đŸ‘€ John A. Parkinson

🔍 Search 📋 Browse đŸ·ïž Tags ❀ Favourites ➕ Add 🧬 Extraction
5
Articles
5
Name variants
Also published as: E. Parkinson, GN Parkinson, H. Parkinson, J.A. Parkinson,
articles
C. Crivelli, S. Garcia-Madrona, M. Gil-Minguez +428 more · 2024 · Frontiers in Neuroscience · Frontiers · added 2026-04-20
C. Crivelli, S. Garcia-Madrona, M. Gil-Minguez, R. Lujan, A. Almeida, S. Moncada, J. P. Bolanos, C. Angebault, J. Fauconnier, S. Patergnani, J. Rieusset, A. Danese, C. A. Affortit, A. Ardalan, S. Sowlati-Hashjin, H. Oduwoye, S. O. Uwumarenogie, M. Karttunen, M. D. Smith, A. Atlante, G. Amadoro, V. Latina, D. Valenti, M. Belanger, I. Allaman, P. J. Magistretti, K. F. Bell, B. Al-Mubarak, J. H. Fowler, P. S. Baxter, K. Gupta, T. Tsujita, A. M. Bertholet, A. M. Natale, P. Bisignano, J. Suzuki, A. Fedorenko, J. Hamilton, C. Bienboire-Frosini, D. Wang, M. Marcet-Rius, D. Villanueva-Garcia, A. Gazzano, A. Dominguez-Oliva, M. Bienengraeber, K. S. Echtay, M. Klingenberg, C. Bionda, J. Portoukalian, D. Schmitt, C. Rodriguez-Lafrasse, D. Ardail, M. Bozluolcay, G. Andican, S. Firtina, G. Erkol, D. Konukoglu, R. D. Burgoyne, D. A. Butterfield, B. Halliwell, M. Cater, S. M. Holter, K. A. Chamberlain, N. Huang, Y. Xie, F. LiCausi, S. Li, Y. Li, S. L. Chan, D. Liu, G. A. Kyriazis, P. Bagsiyao, X. Ouyang, M. P. Mattson, W. Chen, J. Yang, S. Chen, H. Xiang, H. Liu, D. Lin, Z. Chen, C. Zhong, I. Cho, G. J. Hwang, J. H. Cho, H. O. Song, H. E. Ji, S. Yang, A. C. Chu, P. W. Ho, K. H. Kwok, J. W. Ho, K. H. Chan, H. F. Liu, E. H. Corder, A. M. Saunders, W. J. Strittmatter, D. E. Schmechel, P. C. Gaskell, G. W. Small, S. M. Crivelli, Z. Quadri, H. J. Vekaria, Z. Zhu, P. Tripathi, A. Elsherbini, J. Cummings, Y. Zhou, G. Lee, K. Zhong, J. Fonseca, F. Cheng, C. H. Davis, K. Y. Kim, E. A. Bushong, E. A. Mills, D. Boassa, T. Shih, S. M. de la Monte, J. R. Wands, L. E. de Vries, A. Jongejan, J. Monteiro Fortes, R. Balesar, A. J. M. Rozemuller, P. D. Moerland, G. A. Dienel, D. L. Rothman, R. Domingues, C. Pereira, M. T. Cruz, A. Silva, R. Dringen, J. M. Gutterer, J. Hirrlinger, H. H. Hoepken, T. Minich, C. Ruedig, A. Lajtha, G. E. Gibson, R. H. Du, F. F. Wu, M. Lu, X. D. Shu, J. H. Ding, G. Wu, E. Winkler, J. Fortea, J. Pegueroles, D. Alcolea, O. Belbin, O. Dols-Icardo, L. Vaque-Alcazar, P. Garcia-Nogales, K. D. Garlid, M. Jaburek, P. Jezek, D. E. Orosz, M. Modriansky, S. Vassanelli, K. N. Green, H. Khashwji, T. Estrada, F. M. LaFerla, J. Grundlingh, P. I. Dargan, M. El-Zanfaly, D. M. Wood, A. Gustavsson, N. Norton, T. Fast, L. Frolich, J. Georges, D. Holzapfel, J. N. Guzman, J. Sanchez-Padilla, D. Wokosin, J. Kondapalli, E. Ilijic, P. T. Schumacker, A. Habas, J. Hahn, X. Wang, M. Margeta, P. Hanak, K. Hayakawa, E. Esposito, Y. Terasaki, Y. Liu, C. Xing, A. Herrero-Mendez, E. Fernandez, C. Maestre, D. H. So, Z. H. Tse, H. M. Tse, D. C. Yiu, W. Y. Zhang, T. Hoang, M. Kuljanin, M. Jelokhani-Niaraki, K. A. Hogan, C. C. S. Chini, E. N. Chini, N. Hu, Y. Fu, W. F. Li, X. R. Yang, M. Cao, F. F. Li, S. G. Huang, M. O. Isei, M. Crockett, E. Chen, J. Rodwell-Bullock, T. Caroll, P. A. Girardi, M. V. Ivanova, F. R. McSorley, G. Krnac, H. T. Jacobs, D. Jiang, H. Lu, D. Jimenez-Blasco, P. Santofimia-Castano, A. Gonzalez, Y. Jing, Y. Niu, C. Liu, K. Zen, D. Li, J. M. Johnson, A. D. Peterlin, E. Balderas, E. G. Sustarsic, J. A. Maschek, M. J. Lang, S. M. Joksimovic, P. Eggan, Y. Izumi, S. L. Joksimovic, V. Tesic, R. M. Dietz, S. M. Ghodsi, J. A. Heinsbroek, J. E. Orfila, N. Busquet, B. Kaltschmidt, M. Uherek, B. Volk, P. A. Baeuerle, C. Kaltschmidt, Y. Kang, L. Chen, D. Kapogiannis, K. I. Avgerinos, B. M. Kenwood, J. L. Weaver, A. Bajwa, I. K. Poon, F. L. Byrne, B. A. Murrow, E. Klotzsch, A. Smorodchenko, L. Lofler, R. Moldzio, E. Parkinson, G. J. Schutz, N. Kyrtata, H. C. A. Emsley, O. Sparasci, L. M. Parkes, B. R. Dickie, Y. Lee, B. M. Morrison, S. Lengacher, M. H. Farah, P. N. Hoffman, S. A. Liddelow, K. A. Guttenplan, L. E. Clarke, F. C. Bennett, C. J. Bohlen, L. Schirmer, N. C. de Souza-Pinto, J. R. Slevin, R. P. Wersto, M. Zhan, J. Y. Chatton, M. Manczak, M. J. Calkins, P. H. Reddy, W. Mao, X. X. Yu, A. Zhong, W. Li, J. Brush, S. W. Sherwood, A. Montesanto, P. Crocco, M. Anfossi, N. Smirne, G. Puccio, R. Colao, S. Moriguchi, N. Shioda, Y. Yamamoto, H. Tagashira, K. Fukunaga, H. Morton, S. Kshirsagar, E. Orlov, L. E. Bunquin, N. Sawant, L. Boleng, L. Mosconi, R. D. Andrews, D. C. Matthews, T. Y. Nakamura, S. Nakao, S. Wakabayashi, K. F. Neumann, L. Rojo, L. P. Navarrete, G. Farias, P. Reyes, R. B. Maccioni, D. G. Nicholls, S. Oddo, A. Caccamo, J. D. Shepherd, M. P. Murphy, T. E. Golde, R. Kayed, D. M. A. Oliver, W. R. Pearson, L. Pellerin, A. K. Bouzier-Sore, A. Aubert, S. Serres, M. Merle, R. Costalat, H. Perreten Lambert, M. Zenger, G. Azarias, R. J. Perry, D. Zhang, X. M. Zhang, J. L. Boyer, G. I. Shulman, C. Petersen, M. D. Nielsen, E. S. Andersen, A. L. Basse, M. S. Isidor, L. K. Markussen, T. Philips, J. D. Rothstein, C. Poetschke, J. Duda, J. Benkert, E. Dragicevic, T. P. Snutch, J. Striessnig, J. A. Pradeepkiran, R. A. Rice, N. C. Berchtold, C. W. Cotman, N. Rosenberg, M. Reva, F. Binda, L. Restivo, P. Depierre, J. Puyal, J. J. Ruprecht, E. R. S. Kunji, A. S. Saab, I. D. Tzvetanova, K. A. Nave, I. D. Tzvetavona, A. Trevisiol, S. Baltan, P. Dibaj, K. Kusch, A. Serrano-Pozo, Z. Li, A. Noori, H. N. Nguyen, A. Mezlini, L. Li, M. Sheridan, B. Ogretmen