. Végvári, R. A. Zubarev, M. Zapalska-Sozoniuk, L. Chrobak, K. Kowalczyk, M. Kankofer, H. Gullberg, K. Johansson, B. Lundgren, P. I. Arvidsson, E. S. J. Arnér, Y. Perez-Riverol, A. Csordas, J. Bai, M. Bernal-Llinares, S. Hewapathirana, D. J. Kundu, A. Inuganti, J. Griss, G. Mayer, M. Eisenacher, E. Pérez, J. Uszkoreit, J. Pfeuffer, T. Sachsenberg, Ş. Yılmaz, S. Tiwary, J. Cox, E. Audain, M. Walzer, A. F. Jarnuczak, T. Ternent, J. A. Vizcaíno, P. Samaras, T. Schmidt, M. Frejno, S. Gessulat, M. Reinecke, A. Jarzab, J. Zecha, J. Mergner, P. Giansanti, H.-C. Ehrlich, S. Aiche, J. Rank, H. Kienegger, H. Krcmar, B. Kuster, M. Wilhelm, B. Aslam, M. Basit, M. A. Nisar, M. Khurshid, M. H. Rasool, Y. Lao, X. Wang, N. Xu, H. Zhang, H. Xu, K. Hollywood, D. R. Brison, R. Goodacre, L. Zhang, C. Ma, H. Chao, Y. Long, Z. Li, X. Ge, H. Xia, Y. Yin, J. Batley, M. Li, R. Cavill, D. Jennen, J. Kleinjans, J. J. Briedé, W. Lu, X. Su, M. S. Klein, I. A. Lewis, O. Fiehn, J. D. Rabinowitz, M. Wright Muelas, I. Roberts, F. Mughal, S. O’Hagan, P. J. Day, D. B. Kell, Y. Lin, G. W. Caldwell, W. Lang, J. Masucci, K. Peters, J. Bradbury, S. Bergmann, M. Capuccini, M. Cascante, P. de Atauri, T. M. D. Ebbels, C. Foguet, R. Glen, A. Gonzalez-Beltran, U. L. Günther, E. Handakas, T. Hankemeier, K. Haug, S. Herman, P. Holub, M. Izzo, D. Jacob, D. Johnson, F. Jourdan, N. Kale, I. Karaman, B. Khalili, P. Emami Khonsari, K. Kultima, S. Lampa, A. Larsson, C. Ludwig, P. Moreno, S. Neumann, J. A. Novella, C. O’Donovan, J. T. M. Pearce, A. Peluso, M. E. Piras, L. Pireddu, M. A. C. Reed, P. Rocca-Serra, P. Roger, A. Rosato, R. Rueedi, C. Ruttkies, N. Sadawi, R. M. Salek, S.-A. Sansone, V. Selivanov, O. Spjuth, D. Schober, E. A. Thévenot, M. Tomasoni, M. van Rijswijk, M. van Vliet, M. R. Viant, R. J. M. Weber, G. Zanetti, C. Steinbeck, J. Xia, N. Psychogios, N. Young, D. S. Wishart, K. Cochrane, V. C. Nainala, M. Williams, J. Chang, K. V. Jayaseelan, A. I. Campos, M. Zampieri, T. Fuhrer, D. C. Sévin, U. Sauer, N. Zamboni, N. J. Shah, S. Sureshkumar, D. G. Shewade, P. V. Hornbeck, J. M. Kornhauser, S. Tkachev, E. Skrzypek, B. Murray, V. Latham, M. Sullivan, T. Y. Low, M. A. Mohtar, P. Y. Lee, N. Omar, H. Zhou, M. Ye, M. K. Morris, A. Chi, I. N. Melas, L. G. Alexopoulos, M. L. Guerriero, A. Corrigan, A. Bornot, M. Firth, P. O’Shea, D. Ross-Thriepland, S. Peel, A. Agrotis, R. Ketteler, M. Jost, J. S. Weissman, E. Goncalves, C. Fellmann, B. G. Gowen, P.