đŸ‘€ J. M. Terry

🔍 Search 📋 Browse đŸ·ïž Tags ❀ Favourites ➕ Add 🧬 Extraction
3
Articles
4
Name variants
Also published as: CJ Terry, D. Terry, S Terry
articles
Yi Dang, Xiaowu Xu, O WARBURG +684 more · 2024 · Molecular Cancer · BioMed Central · added 2026-04-20
Yi Dang, Xiaowu Xu, O WARBURG, K Posener, E Negelein, WH Koppenol, PL Bounds, CV Dang, P Dey, AC Kimmelman, RA Depinho, Z Yang, C Yan, J Ma, SM Morrissey, F Zhang, C Ding, IS Harris, GM DeNicola, LK Boroughs, RJ DeBerardinis, I Martinez-Reyes, NS Chandel, Y Long, H Tao, A Karachi, M Nakaya, Y Xiao, X Zhou, SA Lim, J Wei, TM Nguyen, T Chen, ZG Xu, J Luo, M Reina-Campos, NE Scharping, AW Goldrath, D Nemazee, DG Ryan, LAJ O'Neill, C Campbell, PT McKenney, D Konstantinovsky, L Guerra, L Bonetti, D Brenner, J Jung, H Zeng, T Horng, CH Chang, J Qiu, D O'Sullivan, S Terry, AST Engelsen, S Buart, B Huang, BL Song, C Xu, J Jin, Q Zhao, Z Wei, AE Baek, YA Yu, S He, ML Gauci, E Lanoy, S Champiat, JA Shyer, RA Flavell, W Bailis, MN Artyomov, J van den Bossche, V Deretic, LA O'Neill, RJ Kishton, J Rathmell, F Vrieling, R Stienstra, C Xue, G Li, Q Zheng, Z Zaslona, R Haas, D Cucchi, J Smith, N Nagata, T Takeuchi, H Masuoka, MP Murphy, C Frezza, Z Zhang, X Li, F Yang, RI Klein Geltink, J Edwards-Hicks, P Apostolova, J He, X Shangguan, W Zhou, HAM Alsheikh, BJ Metge, CM Ha, J Afonso, LL Santos, A Longatto-Filho, EL Lieu, T Nguyen, S Rhyne, ZN Ling, YF Jiang, JN Ru, H Peng, Y Wang, W Luo, J Faber, M Berkhout, U Fiedler, Z Wang, Z Lu, S Lin, B Manfroi, S Fillatreau, A Matos, M Carvalho, M Bicho, R Geiger, JC Rieckmann, T Wolf, SM Steggerda, MK Bennett, J Chen, JJ Miret, P Kirschmeier, S Koyama, S Magi, S Piccirillo, S Amoroso, L Cui, J Guo, SL Cranfill, RD Leone, L Zhao, JM Englert, DN Edwards, VM Ngwa, AL Raybuck, M Platten, EAA Nollen, UF Rohrig, TL Montgomery, K Eckstrom, KH Lile, C Chen, G Hou, C Zeng, R Qin, C Zhao, CJ Wang, LI Greene, TC Bruno, JL Christenson, M Friedrich, R Sankowski, L Bunse, MJ Bender, AC McPherson, CM Phelps, W Fong, Q Li, F Ji, PJ Siska, J Jiao, C Matos, X Gu, A Bessede, F Peyraud, S le Moulec, J Wu, L Li, JNR Gnanaprakasam, B Kushwaha, L Liu, Z Gong, J Shi, C Ecker, L Guo, S Voicu, RJ King, PK Singh, K Mehla, W Yang, Y Bai, Y Xiong, F Pistollato, TY Forbes-Hernandez, RC Iglesias, X Ma, E Bi, Y Lu, N Koundouros, G Poulogiannis, H Xu, Y Chen, M Gu, L Berod, C Friedrich, A Nandan, Y Endo, HK Asou, N Matsugae, A Onodera, K Obata-Ninomiya, EL Pearce, MC Walsh, PJ Cejas, H Da BorgesSilva, LK Beura, H Wang, E Grajchen, M Loix, P Baeten, C Zhang, C Yue, A Herrmann, JA Yanez, SW Wang, IW Knemeyer, JB Lee, A Zgair, J Malec, Y Li, YC Li, XT Liu, S Chowdhury, A Kar, D Bhowmik, P Icard, L Simula, Z Wu, X Yi, X Chen, J Catapano, M Luty, T Wrobel, MR Morrow, B Batchuluun, T Umemoto, A Johansson, SAI Ahmad, J Liu, Y Peng, L Shi, LP Diebold, H Kong, EL Mills, B Kelly, A Logan, S Hubert, B Rissiek, K Klages, B Sunkel, M Wang, PS Liu, JP Bottcher, E Bonavita, P Chakravarty, CP Bromley, G Jonsson, MJ Watson, PDA Vignali, SJ Mullett, Q Feng, Z Liu, X Yu, RJ Johnston, LJ Su, J Pinckney, I Elia, JH Rowe, S Johnson, C Pan, B Li, MC Simon, F Hinrichsen, J Hamm, M Westermann, Z Ma, L Jiao, HL Zhang, DD Li, J Wang, Q Huang, X Hu, D Guo, Y Tong, X Jiang, CS Blaha, G Ramakrishnan, SM Jeon, S Xu, HR Herschman, BA Webb, F Forouhar, FE Szu, J Feng, J Li, L Wu, M Chimenti, MP Jacobson, C Corbet, O Feron, S Taylor, EP Spugnini, YG Assaraf, N Amara, MP Cooper, MA Voronkova, T Gauthier, C Yao, T Dowdy, A Coquerel, H Ando, K Eshima, T Ishida, JA Menendez, R Lupu, L Jiang, X Fang, M Zhang, L Yu, Y Sun, M O'Farrell, G Duke, R Crowley, P Sun, X Zhang, RJ Wang, T Zhao, S Liu, X Ding, M Gomaraschi, F Bonacina, GD Norata, SC Huang, B Everts, Y Ivanova, H Du, MC Yoder, CC Lee, GJ van der Windt, M Dominguez, B Brune, D Namgaladze, N Zaidi, JV Swinnen, K Smans, KE Wellen, G Hatzivassiliou, UM Sachdeva, M Tan, R Mosaoa, GT Graham, MA Lauterbach, JE Hanke, M Serefidou, SM Hochrein, H Wu, M Eckstein, M Tian, F Hao, X Jin, H Yang, D Ye, KL Guan, MJ Wu, J Merritt, BL McClellan, S Haase, FJ Nunez, M Itsumi, S Inoue, AJ Elia, G Notarangelo, JB Spinelli, EM Perez, AK Jha, A Sergushichev, J Dubrot, X Xiang, S Pusch, T Bunse, W Yin, YF Ping, F Li, G Kohanbash, DA Carrera, S Shrivastav, RT Schinzel, R Higuchi-Sanabria, O Shalem, W Hu, T Peng, Y Huang, H Ruschen, K Aravinth, C Bunce, K Fatima, N Masood, Z Ahmad Wani, M Fronza, GF Caetano, MN Leite, D Jiang, J Liang, PW Noble, SL Kolar, P Kyme, CW Tseng, AB Blair, J Davelaar, Y Liu, D Xu, P Hou, W Li, V Papayannopoulos, L Xiao, R Peeters, J Cuenca-Escalona, EA Zaal, C Huang, DR Bauman, AD Bitmansour, JG McDonald, S Jaillon, A Ponzetta, D di Mitri, S Cane, RM Barouni, M Fabbi, G Cui, MM Staron, SM Gray, SM Kaech, W Cui, W Su, NM Chapman, O Chaudhary, P Rodriguez-Morales, MR Boothby, H Chi, K Yang, S Shrestha, Z Nian, X Zheng, Y Dou, IM Werter, CM Huijts, SM Lougheed, DA Braun, Y Hou, Z Bakouny, A Trompette, ES Gollwitzer, C Pattaroni, E Lu, T Yi, S Hang, D Paik, L Yao, Y Kidani, H Elsaesser, MB Hock, SK Brookens, GT Bommer, OA Macdougald, JZ Adamska, C Li, J Cheng, J Yan, M Soncini, G Corna, M Moresco, X Wang, LM Kelly, VA Blaho, T Hla, E Jozefczuk, TJ Guzik, M Siedlinski, JP Pereira, Y Xu, JG Cyster, ML Allende, G Tuymetova, BG Lee, C He, S Wang, C Zhou, PJ Murray, JE Allen, SK Biswas, J Zhang, J Baardman, SGS Verberk, S van der Velden, E Gomez Perdiguero, K Klapproth, C Schulz, D Hashimoto, A Chow, C Noizat, Y Okabe, R Medzhitov, L Ji, MO Li, H Kane, L Lynch, A Nakamura, R Ebina-Shibuya, A Itoh-Nakadai, C McCarthy, E Lee, JP Bridges, F Ishikawa, H Niiro, T Iino, F le Naour, L Hohenkirk, A Grolleau, R Wang, CP Dillon, LZ Shi, W Kc, AT Satpathy, AS Rapaport, CM Krawczyk, T Holowka, J Sun, JR Schafer, TC Salzillo, N Chakravarti, A Marcais, J Cherfils-Vicini, C Viant, MP Keppel, N Saucier, AY Mah, M