, C. Simons, N. Deuter, O. Pongs, T. Schneider, A. Rupprecht, I. Sarilova, O. Ninnemann, A. U. Brauer, K. Franke, G. E. Stutzmann, I. Smith, I. Parker, R. H. Swerdlow, R. Thangavel, D. Kempuraj, S. Zaheer, S. Raikwar, M. E. Ahmed, G. P. Selvakumar, B. Vaccari-Cardoso, M. Antipina, A. G. Teschemacher, S. Kasparov, B. R. Villa, A. G. George, T. E. Shutt, P. G. Sullivan, J. M. Rho, G. C. Teskey, A. A. Willette, B. B. Bendlin, E. J. Starks, A. C. Birdsill, S. C. Johnson, B. T. Christian, S. Q. Xu, X. D. Yang, Y. W. Qian, Q. Xiao Show less
The brain’s high demand for energy necessitates tightly regulated metabolic pathways to sustain physiological activity. Glucose, the primary energy substrate, undergoes complex metabolic transformatio Show more
The brain’s high demand for energy necessitates tightly regulated metabolic pathways to sustain physiological activity. Glucose, the primary energy substrate, undergoes complex metabolic transformations, with mitochondria playing a central role in ATP production via oxidative phosphorylation. Dysregulation of this metabolic interplay is implicated in Alzheimer’s disease (AD), where compromised glucose metabolism, oxidative stress, and mitochondrial dysfunction contribute to disease progression. This review explores the intricate bioenergetic crosstalk between astrocytes and neurons, highlighting the function of mitochondrial uncoupling proteins (UCPs), particularly UCP4, as important regulators of brain metabolism and neuronal function. Predominantly expressed in the brain, UCP4 reduces the membrane potential in the inner mitochondrial membrane, thereby potentially decreasing the generation of reactive oxygen species. Furthermore, UCP4 mitigates mitochondrial calcium overload and sustains cellular ATP levels through a metabolic shift from mitochondrial respiration to glycolysis. Interestingly, the levels of the neuronal UCPs, UCP2, 4 and 5 are significantly reduced in AD brain tissue and a specific UCP4 variant has been associated to an increased risk of developing AD. Few studies modulating the expression of UCP4 in astrocytes or neurons have highlighted protective effects against neurodegeneration and aging, suggesting that pharmacological strategies aimed at activating UCPs, such as protonophoric uncouplers, hold promise for therapeutic interventions in AD and other neurodegenerative diseases. Despite significant advances, our understanding of UCPs in brain metabolism remains in its early stages, emphasizing the need for further research to unravel their biological functions in the brain and their therapeutic potential. Show less
📄 PDF DOI: 10.3389/fnins.2024.1483708
ROS amino-acid mitochondria review