-C. Lin, J. A. Doudna, J. E. Corn, S. M. B. Nijman, A. E. Enayetallah, D. Ziemek, M. T. Leininger, J. Yang, T. B. Manion, D. E. Mather, W. J. Zavadoski, M. Kuhn, J. L. Treadway, S. A. G. des Etages, E. M. Gibbs, N. Greene, C. M. Steppan, R. Kumar, S. J. Blakemore, C. E. Ellis, E. F. Petricoin, D. Pratt, M. Macoritto, A. L. Matthews, J. J. Loureiro, K. Elliston, R. T. Pillich, V. Rynkov, D. Welker, S. Orchard, S. Kerrien, S. Abbani, B. Aranda, J. Bhate, S. Bidwell, A. Bridge, L. Briganti, F. S. L. Brinkman, G. Cesareni, A. Chatr-aryamontri, E. Chautard, C. Chen, M. Dumousseau, J. Goll, R. E. W. Hancock, L. I. Hannick, I. Jurisica, J. Khadake, D. J. Lynn, U. Mahadevan, L. Perfetto, A. Raghunath, S. Ricard-Blum, B. Roechert, L. Salwinski, V. Stümpflen, M. Tyers, P. Uetz, I. Xenarios, H. Hermjakob, M. D. Wilkinson, M. Dumontier, I. J. J. Aalbersberg, G. Appleton, M. Axton, A. Baak, N. Blomberg, J.-W. Boiten, L. B. da Silva Santos, P. E. Bourne, J. Bouwman, A. J. Brookes, T. Clark, M. Crosas, I. Dillo, O. Dumon, S. Edmunds, C. T. Evelo, R. Finkers, A. J. G. Gray, P. Groth, C. Goble, J. S. Grethe, J. Heringa, P. A. C.’t Hoen, R. Hooft, T. Kuhn, R. Kok, J. Kok, S. J. Lusher, M. E. Martone, A. Mons, A. L. Packer, B. Persson, M. Roos, R. van Schaik, E. Schultes, T. Sengstag, T. Slater, G. Strawn, M. A. Swertz, M. Thompson, J. van der Lei, E. van Mulligen, J. Velterop, A. Waagmeester, P. Wittenburg, K. Wolstencroft, J. Zhao, B. Mons, C. von Mering, L. J. Jensen, B. Snel, S. D. Hooper, M. Krupp, M. Foglierini, N. Jouffre, M. A. Huynen, P. Bork, L. Garcia-Alonso, M. M. Ibrahim, D. Turei, J. Saez-Rodriguez, H. Huang, B. M. Jedynak, J. S. Bader, X. Zhu, M. Gerstein, M. Snyder, K. Luck, D.-K. Kim, L. Lambourne, K. Spirohn, B. E. Begg, W. Bian, R. Brignall, T. Cafarelli, F. J. Campos-Laborie, B. Charloteaux, D. Choi, A. G. Coté, M. Daley, S. Deimling, A. Desbuleux, A. Dricot, M. Gebbia, M. F. Hardy, N. Kishore, J. J. Knapp, I. A. Kovács, I. Lemmens, M. W. Mee, J. C. Mellor, C. Pollis, C. Pons, A. D. Richardson, S. Schlabach, B. Teeking, A. Yadav, M. Babor, D. Balcha, O. Basha, C. Bowman-Colin, S.-F. Chin, S. G. Choi, C. Colabella, G. Coppin, C. D’Amata, D. De Ridder, S. De Rouck, M. Duran-Frigola, H. Ennajdaoui, F. Goebels, L. Goehring, A. Gopal, G. Haddad, E. Hatchi, M. Helmy, Y. Jacob, Y. Kassa, S. Landini, R. Li, N. van Lieshout, A. MacWilliams, D. Markey, J. N. Paulson, S. Rangarajan, J. Rasla, A. Rayhan, T. Rolland, A. San-Miguel, Y. Shen, D. Sheykhkarimli, G. M. Sheynkman, E. Simonovsky, M. Taşan, A. Tejeda, V. Tropepe, J.