Felices, AJ Lenvik, R McElmurry, H Jensen, M Potempa, D Gotthardt, X Jia, L Chiossone, J Chaix, N Fuseri, RM Loftus, N Assmann, N Kedia-Mehta, X Michelet, L Dyck, A Hogan, A Cerwenka, LL Lanier, TE O'Sullivan, JC Sun, S Paust, UH von Andrian, LR Johnson, HH Kang, JN Beilke, LL Liu, J Landskron, EH Ask, MD Filippi, A Hidalgo, ER Chilvers, C Summers, PX Liew, P Kubes, L Raccosta, R Fontana, D Maggioni, V Monceaux, C Chiche-Lapierre, C Chaput, KI Mecklenburgh, SR Walmsley, AS Cowburn, NA Maianski, J Geissler, SM Srinivasula, M Veiga-Da-cunha, N Chevalier, X Stephenne, HS Jun, DA Weinstein, YM Lee, YY Cheung, T Condamine, GA Dominguez, JI Youn, N Gehrke, C Mertens, T Zillinger, C Lood, LP Blanco, MM Purmalek, L Wang, J Qian, H Braumuller, T Wieder, E Brenner, L Galluzzi, I Vitale, S Warren, G Kroemer, C Galassi, L Zitvogel, Y Zhou, IN Bastian, MD Long, J Galaine, C Turco, C Vauchy, O Kepp, L D'Amico, U Menzel, M Prummer, F Zhou, B Feng, H Yu, DV Krysko, AD Garg, A Kaczmarek, AM Dudek, L Apetoh, F Ghiringhelli, A Tesniere, M Michaud, I Martins, AQ Sukkurwala, M Obeid, N Casares, MO Pequignot, I Mellman, DS Chen, T Powles, GT Motz, G Coukos, M You, Z Xie, N Zhang, CH Tsai, YM Chuang, JR Giles, AM Globig, BJ Kirsch, R Asaka, M Markovic, S Ben-Shabat, S Keinan, AS Elz, NL Trevaskis, CJH Porter, M Haidinger, M Poglitsch, R Geyeregger, AM Woltman, SW van der Kooij, PJ Coffer, RP Donnelly, SE Keating, V Zaiatz-Bittencourt, MH Sofi, J Heinrichs, M Dany, J Cedervall, Y Zhang, H Huang, S Pilon-Thomas, KN Kodumudi, AE El-Kenawi, D Buckley, TS Heuer Show less
For decades, great strides have been made in the field of immunometabolism. A plethora of evidence ranging from basic mechanisms to clinical transformation has gradually embarked on immunometabolism t Show more
For decades, great strides have been made in the field of immunometabolism. A plethora of evidence ranging from basic mechanisms to clinical transformation has gradually embarked on immunometabolism to the center stage of innate and adaptive immunomodulation. Given this, we focus on changes in immunometabolism, a converging series of biochemical events that alters immune cell function, propose the immune roles played by diversified metabolic derivatives and enzymes, emphasize the key metabolism-related checkpoints in distinct immune cell types, and discuss the ongoing and upcoming realities of clinical treatment. It is expected that future research will reduce the current limitations of immunotherapy and provide a positive hand in immune responses to exert a broader therapeutic role. Show less
📄 PDF DOI: 10.1186/s12943-024-01981-5
review
A.W. Greene, J. Baek, O. Ashenberg +1163 more · 2023 · Cells · MDPI · added 2026-04-20
A.W. Greene, J. Baek, O. Ashenberg, A.E. Keating, W.H. Landschulz, P.F. Johnson, S.L. McKnight, C.R. Vinson, K.C. Garcia, J. Lekstrom-Himes, K.G. Xanthopoulos, P. Agre, T. Hai, S.M. Boyd, J.R. Newman, J. Jumper, R. Evans, A. Pritzel, T. Green, M. Figurnov, O. Ronneberger, K. Tunyasuvunakool, R. Bates, A. Zidek, A. Potapenko, M. Varadi, S. Anyango, M. Deshpande, S. Nair, C. Natassia, G. Yordanova, D. Yuan, O. Stroe, G. Wood, A. Laydon, T.K. Sears, J.M. Angelastro, P. Deng, C.M. Haynes, P. Paerhati, J. Liu, Z. Jin, T. Jakos, S. Zhu, L. Qian, J. Zhu, Y. Yuan, T. Sebastian, J.J. Smink, A. Leutz, S.E. van der Krieken, H.E. Popeijus, R.P. Mensink, J. Plat, M. Pulido-Salgado, J.M. Vidal-Taboada, J. Saura, M. Miller, A.J. Spike, J.M. Rosen, K. Balamurugan, E. Sterneck, L. Klimaschewski, S. Tang, O.V. Vitolo, T.A. Weissman, L.T. Donlin, M.L. Shelanski, L.A. Greene, J.M. Aletta, A. Rukenstein, S.H. Green, T.N. Ignatova, V.G. Kukekov, D.A. Steindler, G.B. Stengren, C. Mendelsohn, J.L. Mason, J.E. Goldman, G. Lin, M. Umemura, T. Ogura, A. Matsuzaki, H. Nakano, K. Takao, T. Miyakawa, Y. Takahashi, Y. Kaneko, R. Tanabe, L.R. Devireddy, J.G. Teodoro, F.A. Richard, M.R. Green, S.P. Persengiev, Z. Sheng, L. Li, L.J. Zhu, T.W. Smith, A. Demers, A.H. Ross, R.P. Moser, P.D. Canoll, J. Kuo, M. Weicker, A. Costa, J.N. Bruce, R. Huang, D. Qian, M. Hu, X. Zhang, J. Song, H. Chen, B. Wang, M. Wang, L. Wei, L. Zhang, D.X. Liu, J. Feldheim, A.F. Kessler, D. Schmitt, L. Wilczek, T. Linsenmann, M. Dahlmann, C.M. Monoranu, R.I. Ernestus, C. Hagemann, M. Lohr, D. York, C.D. Sproul, N. Chikere, P.J. Dickinson, T. Wang, R. Yang, J.L. Huang, G. Jiang, Q.X. Song, X. Gu, X.L. Wang, H.H. Song, L.P. Chen, Y.Y. Lin, D. Jiang, D. Zhou, L.R. Palam, L. Jiang, J. Narasimhan, K.A. Staschke, R.C. Wek, M. Costa-Mattioli, P. Walter, X.M. Hua, J. Wang, D.M. Qian, J.Y. Song, X.L. Zhu, R. Zhou, Y.D. Zhao, X.Z. Zhou, Z. Li, H. Li, H. Xie, M. Fan, N. Zhang, J. Ma, S. Che, H.Y. Lee, S.E. Monaco, M. Szabolcs, S. Dong, C.L. Nutt, R.A. Betensky, A.O. Stemmer-Rachamimov, N.C. Denko, K.L. Ligon, D.H. Rowitch, D.N. Louis, X. Wang, F. Xing, I. Herskowitz, B.N. Nguyen, L.W. Elmore, S.E. Holt, S. Dejager, M. Mietus-Snyder, A. Friera, R.E. Pitas, D. Krylov, M. Olive, C. Vinson, S.C. Williams, C. Dezan, D.R. Echlin, K. Gardner, E. Taparowsky, A. Arias, M.W. Lame, L. Santarelli, R. Hen, M. Assanah, R. Lochhead, A. Ogden, J. Bruce, J. Goldman, P. Canoll, G. Hesselager, L. Uhrbom, B. Westermark, M. Nister, N. Vale, D. Duarte, S. Silva, A.S. Correia, B. Costa, M.J. Gouveia, A. Ferreira, E. Dupont, A. Prochiantz, A. Joliot, C.C. Cates, A.D. Arias, L.S. Nakayama Wong, M. Sidorov, G. Cayanan, D.J. Rowland, J. Fung, G. Karpel-Massler, M.D. Siegelin, N.A. Ciaccio, T.S. Reynolds, C.R. Middaugh, J.S. Laurence, B.A. Horst, C. Shu, L. Chau, T. Tsujiuchi, C.S. Peters, X. Liang, S. Li, S. Kannan, Y. Peng, R. Taub, R.H. Diamond, M.L. Moreno, R.L. Bauer, X. Sun, P. Jefferson, Q. Zhou, T. Nakajima, S. Kinoshita, T. Sasagawa, K. Sasaki, M. Naruto, T. Kishimoto, S. Akira, J. Homma, R. Yamanaka, N. Yajima, N. Tsuchiya, N. Genkai, M. Sano, R. Tanaka, M.S. Carro, W.K. Lim, M.J. Alvarez, R.J. Bollo, X. Zhao, E.Y. Snyder, E.P. Sulman, S.L. Anne, F. Doetsch, H. Colman, L.A. Cooper, D.A. Gutman, C. Chisolm, C. Appin, J. Kong, Y. Rong, T. Kurc, E.G. Van Meir, J.H. Saltz, C.S. Moreno, T. Chu, E.J. Rice, G.T. Booth, H.H. Salamanca, Z. Wang, L.J. Core, S.L. Longo, R.J. Corona, L.S. Chin, J.T. Lis, T. Kudo, M.T. Prentzell, S.R. Mohapatra, F. Sahm, Z. Zhao, I. Grummt, W. Wick, C.A. Opitz, M. Platten, E.W. Green, K. Lei, Y. Xia, X.C. Wang, E.H. Ahn, L. Jin, K. Ye, D. Wang, X. Ruan, X. Liu, Y. Xue, L. Shao, C. Yang, L. Zhu, Y. Yang, B. Yu, S.M. Wang, W.C. Lin, H.Y. Lin, Y.L. Chen, C.Y. Ko, J.M. Wang, J. Halliday, K. Helmy, S.S. Pattwell, K.L. Pitter, Q. LaPlant, T. Ozawa, E.C. Holland, M. Minata, A. Audia, J. Shi, S. Lu, J. Bernstock, M.S. Pavlyukov, A. Das, S.H. Kim, Y.J. Shin, Y. Lee, J. Yin, Y.T. Oh, J.Y. Kim, S.S. Kim, E. Choi, T.H. Kim, J.H. Hong, N. Chang, H.J. Cho, J.K. Sa, D. Aguilar-Morante, M. Cortes-Canteli, M. Sanz-Sancristobal, A. Santos, A. Perez-Castillo, J.A. Morales-Garcia, F. Di Pascale, S. Nama, M. Muhuri, S. Quah, H.M. Ismail, X.H.D. Chan, G.M. Sundaram, R. Ramalingam, B. Burke, P. Sampath, T.I. Hsu, J.Y. Chuang, T.J. Kao, S.W. Lim, W.B. Yang, C.C. Huang, Y.T. Tsai, W.C. Chang, K. Biserova, A. Jakovlevs, R. Uljanovs, I. Strumfa, Y. Gao, B. Liu, L. Feng, B. Sun, S. He, G. Wu, G. E, C. Liu, Z. Gao, J. Xu, Y. Fan, Y. Qi, S. Wang, S. Zhao, X. Guo, H. Xue, L. Deng, R. Zhao, L. Selagea, A. Mishra, M. Anand, J. Ross, C. Tucker-Burden, D.J. Brat, X. Kong, W. Meng, Z. Zhou, Y. Li, B. Zhou, R. Wang, L. Zhan, L. Yang, W. Yu, Q. Wu, J. Lian, F. Li, S. Liu, A. Li, Z. He, K. Shao, W. Pu, J. Zhang, S. Guo, F. Qian, I. Glurich, Q. Jin, Y. Ma, S. Ju, Z. Zhang, X. Tang, Y. Liang, G. Sun, Q. He, H. Qu, P. Gao, Y. Shu, H. Bao, S. Han, Z. Liu, N. Zhao, W. Yuan, C. Jian, X. Shu, J. Pang, L. Wang, Q. Dong, D. Jin, I.C. Salaroglio, D.C. Belisario, M. Akman, S. La Vecchia, M. Godel, D.P. Anobile, G. Ortone, S. Digiovanni, S. Fontana, C. Costamagna, K. Okazaki, H. Anzawa, N. Ota, H. Kitamura, Y. Onodera, M.M. Alam, D. Matsumaru, T. Suzuki, F. Katsuoka, K. Kinoshita, H. Sekine, H. Motohashi, M. Liu, R. Li, T. Liu, D. Zhang, M. Shen, X. Ren, Q. Sun, B.A. Sterken, T. Ackermann, C. Muller, H.R. Zuidhof, G. Kortman, A. Hernandez-Segura, M. Broekhuis, D. Spierings, V. Guryev, C.F. Calkhoven, X.Z. Liu, A. Rulina, M.H. Choi, L. Pedersen, J. Lepland, S.T. Takle, N. Madeleine, S.D. Peters, C.E. Wogsland, S.M. Grondal, D. Xia, H. Cao, C. Wu, Z. Sun, H. Liu, L.L. Lee, S.J. Kim, Y.I. Hahn, J.H. Jang, S. Saeidi, Y.J. Surh, H. Wu, J. Gu, W. Cheng, Y. Wang, Q. Wang, R. Zhang, X. Li, H. Zhang, H. Xu, F. Wang, L. Tang, K. Ning, N. Geng, F. Liu, D. Mendoza-Villanueva, S. Sharan, G.H. Summers, L.E. Dobrolecki, M.T. Lewis, J. Cao, S. Ben-Shmuel, R. Rashed, R. Rostoker, E. Isakov, Z. Shen-Orr, D. Leroith, E. Kurzejamska, J. Johansson, K. Jirstrom, V. Prakash, S. Ananthaseshan, L. Boon, J. Fuxe, P. Religa, B.H. Park, S. Kook, S. Lee, J.H. Jeong, A. Brufsky, B.C. Lee, A. Chen, J. Lu, D. Liu, X.X. Zhang, M.C. Li, C.H. Cao, D.Y. Wan, B.X. Xi, J.H. Tan, Z.Y. Yang, X.X. Feng, J. Tan, X. Zheng, M. Li, F. Ye, C. Song, C. Xu, W. Li, S. Zeng, S. Yang, R. Cheng, B. Pang, P. Sun, T.C. Hour, Y.L. Lai, C.I. Kuan, C.K. Chou, H.Y. Tu, H.T. Hu, C.S. Lin, W.J. Wu, Y.S. Pu, B. Jin, Y. Gong, L. Jiao, D. Xin, L. Zhou, Y. Jin, J. Zhou, H. Tian, X. Zhi, Z. Xiao, T. Chen, H. Yuan, Q. Chen, M. Chen, J. Yang, G. Regalo, P. Canedo, G. Suriano, C. Resende, M.L. Campos, M.J. Oliveira, C. Figueiredo, P. Rodrigues-Pereira, N. Blin, R. Seruca, S. Du, Z. Yang, X. Lu, S. Yousuf, M. Zhao, J. Miao, H. Yu, X. Zhu, M.H. Kim, A.Z. Minton, V. Agrawal, D.J. Barakat, J. Mendonca, T. Barberi, S.K. Kachhap, I. Paz-Priel, A.D. Friedman, S.R. Denmeade, D. Li, S. Huang, X. Bi, X. Pu, H. Adamo, P. Hammarsten, C. Hagglof, T. Dahl Scherdin, L. Egevad, P. Stattin, S. Halin Bergstrom, A. Bergh, W.J. Wang, H.Y. Lai, F. Zhang, W.J. Shen, P.Y. Chu, H.Y. Liang, Y.B. Liu, X. Song, C.S. Huang, J. Chu, X.X. Zhu, J.H. Li, X.T. Huang, J.P. Cai, W. Zhao, X.Y. Yin, A. Ramirez, J.L. Jorcano, R.C. Smart, Z.J. Messenger, J.R. Hall, D.D. Jima, J.S. House, H.W. Tam, D.A. Tokarz, Y. Zhou, Q. Xu, B. Yang, S. Jiang, L. Hu, Q. Li, Y. Shuai, E. Fan, Q. Zhong, G. Feng, X. Gou, G. Zhang, Q. Du, Z. Tan, F. Shi, M. Tang, L. Xie, L. Zhao, J. Hu, M. Zhou, A. Bode, Q. Huang, Y. Lv, Y. Dong, D. Song, Y. Shen, Y. Shi, M. Zhang, L. Rong, B. Chen, K. Liu, X. He, J. Li, M. He, F. Yang, L. Chai, Z. Xu, L. Kong, L.J. Cao, Y.J. Zhang, S.Q. Dong, X.Z. Li, X.T. Tong, D. Chen, Z.Y. Wu, X.H. Zheng, W.Q. Xue, W.H. Jia, M. Qin, F. Han, J. Wu, F.X. Gao, D.X. Yan, X.M. He, Y. Long, X.P. Tang, D.L. Ren, F. He, H. Xiao, Y. Cai, A. Swoboda, R. Soukup, O. Eckel, K. Kinslechner, B. Wingelhofer, D. Schorghofer, C. Sternberg, H.T.T. Pham, M. Vallianou, J. Horvath, G. Ambrosini, C. Do, B. Tycko, R.B. Realubit, C. Karan, E. Musi, R.D. Carvajal, V. Chua, A.E. Aplin, G.K. Schwartz, A. Nachiyappan, J.L.J. Soon, H.J. Lim, V.K. Lee, R. Taneja, C. Lai, L.F. Shen, R.R. Zhou, Y.Y. Zhang, P. Rajbhandari, G. Lopez, C. Capdevila, B. Salvatori, J. Yu, R. Rodriguez-Barrueco, D. Martinez, M. Yarmarkovich, N. Weichert-Leahey, B.J. Abraham, Z.Y. Hua, J.N. Hansen, S.K. Dai, Y. Choi, M.D. Fulton, S.M. Lloyd, M. Szemes, J. Sen, H.F. Ding, J.D. Gardiner, L.M. Abegglen, X. Huang, B.E. Carter, E.A. Schackmann, M. Stucki, C.N. Paxton, R. Lor Randall, J.F. Amatruda, A.R. Putnam, Y.H. Wang, H.Y. Huang, W.M. Li, B.W. Yeh, T.F. Wu, Y.L. Shiue, J.J. Sheu, C.F. Li, Y.Y. Chu, C.J. Yen, T.C. Chan, C.H. Hsing, S.K. Huang, K.L. Hsieh, Y.H. Kuo, M.V. Yusenko, A. Trentmann, D.A. Casolari, L. Abdel