-C. Twizere, Y. Wang, R. J. Weatheritt, J. Weile, Y. Xia, X. Yang, E. Yeger-Lotem, Q. Zhong, P. Aloy, G. D. Bader, J. De Las Rivas, S. Gaudet, T. Hao, J. Rak, J. Tavernier, D. E. Hill, M. Vidal, F. P. Roth, M. A. Calderwood, S. Bazzani, K. Sriyudthsak, F. Shiraishi, M. Y. Hirai, E. Alm, A. P. Arkin, J. Ma, A. Shojaie, G. Michailidis, S. Chowdhury, R. R. Sarkar, G. Vert, J. Chory, W. A. Haynes, A. Tomczak, P. Khatri, T. Charitou, K. Bryan, A. Brückner, C. Polge, N. Lentze, D. Auerbach, U. Schlattner, B. Tian, C. Zhao, F. Gu, Z. He, R. Krause, M. Cornell, S. G. Oliver, S. Fields, D. Voet, J. G. Voet, A. R. Neves, A. Ramos, M. C. Nunes, M. Kleerebezem, J. Hugenholtz, W. M. de Vos, J. Almeida, H. Santos, S. A. Lambert, A. Jolma, L. F. Campitelli, P. K. Das, M. Albu, X. Chen, J. Taipale, T. R. Hughes, M. T. Weirauch, P. J. Park, A. Blais, B. D. Dynlacht, M. Haque, R. Sarmah, D. K. Bhattacharyya, P. J. Thul, C. Lindskog, R. Barshir, M. Sharon, E. Lerman, B. F. Kirson, I. Hekselman, J. K. Huang, D. E. Carlin, M. K. Yu, W. Zhang, J. F. Kreisberg, P. Tamayo, T. Ideker, D. Yu, M. Kim, G. Xiao, T. H. Hwang, C. H. Wu, N. C. Duarte, S. A. Becker, N. Jamshidi, I. Thiele, M. L. Mo, T. D. Vo, R. Srivas, B. Ø. Palsson, D. Türei, T. Korcsmáros, R. Oughtred, J. Rust, C. Chang, B. Breitkreutz, C. Stark, A. Willems, L. Boucher, G. Leung, N. Kolas, F. Zhang, S. Dolma, J. Coulombe-Huntington, K. Dolinski, E. L. Huttlin, L. Ting, R. J. Bruckner, F. Gebreab, M. P. Gygi, S. Tam, G. Zarraga, G. Colby, K. Baltier, R. Dong, V. Guarani, L. P. Vaites, A. Ordureau, R. Rad, M. Wühr, J. Chick, B. Zhai, D. Kolippakkam, J. Mintseris, R. A. Obar, T. Harris, S. Artavanis-Tsakonas, M. E. Sowa, P. DeCamilli, J. A. Paulo, J. W. Harper, R. Goel, H. C. Harsha, A. Pandey, T. S. K. Prasad, C. S. Greene, A. Krishnan, A. K. Wong, E. Ricciotti, R. A. Zelaya, D. S. Himmelstein, R. Zhang, B. M. Hartmann, E. Zaslavsky, S. C. Sealfon, D. I. Chasman, G. A. FitzGerald, T. Grosser, O. G. Troyanskaya, J. J. O’Shea, D. M. Schwartz, A. V. Villarino, M. Gadina, I. B. McInnes, A. Laurence, S. A. Sam, J. Teel, A. N. Tegge, A. Bharadwaj, T. M. Murali, A. Fabregat, S. Jupe, L. Matthews, K. Sidiropoulos, M. Gillespie, P. Garapati, R. Haw, B. Jassal, F. Korninger, B. May, M. Milacic, C. D. Roca, K. Rothfels, C. Sevilla, V. Shamovsky, S. Shorser, T. Varusai, G. Viteri, J. Weiser, G. Wu, L. Stein, P. D’Eustachio, D. N. Slenter, M. Kutmon, K. Hanspers, A. Riutta, J. Windsor, N. Nunes, J. Mélius, E. Cirillo, S. L. Coort, D. Digles, F. Ehrhart, P. Giesbertz, M. Kalafati, M. Martens, R. Miller, K. Nishida, L. Rieswijk, L. M. T. Eijssen, A. R. Pico, E. L. Willighagen, M. Kanehisa, S. Goto, M. Trupp, T. Altman, C. A. Fulcher, R. Caspi, M. Krummenacker, S. Paley, P. D. Karp, E. G. Cerami, B. E. Gross, E. Demir, I. Rodchenkov, Ö. Babur, N. Anwar, N. Schultz, C. Sander, L. Y. Geer, A. Marchler-Bauer, R. C. Geer, L. Han, C. Liu, W. Shi, S. H. Bryant, S. G. Jantzen, B. J. Sutherland, D. R. Minkley, B. F. Koop, F. Supek, M. Bošnjak, N. Škunca, T. Šmuc, D. V. Klopfenstein, B. S. Pedersen, F. Ramírez, A. Warwick Vesztrocy, A. Naldi, C. J. Mungall, J. M. Yunes, O. Botvinnik, M. Weigel, W. Dampier, C. Dessimoz, P. Flick, H. Tang, D. Domingo-Fernández, S. Mubeen, J. Marín-Llaó, C. T. Hoyt, M. Hofmann-Apitius, A. B. Keenan, M. L. Wojciechowicz, Z. Wang, K. M. Jagodnik, S. L. Jenkins, A. Lachmann, A. Ma’ayan, X. P. Peng, C. Clement, A. Rodina, M. Nieto, J. Du, K. Stegmaier, S. M. Raj, K. N. Maloney, J. Clardy, W. C. Hahn, G. Chiosis, I. Barrett, P. Shannon, T. Sandmann, S. K. Kummerfeld, R. Gentleman, R. Bourgon, M. A. García-Campos, J. Espinal-Enríquez, E. Hernández-Lemus, A. Yuryev, S. Ekins, R. Mathur, D. Rotroff, A. Motsinger-Reif, M. Sirota, A. J. Butte, B. Debrabant, M. E. Ritchie, B. Phipson, D. Wu, C. W. Law, G. K. Smyth, E. Lim, F. Vaillant, M.-L. Asselin-Labat, J. E. Visvader, P. D. Thomas, M. J. Campbell, A. Kejariwal, H. Mi, B. Karlak, R. Daverman, K. Diemer, A. Muruganujan, A. Narechania, E. Y. Chen, C. M. Tan, Y. Kou, Q. Duan, G. V. Meirelles, N. R. Clark, G. Dennis, B. T. Sherman, D. A. Hosack, W. Gao, H. C. Lane, R. A. Lempicki, A. Markiel, O. Ozier, N. S. Baliga, J. T. Wang, D. Ramage, N. Amin, B. Schwikowski, G. Bindea, B. Mlecnik, H. Hackl, P. Charoentong, M. Tosolini, A. Kirilovsky, W.-H. Fridman, F. Pagès, Z. Trajanoski, J. Galon, G. Yu, Q.-Y. He, L.-G. Wang, Y. Han, I. Ihnatova, E. Budinska, F. Li, Y. Qin, X. Bo, Y. Wu, S. Wang, G. Bradley, S. J. Barrett, N. L. Catlett, A. J. Bargnesi, S. Ungerer, T. Seagaran, W. Ladd, K. O. Elliston, S. Jaeger, J. Min, F. Nigsch, M. Camargo, J. Hutz, A. Cornett, S. Cleaver, A. Buckler, J. L. Jenkins, J. H. Woo, Y. Shimoni, W. S. Yang, P. Subramaniam, A. Iyer, P. Nicoletti, M. Rodríguez Martínez, G. López, M. Mattioli, R. Realubit, C. Karan, B. R. Stockwell, M. Bansal, A. Califano, H. Noh, J. E. Shoemaker, R. Gunawan, A. Liu, P. Trairatphisan, E. Gjerga, A. Didangelos, J. Barratt, A. Dugourd, C. Kuppe, M. Sciacovelli, K. B. Emdal, D. B. Bekker-Jensen, J. Kranz, E. M. J. Bindels, A. S. H. Costa, J. V. Olsen, C. Frezza, R. Kramann, A. Dubovenko, Y. Nikolsky, E. Rakhmatulin, T. Nikolskaya, A. Krämer, J. Green, J. Pollard, S. Tugendreich, C. Wiwie, J. Baumbach, R. Röttger, M. R. Karim, O. Beyan, A. Zappa, I. G. Costa, D. Rebholz-Schuhmann, M. Cochez, S. Decker, D. Xu, Y. Tian, F. Pedregosa, G. Varoquaux, A. Gramfort, V. Michel, B. Thirion, O. Grisel, M. Blondel, P. Prettenhofer, R. Weiss, V. Dubourg, J. Vanderplas, A. Passos, D. Cournapeau, M. Mächler, P. Rousseeuw, A. Struyf, M. Hubert, K. Hornik, A. Kassambara, F. Mundt, R. Argelaguet, B. Velten, D. Arnol, S. Dietrich, T. Zenz, J. C. Marioni, F. Buettner, W. Huber, O. Stegle, A. Klami, S. Virtanen, E. Leppäaho, S. Kaski, S. A. Khan, O. P. Kallioniemi, A. Poso, T. Chen, S. Tyagi, D. Bredikhin, Y. Deloro, E. Leppaaho, M. Ammad-ud-din, I. Subramanian, S. Verma, S. Kumar, A. Jere, K. Anamika, R. Chen, X. Liu, S. Jin, J. Lin, J. Liu, J. Vamathevan, D. Clark, P. Czodrowski, I. Dunham, E. Ferran, G. Lee, B. Li, A. Madabhushi, P. Shah, M. Spitzer, S. Zhao, J. Scheiber, M. Glick, J. W. Davies, K. Azzaoui, J. Hamon, L. Urban, S. Whitebread, D. Rogers, M. Hahn, Y. C. Martin, J. L. Kofron, L. M. Traphagen, S. Gao, D. Luo, G. Liu, Z. Xiao, G. Shan, Y. Zhang, W. Zhou, C. Scheeder, M. Boutros, R. P. Sheridan, L. M. Kauvar, D. L. Higgins, H. O. Villar, J. R. Sportsman, A. Engqvist-Goldstein, R. Bukar, K. E. Bauer, H. Dilley, D. M. Rocke, C. Yuan, T. V. Aa, I. Chakroun, J. Simm, A. Arany, Y. Moreau, T. L. Van, J. F. G. Dzib, R. Wuyts, W. Verachtert, M. Wen, Z. Zhang, S. Niu, H. Sha, R. Yang, Y. Yun, H. Lu, A. A. M. Al-Saffar, H. Tao, M. A. Talab, A. Mayr, G. Klambauer, T. Unterthiner, M. Steijaert, D.-A. Clevert, S. Hochreiter, M. C. Robinson, A. A. Lee, I. Cortés-Ciriano, Y. Zhu, T. Brettin, F. Xia, A. Partin, M. Shukla, H. Yoo, Y. A. Evrard, J. H. Doroshow, R. L. Stevens, M. Hofmarcher, E. Rumetshofer, N. Aniceto, A. A. Freitas, T. Ghafourian, N. Bosc, F. Atkinson, E. Felix, A. R. Leach, Y. Saeys, I. Inza, P. Larrañaga, R. Caruana, S. Lawrence, C. L. Giles, Y. E. Wang, G.-Y. Wei, D. Brooks, C. Rudin, M. Walter, P. Wright, A. Bartosik, D. Dolciami, A. Elbasir, N. Fortelny, C. Bock, M. Abadi, P. Barham, Z. Chen, A. Davis, J. Dean, M. Devin, S. Ghemawat, G. Irving, M. Isard, M. Kudlur, J. Levenberg, R. Monga, S. Moore, D. G. Murray, B. Steiner, P. Tucker, V. Vasudevan, P. Warden, M. Wicke, Y. Yu, X. Zheng, A. Paszke, S. Gross, F. Massa, A. Lerer, G. Chanan, T. Killeen, Z. Lin, N. Gimelshein, L. Antiga, A. Desmaison, A. Köpf, E. Yang, Z. DeVito, M. Raison, A. Tejani, S. Chilamkurthy, L. Fang, S. Chintala, P. Zakeri, T. Haber, K. C. Bulusu, L. Kalash, M. A. Firth, Z. Ji, J. Su, H. Wang, D. Huang, X. Zhou, O. Weinreb, T. Amit, M. B. H. Youdim, N. L. Patel-Murray, M. Adam, N. Huynh, B. T. Wassie, P. Milani, E. Fraenkel, J. Vialard, P. Buijnsters, I. Velter, A. Vapirev, M. F. Cuccarese, B. A. Earnshaw, K. Heiser, B. Fogelson, P. F. McLean, H. B. Gordon, K.-R. Skelly, F. L. Weathersby, V. Rodic, I. K. Quigley, E. D. Pastuzyn, B. M. Mendivil, N. H. Lazar, C. A. Brooks, J. Carpenter, B. L. Probst, P. Jacobson, S. W. Glazier, J. Ford, J. D. Jensen, N. D. Campbell, M. A. Statnick, A. S. Low, K. R. Thomas, S. S. Hegde, R. W. Alfa, M. L. Victors, I. S. Haque, M. Kibble, N. Saarinen, F. Iorio, S. Mäkelä, T. Aittokallio, M. Iwata, R. Sawada, H. Iwata, M. Kotera, Y. Yamanishi, E. Dazert, M. Colombi, T. Boldanova, S. Moes, D. Adametz, L. Quagliata, V. Roth, L. Terracciano, M. H. Heim, P. Jenoe, M. N. Hall, D. Carrella, F. Napolitano, R. Rispoli, M. Miglietta, A. Carissimo, L. Cutillo, F. Sirci, F. Gregoretti, D. Di Bernardo, A. Conesa, S. Beck Show less