Ghani, M. Lenz, M. Horn, W. Dorner, S. Klempnauer, H.D. Mootz, M.F. Arteaga, K.H. Klempnauer, D. Frank, R. Moorthy, J.C. Widen, C. Khandanpour, D.A. Harki, J. Rousseau, V. Gagne, M. Labuda, C. Beaubois, D. Sinnett, C. Laverdiere, A. Moghrabi, S.E. Sallan, L.B. Silverman, D. Neuberg, Y.H. Youssef, S.M. Makkeyah, A.F. Soliman, N.H. Meky, M. Kurata, I. Onishi, T. Takahara, Y. Yamazaki, S. Ishibashi, R. Goitsuka, D. Kitamura, J. Takita, Y. Hayashi, D.A. Largaesapda, E. Duprez, A.K. Mittal, G.V. Hegde, P. Aoun, R.G. Bociek, B.J. Dave, A.D. Joshi, W.G. Sanger, D.D. Weisenburger, S.S. Joshi, R. Pal, M. Janz, D.L. Galson, M. Gries, K. Johrens, I. Anagnostopoulos, B. Dorken, M.Y. Mapara, L. Borghesi, R. Piva, E. Pellegrino, M. Mattioli, L. Agnelli, L. Lombardi, F. Boccalatte, G. Costa, B.A. Ruggeri, M. Cheng, R. Chiarle, B. Bisikirska, M. Bansal, J. Teruya-Feldstein, R. Chaganti, A. Califano, J.H. White, R.A. McIllhinney, A. Wise, F. Ciruela, W.Y. Chan, P.C. Emson, A. Billinton, F.H. Marshall, X. Jiang, L. Su, Q. Zhang, C. He, P. Yi, Q. Shu, Y. Tan, J.A. Morris, G. Kandpal, L. Ma, C.P. Austin, C. Kakiuchi, M. Ishiwata, S. Nanko, H. Kunugi, Y. Minabe, K. Nakamura, N. Mori, K. Fujii, K. Yamada, T. Yoshikawa, X. Gao, Y. Mi, N. Guo, Z. Hu, F. Hu, L. Gao, W. Jin, B. Madarampalli, K. Lengel, Y. Xu, G. Li, Z. Lu, C.J. Fiorese, A.M. Schulz, Y.F. Lin, N. Rosin, M.W. Pellegrino, T. Dohi, C.M. Raskett, G.M. Orlowski, C.M. Powers, C.A. Gilbert, J. Plescia, D.C. Altieri, R. Keerthiga, D.S. Pei, A. Fu, Y. Zhao, Y.D. Zhang, S.W. Qian, Z.C. Zhang, S.F. Li, L. Guo, Y. Liu, B. Wen, Q.Y. Lei, A. Khramushin, Z. Ben-Aharon, T. Tsaban, J.K. Varga, O. Avraham, O. Schueler-Furman, N. Pasquier, T.T.T. Nguyen, E. Darvishi, L. Ghamsari, S.F. Leong, R. Ramirez, M. Koester, E. Gallagher, M. Yu, J.M. Mason, G. Merutka, B.J. Kappel, D. Dluzen, D. Tacelosky, M. Moreau, S.P. Wheatley, S.N. Brun, S.L. Markant, L.A. Esparza, G. Garcia, D. Terry, J.M. Huang, X.N. Li, G.A. Grant, J.R. Crawford, R. Frazzi, X. Tong, P. Yang, K. Wang, X. Shan, K. Zhang, D. Merino, D.A. Putavet, P.L.J. de Keizer, L. Bousset, J. Gil, J. Salotti, K. Sakchaisri, W.G. Tourtellotte, L.M. Podust, A.M. Krezel, Y. Kim, H. Tominaga, S. Maeda, M. Hayashi, S. Takeda, S. Komiya, T. Nakamura, H. Akiyama, T. Imamura, I.K. Mann, R. Chatterjee, J. Zhao, M.T. Weirauch, T.R. Hughes, S.M. Ebert, S.A. Bullard, N. Basisty, G.R. Marcotte, Z.P. Skopec, J.M. Dierdorff, A. Al-Zougbi, K.C. Tomcheck, A.D. DeLau, J.A. Rathmacher, I.M.N. Wortel, L.T. van der Meer, M.S. Kilberg, F.N. van Leeuwen, S. Moeckel, K. LaFrance, J. Wetsch, C. Seliger, M.J. Riemenschneider, M. Proescholdt, P. Hau, A. Vollmann-Zwerenz, N.I. Lorenz, A.C.M. Sittig, H. Urban, A.L. Luger, A.L. Engel, C. Munch, J.P. Steinbach, M.W. Ronellenfitsch, C. Chen, P. Liu, S. Fang, Y. You, S. Kaspar, C. Oertlin, K. Szczepanowska, A. Kukat, K. Senft, C. Lucas, S. Brodesser, M. Hatzoglou, O. Larsson, I. Topisirovic, S.E. Parkin, M. Baer, T.D. Copeland, R.C. Schwartz, C.J. Huggins, R. Malik, S. Thomas, N. Martin, O.A. Quinones, W.G. Alvord, M.E. Olanich, J.R. Keller, Z. Renfro, B.E. White, K.E. Stephens, J.M. Adams, S. Cory, C.T. Ishida, Y. Zhang, M.E. Halatsch, M.A. Westhoff, D. Kaloni, S.T. Diepstraten, A. Strasser, G.L. Kelly, M.A. Anderson, P.E. Czabotar, G. Lessene, A.L. Koessinger, C. Cloix, D. Koessinger, D.H. Heiland, F.J. Bock, K. Strathdee, K. Kinch, L. Martinez-Escardo, N.R. Paul, C. Nixon, W. He, M. Morsch, M. Ismail, F.U. Rehman, M. Zheng, R. Chung, M.D. Wendt, S.H.M. Wong, W.Y. Kong, C.M. Fang, H.S. Loh, L.H. Chuah, S. Abdullah, S.C. Ngai, X. Zhai, P. Liang, H. Cui, S. Ishihara, M. Yasuda, A. Ishizu, M. Ishikawa, H. Shirato, H. Haga, S. Banerjee, N. Aykin-Burns, K.J. Krager, S.K. Shah, S.B. Melnyk, M. Hauer-Jensen, S.A. Pawar, D.Y. Zhang, C. Dmello, L. Chen, V.A. Arrieta, E. Gonzalez-Buendia, J.R. Kane, L.P. Magnusson, A. Baran, C.D. James, C. Horbinski, I. Ullah, K. Chung, S. Bae, C. Kim, B. Choi, H.Y. Nam, C.O. Yun, K.Y. Lee, P. Weyerhauser, S.R. Kantelhardt, E.L. Kim, N.J. Caron, S.P. Quenneville, J.P. Tremblay, S.Y. Van Der Zanden, X. Qiao, J. Neefjes, V. Aragon-Sanabria, A. Aditya, F. Chen, B. Yoo, T. Cao, B. Madajewski, R. Lee, M.Z. Turker, K. Ma, F. Iwamoto, V. Gondi, N. Butowski, G. Falchook, A. Williams, K. Peters, J. Evans, N. Lakhani, M. McKean, S. Symeonides, J. Dauparas, I. Anishchenko, N. Bennett, H. Bai, R.J. Ragotte, L.F. Milles, B.I.M. Wicky, A. Courbet, R.J. de Haas, N. Bethel, L. Chang, A. Mondal, A. Perez, R.A. Bottens, T. Yamada, A. Shoari, R. Tooyserkani, M. Tahmasebi, D. Lowik Show less
Developing novel therapeutics often follows three steps: target identification, design of strategies to suppress target activity and drug development to implement the strategies. In this review, we re Show more
Developing novel therapeutics often follows three steps: target identification, design of strategies to suppress target activity and drug development to implement the strategies. In this review, we recount the evidence identifying the basic leucine zipper transcription factors ATF5, CEBPB, and CEBPD as targets for brain and other malignancies. We describe strategies that exploit the structures of the three factors to create inhibitory dominant-negative (DN) mutant forms that selectively suppress growth and survival of cancer cells. We then discuss and compare four peptides (CP-DN-ATF5, Dpep, Bpep and ST101) in which DN sequences are joined with cell-penetrating domains to create drugs that pass through tissue barriers and into cells. The peptide drugs show both efficacy and safety in suppressing growth and in the survival of brain and other cancers in vivo, and ST101 is currently in clinical trials for solid tumors, including GBM. We further consider known mechanisms by which the peptides act and how these have been exploited in rationally designed combination therapies. We additionally discuss lacunae in our knowledge about the peptides that merit further research. Finally, we suggest both short- and long-term directions for creating new generations of drugs targeting ATF5, CEBPB, CEBPD, and other transcription factors for treating brain and other malignancies. Show less
📄 PDF DOI: 10.3390/cells12040581
amino-acid review
S. Trapotsi, G. Drakakis, A. Koutsoukas +1688 more · 2022 · RSC Chemical Biology · Royal Society of Chemistry · added 2026-04-20
S. Trapotsi, G. Drakakis, A. Koutsoukas, I. Cortes–Ciriano, P. MartĂ­nez–Alonso, T. E. Malliavin, A. Velazquez-Campoy, S. C. Brewerton, M. J. Bodkin, D. A. Evans, R. C. Glen, J. A. Carrodeguas, A. Bender, S. W. Page, J. E. Maddison, M. R. Trusheim, E. R. Berndt, F. L. Douglas, L. Rovin, C. J. Bailey, G. Zhou, R. Myers, Y. Li, Y. Chen, X. Shen, J. Fenyk-Melody, M. Wu, J. Ventre, T. Doebber, N. Fujii, N. Musi, M. F. Hirshman, L. J. Goodyear, D. E. Moller, I. Bezprozvanny, J. Wu, Q. Li, A. C. Lai, C. M. Crews, J. Downward, F. Ardito, M. Giuliani, D. Perrone, G. Troiano, L. L. Muzio, H. Lodish, A. Berk, S. L. Zipursky, P. Matsudaira, D. Baltimore, J. Darnell, N. Ammeux, B. E. Housden, A. Georgiadis, Y. Hu, N. Perrimon, J. E. Dumont, S. Dremier, I. Pirson, C. Maenhaut, T. Vu, F. X. Claret, H. S. Camp, O. Li, S. C. Wise, Y. H. Hong, C. L. Frankowski, R. Vanbogelen, T. Leff, K. Kores, J. Konc, U. Bren, M.-A. Trapotsi, L. H. Mervin, A. M. Afzal, N. Sturm, O. Engkvist, I. P. Barrett, B. Baillif, J. Wichard, O. MĂ©ndez-Lucio, D. RouquiĂ©, J. Inglese, D. S. Auld, B. A. Wetmore, J. F. Wambaugh, S. S. Ferguson, M. A. Sochaski, D. M. Rotroff, K. Freeman, H. J. Clewell III, D. J. Dix, M. E. Andersen, K. A. Houck, B. Allen, R. S. Judson, R. Singh, R. J. Kavlock, A. M. Richard, R. S. Thomas, M. Schenone, V. Dančík, B. K. Wagner, P. A. Clemons, A. Subramanian, R. Narayan, S. M. Corsello, D. D. Peck, T. E. Natoli, X. Lu, J. Gould, J. F. Davis, A. A. Tubelli, J. K. Asiedu, D. L. Lahr, J. E. Hirschman, Z. Liu, M. Donahue, B. Julian, M. Khan, D. Wadden, I. C. Smith, D. Lam, A. Liberzon, C. Toder, M. Bagul, M. Orzechowski, O. M. Enache, F. Piccioni, S. A. Johnson, N. J. Lyons, A. H. Berger, A. F. Shamji, A. N. Brooks, A. Vrcic, C. Flynn, J. Rosains, D. Y. Takeda, R. Hu, D. Davison, J. Lamb, K. Ardlie, L. Hogstrom, P. Greenside, N. S. Gray, S. Silver, X. Wu, W.-N. Zhao, W. Read-Button, S. J. Haggarty, L. V. Ronco, J. S. Boehm, S. L. Schreiber, J. G. Doench, J. A. Bittker, D. E. Root, B. Wong, T. R. Golub, J. M. Raser, E. K. O’Shea, A. A. Kalaitzis, N. D. Lawrence, D. P. Nusinow, J. Szpyt, M. Ghandi, C. M. Rose, E. R. McDonald, M. Kalocsay, J. JanĂ©-Valbuena, E. Gelfand, D. K. Schweppe, M. Jedrychowski, J. Golji, D. A. Porter, T. Rejtar, Y. K. Wang, G. V. Kryukov, F. Stegmeier, B. K. Erickson, L. A. Garraway, W. R. Sellers, S. P. Gygi, M.-A. Bray, S. Singh, H. Han, C. T. Davis, B. Borgeson, C. Hartland, M. Kost-Alimova, S. M. Gustafsdottir, C. C. Gibson, A. E. Carpenter, A. X. Lu, O. Z. Kraus, S. Cooper, A. M. Moses, S. N. Chandrasekaran, H. Ceulemans, J. D. Boyd, M. J. Cox, S. Jaensch, J. Van de Waeter, L. Cougnaud, D. Seynaeve, S. Benalla, S. J. Koo, I. Van Den Wyngaert, J.-M. Neefs, D. Malkov, M. Bittremieux, M. Steemans, P. J. Peeters, J. K. Wegner, E. Gustin, Y. T. Chong, H. W. H. Göhlmann, I. Nassiri, M. N. McCall, P. D. Piehowski, V. A. Petyuk, D. J. Orton, F. Xie, M. Ramirez-Restrepo, A. Engel, A. P. Lieberman, R. L. Albin, D. G. Camp, R. D. Smith, A. J. Myers, M. Medo, D. M. Aebersold, M. MedovĂĄ, C. H. Johnson, F. J. Gonzalez, T. Ramirez, M. Daneshian, H. Kamp, F. Y. Bois, M. R. Clench, M. Coen, B. Donley, S. M. Fischer, D. R. Ekman, E. Fabian, C. Guillou, J. Heuer, H. T. Hogberg, H. Jungnickel, H. C. Keun, G. Krennrich, E. Krupp, A. Luch, F. Noor, E. Peter, B. Riefke, M. Seymour, N. Skinner, L. Smirnova, E. Verheij, S. Wagner, T. Hartung, B. van Ravenzwaay, M. Leist, A. M. D. Livera, M. Sysi-Aho, L. Jacob, J. A. Gagnon-Bartsch, S. Castillo, J. A. Simpson, T. P. Speed, R. Chaleckis, I. Meister, P. Zhang, C. E. Wheelock, J. G. Abelin, J. Patel, C. M. Feeney, L. Fagbami, A. L. Creech, L. Pino, J. W. Qiao, E. Kuhn, A. Officer, J. Li, S. Abbatiello, R. Sidman, E. Snyder, S. A. Carr, J. D. Jaffe, Y. A. Chen, S. A. Eschrich, L. Litichevskiy, R. Peckner, C. M. Dunning, J. D. Egertson, S. Egri, T. Ko, B. X. MacLean, A. E. Mungenast, M. Papanastasiou, V. Sharma, J. Z. Young, M. J. MacCoss, L.-H. Tsai, R. Lewis, Z. Tanoli, U. Seemab, A. Scherer, K. Wennerberg, J. Tang, M. VĂ€hĂ€-Koskela, A. Gaulton, L. J. Bellis, A. P. Bento, J. Chambers, M. Davies, A. Hersey, Y. Light, S. McGlinchey, D. Michalovich, B. Al-Lazikani, J. P. Overington, S. Kim, J. Chen, T. Cheng, A. Gindulyte, J. He, S. He, B. A. Shoemaker, P. A. Thiessen, B. Yu, L. Zaslavsky, J. Zhang, E. E. Bolton, I. A. Smit, C. H. G. Allen, F. Svensson, T. Hanser, J. Bajorath, J. Sun, N. Jeliazkova, V. Chupakhin, J.-F. Golib-Dzib, L. Carlsson, J. Wegner, I. Georgiev, V. Jeliazkov, N. Kochev, T. J. Ashby, H. Chen, T. Kalliokoski, C. Kramer, A. Vulpetti, P. Gedeck, A. Lin, D. Horvath, V. Afonina, G. Marcou, J.-L. Reymond, A. Varnek, C. Ye, D. J. Ho, M. Neri, C. Yang, T. Kulkarni, R. Randhawa, M. Henault, N. Mostacci, P. Farmer, S. Renner, R. Ihry, L. Mansur, C. G. Keller, G. McAllister, M. Hild, J. Jenkins, A. Kaykas, P. R. Bushel, R. S. Paules, S. S. Auerbach, H. K. Yalamanchili, Y.-W. Wan, G. X. Y. Zheng, J. M. Terry, P. Belgrader, P. Ryvkin, Z. W. Bent, R. Wilson, S. B. Ziraldo, T. D. Wheeler, G. P. McDermott, J. Zhu, M. T. Gregory, J. Shuga, L. Montesclaros, J. G. Underwood, D. A. Masquelier, S. Y. Nishimura, M. Schnall-Levin, P. W. Wyatt, C. M. Hindson, R. Bharadwaj, A. Wong, K. D. Ness, L. W. Beppu, H. J. Deeg, C. McFarland, K. R. Loeb, W. J. Valente, N. G. Ericson, E. A. Stevens, J. P. Radich, T. S. Mikkelsen, B. J. Hindson, J. H. Bielas, N. J. Schurch, P. Schofield, M. GierliƄski, C. Cole, A. Sherstnev, V. Singh, N. Wrobel, K. Gharbi, G. G. Simpson, T. Owen-Hughes, M. Blaxter, G. J. Barton, A. Koussounadis, S. P. Langdon, I. H. Um, D. J. Harrison, V. A. Smith, X. Xie, E. D. Crawford, D. Peck, J. W. Modell, I. C. Blat, M. J. Wrobel, J. Lerner, J.