The elucidation of a compound's Mechanism of Action (MoA) is a challenging task in the drug discovery process, but it is important in order to rationalise phenotypic findings and to anticipate potenti Show more
The elucidation of a compound's Mechanism of Action (MoA) is a challenging task in the drug discovery process, but it is important in order to rationalise phenotypic findings and to anticipate potential side-effects. Bioinformatic approaches, advances in machine learning techniques and the increasing deposition of high-throughput data in public databases have significantly contributed to recent advances in the field, but it is not straightforward to decide which data and methods are most suitable to use in a given case. In this review, we focus on these methods and data and their applications in generating MoA hypotheses for subsequent experimental validation. We discuss compound-specific data such as -omics, cell morphology and bioactivity data, as well as commonly used supplementary prior knowledge such as network and pathway data, and provide information on databases where this data can be accessed. In terms of methodologies, we discuss both well-established methods (connectivity mapping, pathway enrichment) as well as more developing methods (neural networks and multi-omics integration). Finally, we review case studies where the MoA of a compound was successfully suggested from computational analysis by incorporating multiple data modalities and/or methodologies. Our aim for this review is to provide researchers with insights into the benefits and drawbacks of both the data and methods in terms of level of understanding, biases and interpretation – and to highlight future avenues of investigation which we foresee will improve the field of MoA elucidation, including greater public access to -omics data and methodologies which are capable of data integration. Show less
📄 PDF DOI: 10.1039/d1cb00069a
ML review
A Herbert, AG Herbert, JR Spitzner +187 more · 2019 · Communications Biology · Nature · added 2026-04-20
A Herbert, AG Herbert, JR Spitzner, K Lowenhaupt, A Rich, U Kim, Y Wang, T Sanford, Y Zeng, K Nishikura, JB Patterson, DC Thomis, SL Hans, CE Samuel, M Schade, T Schwartz, MA Rould, FM Pohl, TM Jovin, AH Wang, LJ Peck, JC Wang, PS Ho, MJ Ellison, GJ Quigley, K Kus, SC Ha, YG Kim, KK Kim, KM Vasquez, G Wang, M de Rosa, S Bae, D Kim, S Hohng, N Kolimi, Y Ajjugal, T Rathinavelan, JR Bothe, HM Al-Hashimi, D Placido, J Behlke, U Heinemann, S