-P. Brunet, K. N. Ross, M. Reich, H. Hieronymus, G. Wei, S. A. Armstrong, R. Wei, E. S. Lander, R. Edgar, M. Domrachev, A. E. Lash, H. Parkinson, M. Kapushesky, M. Shojatalab, N. Abeygunawardena, R. Coulson, A. Farne, E. Holloway, N. Kolesnykov, P. Lilja, M. Lukk, R. Mani, T. Rayner, A. Sharma, E. William, U. Sarkans, A. Brazma, D. L. Svoboda, T. Saddler, Y. Igarashi, N. Nakatsu, T. Yamashita, A. Ono, Y. Ohno, T. Urushidani, H. Yamada, N. Lim, P. Pavlidis, A. Musa, L. S. Ghoraie, S.-D. Zhang, G. Galzko, O. Yli-Harja, M. Dehmer, B. Haibe-Kains, F. Emmert-Streib, M. Bickle, S. Seal, H. Yang, L. Vollmers, T. R. Jones, M. R. Lamprecht, C. Clarke, I. H. Kang, O. Friman, D. A. Guertin, J. H. Chang, R. A. Lindquist, J. Moffat, P. Golland, D. M. Sabatini, M. Held, M. H. A. Schmitz, B. Fischer, T. Walter, B. Neumann, M. H. Olma, M. Peter, J. Ellenberg, D. W. Gerlich, S. Rajaram, B. Pavie, L. F. Wu, S. J. Altschuler, J. Ollion, J. Cochennec, F. Loll, C. EscudĂ©, T. Boudier, T. Wollmann, M. Gunkel, I. Chung, H. Erfle, K. Rippe, K. Rohr, J. C. Caicedo, A. Goodman, K. W. Karhohs, B. A. Cimini, J. Ackerman, M. Haghighi, C. Heng, T. Becker, M. Doan, C. McQuin, M. Rohban, V. Chernyshev, L. Kamentsky, L. Ding, S. M. Rafelski, D. Thirstrup, W. Wiegraebe, F. Heigwer, S. Warchal, P. Qiu, C. Molnar, A. S. Vasilevich, J. D. Barry, H. S. Bansal, O. Kraus, M. Wawer, L. Paavolainen, M. D. Herrmann, J. Hung, H. Hennig, J. Concannon, I. Smith, P. Rees, P. Horvath, R. G. Linington, V. Ljosa, K. L. Sokolnicki, E. Williams, J. Moore, S. W. Li, G. Rustici, A. Tarkowska, A. Chessel, S. Leo, B. Antal, R. K. Ferguson, R. E. C. Salas, J. R. Swedlow, M. H. Rohban, N. E. Bodycombe, T. P. Hasaka, C. S. Hon, M. M. Kemp, K. Li, D. Walpita, M. J. Wawer, A. Mullard, A. A. Saei, C. M. Beusch, A. Chernobrovkin, P. Sabatier, B. Zhang, Ü. G. Tokat, E. Stergiou, M. Gaetani, Á. VĂ©gvĂĄri, R. A. Zubarev, M. Zapalska-Sozoniuk, L. Chrobak, K. Kowalczyk, M. Kankofer, H. Gullberg, K. Johansson, B. Lundgren, P. I. Arvidsson, E. S. J. ArnĂ©r, Y. Perez-Riverol, A. Csordas, J. Bai, M. Bernal-Llinares, S. Hewapathirana, D. J. Kundu, A. Inuganti, J. Griss, G. Mayer, M. Eisenacher, E. PĂ©rez, J. Uszkoreit, J. Pfeuffer, T. Sachsenberg, ƞ. Yılmaz, S. Tiwary, J. Cox, E. Audain, M. Walzer, A. F. Jarnuczak, T. Ternent, J. A. VizcaĂ­no, P. Samaras, T. Schmidt, M. Frejno, S. Gessulat, M. Reinecke, A. Jarzab, J. Zecha, J. Mergner, P. Giansanti, H.-C. Ehrlich, S. Aiche, J. Rank, H. Kienegger, H. Krcmar, B. Kuster, M. Wilhelm, B. Aslam, M. Basit, M. A. Nisar, M. Khurshid, M. H. Rasool, Y. Lao, X. Wang, N. Xu, H. Zhang, H. Xu, K. Hollywood, D. R. Brison, R. Goodacre, L. Zhang, C. Ma, H. Chao, Y. Long, Z. Li, X. Ge, H. Xia, Y. Yin, J. Batley, M. Li, R. Cavill, D. Jennen, J. Kleinjans, J. J. BriedĂ©, W. Lu, X. Su, M. S. Klein, I. A. Lewis, O. Fiehn, J. D. Rabinowitz, M. Wright Muelas, I. Roberts, F. Mughal, S. O’Hagan, P. J. Day, D. B. Kell, Y. Lin, G. W. Caldwell, W. Lang, J. Masucci, K. Peters, J. Bradbury, S. Bergmann, M. Capuccini, M. Cascante, P. de Atauri, T. M. D. Ebbels, C. Foguet, R. Glen, A. Gonzalez-Beltran, U. L. GĂŒnther, E. Handakas, T. Hankemeier, K. Haug, S. Herman, P. Holub, M. Izzo, D. Jacob, D. Johnson, F. Jourdan, N. Kale, I. Karaman, B. Khalili, P. Emami Khonsari, K. Kultima, S. Lampa, A. Larsson, C. Ludwig, P. Moreno, S. Neumann, J. A. Novella, C. O’Donovan, J. T. M. Pearce, A. Peluso, M. E. Piras, L. Pireddu, M. A. C. Reed, P. Rocca-Serra, P. Roger, A. Rosato, R. Rueedi, C. Ruttkies, N. Sadawi, R. M. Salek, S.-A. Sansone, V. Selivanov, O. Spjuth, D. Schober, E. A. ThĂ©venot, M. Tomasoni, M. van Rijswijk, M. van Vliet, M. R. Viant, R. J. M. Weber, G. Zanetti, C. Steinbeck, J. Xia, N. Psychogios, N. Young, D. S. Wishart, K. Cochrane, V. C. Nainala, M. Williams, J. Chang, K. V. Jayaseelan, A. I. Campos, M. Zampieri, T. Fuhrer, D. C. SĂ©vin, U. Sauer, N. Zamboni, N. J. Shah, S. Sureshkumar, D. G. Shewade, P. V. Hornbeck, J. M. Kornhauser, S. Tkachev, E. Skrzypek, B. Murray, V. Latham, M. Sullivan, T. Y. Low, M. A. Mohtar, P. Y. Lee, N. Omar, H. Zhou, M. Ye, M. K. Morris, A. Chi, I. N. Melas, L. G. Alexopoulos, M. L. Guerriero, A. Corrigan, A. Bornot, M. Firth, P. O’Shea, D. Ross-Thriepland, S. Peel, A. Agrotis, R. Ketteler, M. Jost, J. S. Weissman, E. Goncalves, C. Fellmann, B. G. Gowen, P.-C. Lin, J. A. Doudna, J. E. Corn, S. M. B. Nijman, A. E. Enayetallah, D. Ziemek, M. T. Leininger, J. Yang, T. B. Manion, D. E. Mather, W. J. Zavadoski, M. Kuhn, J. L. Treadway, S. A. G. des Etages, E. M. Gibbs, N. Greene, C. M. Steppan, R. Kumar, S. J. Blakemore, C. E. Ellis, E. F. Petricoin, D. Pratt, M. Macoritto, A. L. Matthews, J. J. Loureiro, K. Elliston, R. T. Pillich, V. Rynkov, D. Welker, S. Orchard, S. Kerrien, S. Abbani, B. Aranda, J. Bhate, S. Bidwell, A. Bridge, L. Briganti, F. S. L. Brinkman, G. Cesareni, A. Chatr-aryamontri, E. Chautard, C. Chen, M. Dumousseau, J. Goll, R. E. W. Hancock, L. I. Hannick, I. Jurisica, J. Khadake, D. J. Lynn, U. Mahadevan, L. Perfetto, A. Raghunath, S. Ricard-Blum, B. Roechert, L. Salwinski, V. StĂŒmpflen, M. Tyers, P. Uetz, I. Xenarios, H. Hermjakob, M. D. Wilkinson, M. Dumontier, I. J. J. Aalbersberg, G. Appleton, M. Axton, A. Baak, N. Blomberg, J.-W. Boiten, L. B. da Silva Santos, P. E. Bourne, J. Bouwman, A. J. Brookes, T. Clark, M. Crosas, I. Dillo, O. Dumon, S. Edmunds, C. T. Evelo, R. Finkers, A. J. G. Gray, P. Groth, C. Goble, J. S. Grethe, J. Heringa, P. A. C.’t Hoen, R. Hooft, T. Kuhn, R. Kok, J. Kok, S. J. Lusher, M. E. Martone, A. Mons, A. L. Packer, B. Persson, M. Roos, R. van Schaik, E. Schultes, T. Sengstag, T. Slater, G. Strawn, M. A. Swertz, M. Thompson, J. van der Lei, E. van Mulligen, J. Velterop, A. Waagmeester, P. Wittenburg, K. Wolstencroft, J. Zhao, B. Mons, C. von Mering, L. J. Jensen, B. Snel, S. D. Hooper, M. Krupp, M. Foglierini, N. Jouffre, M. A. Huynen, P. Bork, L. Garcia-Alonso, M. M. Ibrahim, D. Turei, J. Saez-Rodriguez, H. Huang, B. M. Jedynak, J. S. Bader, X. Zhu, M. Gerstein, M. Snyder, K. Luck, D.-K. Kim, L. Lambourne, K. Spirohn, B. E. Begg, W. Bian, R. Brignall, T. Cafarelli, F. J. Campos-Laborie, B. Charloteaux, D. Choi, A. G. CotĂ©, M. Daley, S. Deimling, A. Desbuleux, A. Dricot, M. Gebbia, M. F. Hardy, N. Kishore, J. J. Knapp, I. A. KovĂĄcs, I. Lemmens, M. W. Mee, J. C. Mellor, C. Pollis, C. Pons, A. D. Richardson, S. Schlabach, B. Teeking, A. Yadav, M. Babor, D. Balcha, O. Basha, C. Bowman-Colin, S.-F. Chin, S. G. Choi, C. Colabella, G. Coppin, C. D’Amata, D. De Ridder, S. De Rouck, M. Duran-Frigola, H. Ennajdaoui, F. Goebels, L. Goehring, A. Gopal, G. Haddad, E. Hatchi, M. Helmy, Y. Jacob, Y. Kassa, S. Landini, R. Li, N. van Lieshout, A. MacWilliams, D. Markey, J. N. Paulson, S. Rangarajan, J. Rasla, A. Rayhan, T. Rolland, A. San-Miguel, Y. Shen, D. Sheykhkarimli, G. M. Sheynkman, E. Simonovsky, M. Taßan, A. Tejeda, V. Tropepe, J.-C. Twizere, Y. Wang, R. J. Weatheritt, J. Weile, Y. Xia, X. Yang, E. Yeger-Lotem, Q. Zhong, P. Aloy, G. D. Bader, J. De Las Rivas, S. Gaudet, T. Hao, J. Rak, J. Tavernier, D. E. Hill, M. Vidal, F. P. Roth, M. A. Calderwood, S. Bazzani, K. Sriyudthsak, F. Shiraishi, M. Y. Hirai, E. Alm, A. P. Arkin, J. Ma, A. Shojaie, G. Michailidis, S. Chowdhury, R. R. Sarkar, G. Vert, J. Chory, W. A. Haynes, A. Tomczak, P. Khatri, T. Charitou, K. Bryan, A. BrĂŒckner, C. Polge, N. Lentze, D. Auerbach, U. Schlattner, B. Tian, C. Zhao, F. Gu, Z. He, R. Krause, M. Cornell, S. G. Oliver, S. Fields, D. Voet, J. G. Voet, A. R. Neves, A. Ramos, M. C. Nunes, M. Kleerebezem, J. Hugenholtz, W. M. de Vos, J. Almeida, H. Santos, S. A. Lambert, A. Jolma, L. F. Campitelli, P. K. Das, M. Albu, X. Chen, J. Taipale, T. R. Hughes, M. T. Weirauch, P. J. Park, A. Blais, B. D. Dynlacht, M. Haque, R. Sarmah, D. K. Bhattacharyya, P. J. Thul, C. Lindskog, R. Barshir, M. Sharon, E. Lerman, B. F. Kirson, I. Hekselman, J. K. Huang, D. E. Carlin, M. K. Yu, W. Zhang, J. F. Kreisberg, P. Tamayo, T. Ideker, D. Yu, M. Kim, G. Xiao, T. H. Hwang, C. H. Wu, N. C. Duarte, S. A. Becker, N. Jamshidi, I. Thiele, M. L. Mo, T. D. Vo, R. Srivas, B. Ø. Palsson, D. TĂŒrei, T. KorcsmĂĄros, R. Oughtred, J. Rust, C. Chang, B. Breitkreutz, C. Stark, A. Willems, L. Boucher, G. Leung, N. Kolas, F. Zhang, S. Dolma, J. Coulombe-Huntington, K. Dolinski, E. L. Huttlin, L. Ting, R. J. Bruckner, F. Gebreab, M. P. Gygi, S. Tam, G. Zarraga, G. Colby, K. Baltier, R. Dong, V. Guarani, L. P. Vaites, A. Ordureau, R. Rad, M. WĂŒhr, J. Chick, B. Zhai, D. Kolippakkam, J. Mintseris, R. A. Obar, T. Harris, S. Artavanis-Tsakonas, M. E. Sowa, P. DeCamilli, J. A. Paulo, J. W. Harper, R. Goel, H. C. Harsha, A. Pandey, T. S. K. Prasad, C. S. Greene, A. Krishnan, A. K. Wong, E. Ricciotti, R. A. Zelaya, D. S. Himmelstein, R. Zhang, B. M. Hartmann, E. Zaslavsky, S. C. Sealfon, D. I. Chasman, G. A. FitzGerald, T. Grosser, O. G. Troyanskaya, J. J. O’Shea, D. M. Schwartz, A. V. Villarino, M. Gadina, I. B. McInnes, A. Laurence, S. A. Sam, J. Teel, A. N. Tegge, A. Bharadwaj, T. M. Murali, A. Fabregat, S. Jupe, L. Matthews, K. Sidiropoulos, M. Gillespie, P. Garapati, R. Haw, B. Jassal, F. Korninger, B. May, M. Milacic, C. D. Roca, K. Rothfels, C. Sevilla, V. Shamovsky, S. Shorser, T. Varusai, G. Viteri, J. Weiser, G. Wu, L. Stein, P. D’Eustachio, D. N. Slenter, M. Kutmon, K. Hanspers, A. Riutta, J. Windsor, N. Nunes, J. MĂ©lius, E. Cirillo, S. L. Coort, D. Digles, F. Ehrhart, P. Giesbertz, M. Kalafati, M. Martens, R. Miller, K. Nishida, L. Rieswijk, L. M. T. Eijssen, A. R. Pico, E. L. Willighagen, M. Kanehisa, S. Goto, M. Trupp, T. Altman, C. A. Fulcher, R. Caspi, M. Krummenacker, S. Paley, P. D. Karp, E. G. Cerami, B. E. Gross, E. Demir, I. Rodchenkov, Ö. Babur, N. Anwar, N. Schultz, C. Sander, L. Y. Geer, A. Marchler-Bauer, R. C. Geer, L. Han, C. Liu, W. Shi, S. H. Bryant, S. G. Jantzen, B. J. Sutherland, D. R. Minkley, B. F. Koop, F. Supek, M. BoĆĄnjak, N. Ć kunca, T. Ć muc, D. V. Klopfenstein, B. S. Pedersen, F. RamĂ­rez, A. Warwick Vesztrocy, A. Naldi, C. J. Mungall, J. M. Yunes, O. Botvinnik, M. Weigel, W. Dampier, C. Dessimoz, P. Flick, H. Tang, D. Domingo-FernĂĄndez, S. Mubeen, J. MarĂ­n-LlaĂł, C. T. Hoyt, M. Hofmann-Apitius, A. B. Keenan, M. L. Wojciechowicz, Z. Wang, K. M. Jagodnik, S. L. Jenkins, A. Lachmann, A. Ma’ayan, X. P. Peng, C. Clement, A. Rodina, M. Nieto, J. Du, K. Stegmaier, S. M. Raj, K. N. Maloney, J. Clardy, W. C. Hahn, G. Chiosis, I. Barrett, P. Shannon, T. Sandmann, S. K. Kummerfeld, R. Gentleman, R. Bourgon, M. A. GarcĂ­a-Campos, J. Espinal-EnrĂ­quez, E. HernĂĄndez-Lemus, A. Yuryev, S. Ekins, R. Mathur, D. Rotroff, A. Motsinger-Reif, M. Sirota, A. J. Butte, B. Debrabant, M. E. Ritchie, B. Phipson, D. Wu, C. W. Law, G. K. Smyth, E. Lim, F. Vaillant, M.-L. Asselin-Labat, J. E. Visvader, P. D. Thomas, M. J. Campbell, A. Kejariwal, H. Mi, B. Karlak, R. Daverman, K. Diemer, A. Muruganujan, A. Narechania, E. Y. Chen, C. M. Tan, Y. Kou, Q. Duan, G. V. Meirelles, N. R. Clark, G. Dennis, B. T. Sherman, D. A. Hosack, W. Gao, H. C. Lane, R. A. Lempicki, A. Markiel, O. Ozier, N. S. Baliga, J. T. Wang, D. Ramage, N. Amin, B. Schwikowski, G. Bindea, B. Mlecnik, H. Hackl, P. Charoentong, M. Tosolini, A. Kirilovsky, W.-H. Fridman, F. PagĂšs, Z. Trajanoski, J. Galon, G. Yu, Q.-Y. He, L.