Zacarias, A Athanasiadis, VK Subramani, K Yun, JC Hartner, HJ Kang, WJ Chung, L D’Ascenzo, Q Vicens, P Auffinger, M Teplova, J Song, HY Gaw, A Teplov, DJ Patel, YM Abbas, A Pichlmair, MW Gorna, G Superti-Furga, B Nagar, BL Bass, O Solomon, A Strehblow, M Hallegger, MF Jantsch, CX George, Z Gan, Y Liu, M Sakurai, Y Zheng, C Lorenzo, PA Beal, K Honda, A Takaoka, T Taniguchi, P Vitali, AD Scadden, K Pestal, G Ramaswami, JB Li, H Cao, AP de Koning, W Gu, TA Castoe, MA Batzer, DD Pollock, PL Deininger, D Grover, M Mukerji, P Bhatnagar, K Kannan, SK Brahmachari, DD Kim, S Maas, EY Levanon, Y Kawahara, S Ahmad, NM Mannion, H Wu, K Stellos, PC Champ, S Maurice, JM Vargason, T Camp, JH Bahn, JV Ditlevson, RM Voorhees, RS Hegde, V Ahl, H Keller, S Schmidt, O Weichenrieder, M Halic, EA Bennett, S Lehnert, AL Price, E Eskin, PA Pevzner, CM Rubin, RH Kimura, CW Schmid, A Berger, E Ivanova, A Scherrer, E Alkalaeva, K Strub, IB Lomakin, TA Steitz, M Leroy, MH Nielsen, RK Flygaard, LB Jenner, JH Cate, S Feng, LL Chen, L Yang, SI Shin, R Liu, A Maruyama, J Mimura, N Harada, K Itoh, MS Ebert, PA Sharp, S Lukic, JC Nicolas, AJ Levine, AY Karpova, LV Ronco, PM Howley, J Galipon, R Ishii, Y Suzuki, M Tomita, K Ui-Tei, AJ Rutkowski, SD McKenna, SA Samarajiwa, H Ota, PV Maillard, V Tarallo, N Kerur, EA Costa, K Subramanian, J Nunnari, JS Weissman, B Szczesny, VR DeFilippis, D Alvarado, T Sali, S Rothenburg, K Fruh, Z Ma, B Damania, J Krol, C McCormick, DA Khaperskyy, B Van Treeck, C Mao, W Sun, NC Seeman, SK Ng, R Weissbach, GE Ronson, SA Kelly, TM Panhuis, AM Stoehr Show less
Left-handed Z-DNA/Z-RNA is bound with high affinity by the Zα domain protein family that includes ADAR (a double-stranded RNA editing enzyme), ZBP1 and viral orthologs regulating innate immunity. Loss Show more
Left-handed Z-DNA/Z-RNA is bound with high affinity by the Zα domain protein family that includes ADAR (a double-stranded RNA editing enzyme), ZBP1 and viral orthologs regulating innate immunity. Loss-of-function mutations in ADAR p150 allow persistent activation of the interferon system by Alu dsRNAs and are causal for Aicardi-Goutières Syndrome. Heterodimers of ADAR and DICER1 regulate the switch from RNA- to protein-centric immunity. Loss of DICER1 function produces age-related macular degeneration, a different type of Alu-mediated disease. The overlap of Z-forming sites with those for the signal recognition particle likely limits invasion of primate genomes by Alu retrotransposons. Show less
📄 PDF DOI: 10.1038/s42003-018-0237-x
amino-acid
M. V. Hosur, R. Chitra, Samarth Hegde +3 more · 2013 · Crystallography Reviews · Taylor & Francis · added 2026-04-20
no PDF DOI: 10.1080/0889311X.2013.771633