-G. Wang, Y. Han, I. Ihnatova, E. Budinska, F. Li, Y. Qin, X. Bo, Y. Wu, S. Wang, G. Bradley, S. J. Barrett, N. L. Catlett, A. J. Bargnesi, S. Ungerer, T. Seagaran, W. Ladd, K. O. Elliston, S. Jaeger, J. Min, F. Nigsch, M. Camargo, J. Hutz, A. Cornett, S. Cleaver, A. Buckler, J. L. Jenkins, J. H. Woo, Y. Shimoni, W. S. Yang, P. Subramaniam, A. Iyer, P. Nicoletti, M. RodrĂ­guez MartĂ­nez, G. LĂłpez, M. Mattioli, R. Realubit, C. Karan, B. R. Stockwell, M. Bansal, A. Califano, H. Noh, J. E. Shoemaker, R. Gunawan, A. Liu, P. Trairatphisan, E. Gjerga, A. Didangelos, J. Barratt, A. Dugourd, C. Kuppe, M. Sciacovelli, K. B. Emdal, D. B. Bekker-Jensen, J. Kranz, E. M. J. Bindels, A. S. H. Costa, J. V. Olsen, C. Frezza, R. Kramann, A. Dubovenko, Y. Nikolsky, E. Rakhmatulin, T. Nikolskaya, A. KrĂ€mer, J. Green, J. Pollard, S. Tugendreich, C. Wiwie, J. Baumbach, R. Röttger, M. R. Karim, O. Beyan, A. Zappa, I. G. Costa, D. Rebholz-Schuhmann, M. Cochez, S. Decker, D. Xu, Y. Tian, F. Pedregosa, G. Varoquaux, A. Gramfort, V. Michel, B. Thirion, O. Grisel, M. Blondel, P. Prettenhofer, R. Weiss, V. Dubourg, J. Vanderplas, A. Passos, D. Cournapeau, M. MĂ€chler, P. Rousseeuw, A. Struyf, M. Hubert, K. Hornik, A. Kassambara, F. Mundt, R. Argelaguet, B. Velten, D. Arnol, S. Dietrich, T. Zenz, J. C. Marioni, F. Buettner, W. Huber, O. Stegle, A. Klami, S. Virtanen, E. LeppĂ€aho, S. Kaski, S. A. Khan, O. P. Kallioniemi, A. Poso, T. Chen, S. Tyagi, D. Bredikhin, Y. Deloro, E. Leppaaho, M. Ammad-ud-din, I. Subramanian, S. Verma, S. Kumar, A. Jere, K. Anamika, R. Chen, X. Liu, S. Jin, J. Lin, J. Liu, J. Vamathevan, D. Clark, P. Czodrowski, I. Dunham, E. Ferran, G. Lee, B. Li, A. Madabhushi, P. Shah, M. Spitzer, S. Zhao, J. Scheiber, M. Glick, J. W. Davies, K. Azzaoui, J. Hamon, L. Urban, S. Whitebread, D. Rogers, M. Hahn, Y. C. Martin, J. L. Kofron, L. M. Traphagen, S. Gao, D. Luo, G. Liu, Z. Xiao, G. Shan, Y. Zhang, W. Zhou, C. Scheeder, M. Boutros, R. P. Sheridan, L. M. Kauvar, D. L. Higgins, H. O. Villar, J. R. Sportsman, A. Engqvist-Goldstein, R. Bukar, K. E. Bauer, H. Dilley, D. M. Rocke, C. Yuan, T. V. Aa, I. Chakroun, J. Simm, A. Arany, Y. Moreau, T. L. Van, J. F. G. Dzib, R. Wuyts, W. Verachtert, M. Wen, Z. Zhang, S. Niu, H. Sha, R. Yang, Y. Yun, H. Lu, A. A. M. Al-Saffar, H. Tao, M. A. Talab, A. Mayr, G. Klambauer, T. Unterthiner, M. Steijaert, D.-A. Clevert, S. Hochreiter, M. C. Robinson, A. A. Lee, I. CortĂ©s-Ciriano, Y. Zhu, T. Brettin, F. Xia, A. Partin, M. Shukla, H. Yoo, Y. A. Evrard, J. H. Doroshow, R. L. Stevens, M. Hofmarcher, E. Rumetshofer, N. Aniceto, A. A. Freitas, T. Ghafourian, N. Bosc, F. Atkinson, E. Felix, A. R. Leach, Y. Saeys, I. Inza, P. Larrañaga, R. Caruana, S. Lawrence, C. L. Giles, Y. E. Wang, G.-Y. Wei, D. Brooks, C. Rudin, M. Walter, P. Wright, A. Bartosik, D. Dolciami, A. Elbasir, N. Fortelny, C. Bock, M. Abadi, P. Barham, Z. Chen, A. Davis, J. Dean, M. Devin, S. Ghemawat, G. Irving, M. Isard, M. Kudlur, J. Levenberg, R. Monga, S. Moore, D. G. Murray, B. Steiner, P. Tucker, V. Vasudevan, P. Warden, M. Wicke, Y. Yu, X. Zheng, A. Paszke, S. Gross, F. Massa, A. Lerer, G. Chanan, T. Killeen, Z. Lin, N. Gimelshein, L. Antiga, A. Desmaison, A. Köpf, E. Yang, Z. DeVito, M. Raison, A. Tejani, S. Chilamkurthy, L. Fang, S. Chintala, P. Zakeri, T. Haber, K. C. Bulusu, L. Kalash, M. A. Firth, Z. Ji, J. Su, H. Wang, D. Huang, X. Zhou, O. Weinreb, T. Amit, M. B. H. Youdim, N. L. Patel-Murray, M. Adam, N. Huynh, B. T. Wassie, P. Milani, E. Fraenkel, J. Vialard, P. Buijnsters, I. Velter, A. Vapirev, M. F. Cuccarese, B. A. Earnshaw, K. Heiser, B. Fogelson, P. F. McLean, H. B. Gordon, K.-R. Skelly, F. L. Weathersby, V. Rodic, I. K. Quigley, E. D. Pastuzyn, B. M. Mendivil, N. H. Lazar, C. A. Brooks, J. Carpenter, B. L. Probst, P. Jacobson, S. W. Glazier, J. Ford, J. D. Jensen, N. D. Campbell, M. A. Statnick, A. S. Low, K. R. Thomas, S. S. Hegde, R. W. Alfa, M. L. Victors, I. S. Haque, M. Kibble, N. Saarinen, F. Iorio, S. MĂ€kelĂ€, T. Aittokallio, M. Iwata, R. Sawada, H. Iwata, M. Kotera, Y. Yamanishi, E. Dazert, M. Colombi, T. Boldanova, S. Moes, D. Adametz, L. Quagliata, V. Roth, L. Terracciano, M. H. Heim, P. Jenoe, M. N. Hall, D. Carrella, F. Napolitano, R. Rispoli, M. Miglietta, A. Carissimo, L. Cutillo, F. Sirci, F. Gregoretti, D. Di Bernardo, A. Conesa, S. Beck Show less
The elucidation of a compound's Mechanism of Action (MoA) is a challenging task in the drug discovery process, but it is important in order to rationalise phenotypic findings and to anticipate potenti Show more
The elucidation of a compound's Mechanism of Action (MoA) is a challenging task in the drug discovery process, but it is important in order to rationalise phenotypic findings and to anticipate potential side-effects. Bioinformatic approaches, advances in machine learning techniques and the increasing deposition of high-throughput data in public databases have significantly contributed to recent advances in the field, but it is not straightforward to decide which data and methods are most suitable to use in a given case. In this review, we focus on these methods and data and their applications in generating MoA hypotheses for subsequent experimental validation. We discuss compound-specific data such as -omics, cell morphology and bioactivity data, as well as commonly used supplementary prior knowledge such as network and pathway data, and provide information on databases where this data can be accessed. In terms of methodologies, we discuss both well-established methods (connectivity mapping, pathway enrichment) as well as more developing methods (neural networks and multi-omics integration). Finally, we review case studies where the MoA of a compound was successfully suggested from computational analysis by incorporating multiple data modalities and/or methodologies. Our aim for this review is to provide researchers with insights into the benefits and drawbacks of both the data and methods in terms of level of understanding, biases and interpretation – and to highlight future avenues of investigation which we foresee will improve the field of MoA elucidation, including greater public access to -omics data and methodologies which are capable of data integration. Show less
📄 PDF DOI: 10.1039/d1cb00069a
ML review