S. Hangan, J. Lodge, A. Odani +529 more · 2024 · Molecules · MDPI · added 2026-04-20
S. Hangan, J. Lodge, A. Odani, T. Yamaguchi, I. Persson, N. Hadjiliadis, E. Sletten, S.A. Mehrdad, A. Cucchiarini, J.L. Mergny, S.K. Noureini, S. Muthaiah, A. Bhatia, M. Kannan, A.N. Srivastva, M. Stankovic, J. Kljun, N.L.J. Stevanovic, J. Lazic, S.S. Bogojevic, S. Vojnovic, M. Zlatar, J. Nikodinovic-Runic, I. Turel, M.I. Djuran, I. Aleksic, A. Veselinovic, B.D. Glisic, H. Alshater, A.I. Al-Sulami, S.A. Aly, E.M. Abdalla, M.A. Sakr, S.S. Hassan, S. de la Mata Moratilla, S. Casado Angulo, N. GĂłmez-Casanova, J.L. Copa-Patiño, I. Heredero-Bermejo, F.J. de la Mata, S. GarcĂ­a-Gallego, A. Hangan, A. Turza, R.L. Lucaciu, B. Sevastre, E. Pall, L.S. Oprean, G. Borodi, D. Rusu, A. Stănilă, I.O. Marian, C.O. Marian, M. Rusu, R. Lucaciu, T.J. Hubin, P.N. Amoyaw, K.D. Roewe, N.C. Simpson, R.D. Maples, T.N. Carder Freeman, A.N. Cain, J.G. Le, S.J. Archibald, S.I. Khan, E. Bortolamiol, F. Visentin, T. Scattolin, I. Kostova, A.C. Hangan, L. Dican, E. PĂĄll, R.L. Stan, S. Gheorghe-Cetean, A. Tsoupras, S. Pafli, C. Stylianoudakis, K. Ladomenou, C.A. Demopoulos, A. Philippopoulos, J. Wlodarczyk, J. Krajewska, L. Szeleszczuk, P. Szalwinska, A. Gurba, S. Lipiec, P. Taciak, R. Szczepaniak, I. Mlynarzuk-Bialy, J. Fichna, C. Abate, F. Carnamucio, O. Giuffre, C. Foti, C. Chuong, C.M. DuChane, E.M. Webb, P. Rai, J.M. Marano, C.M. Bernier, J.S. Merola, J. Weger-Lucarelli, L. Oprean, P. Kumar, S. Gorai, M.K. Santra, B. Mondal, D. Manna, M. Sirajuddin, S. Ali, A. Badshah, J.D. Watson, F.H.C. Crick, B. Maddox, P.J. Kennelly, K.M. Botham, O. McGuinness, V.W. Rodwell, P.A. Weil, R.A. Harvey, D.R. Ferrier, J.M. Berg, J.L. Tymoczko, G.J. Gatto, L. Stryer, J.A. Cowan, P. Yakovchuk, E. Protozanova, M.D. Frank-Kamenetskii, M.J. Hannon, I. Bertini, H.B. Gray, S.J. Lippard, J.S. Valentine, Z. Shakked, G. Guerstein-Guzikevich, M. Eisenstein, F. Frolow, D. Rabinovich, J.C. Garcia-Ramos, R. Galindo-Murillo, F. Cortez-Guzman, L. Ruiz-Azuara, S. Neidle, M. HĂ€gerlöf, P. Papsai, C.S. Chow, S.K.C. Elmroth, J. François, N.T. Thuong, C. HĂ©lĂšne, J.L. Huppert, T.A. Brooks, S. Kendrick, L. Hurley, X. Li, Y. Peng, J. Ren, X. Qu, Y. Akiyama, S.M. Hecht, L.H. Hurley, J. Zhou, C. Wei, G. Jia, X. Wang, Z. Feng, C. Li, A. Mukherjee, K.M. Vasquez, E. Marian, L.G. Vicas, J. Tunde, M. Muresan, Z. Diaconeasa, C. Ionescu, R.G. Pearson, G. Barone, A. Terenzi, A. Lauria, A.M. Almerico, J.M. Leal, N. Busto, B. Garcia, J. Vinje, J.A. Parkinson, P.J. Sadler, T. Brown, A.A. Almaqwashi, T. Paramanathan, I. Rouzina, M.C. Williams, F.R. Keene, J.A. Smith, J.G. Collins, A. Rilak, R. Masnikosa, I. Bratsos, E. Alessio, S.K. Srivastava, T.C. Johnstone, K. Suntharalingam, S. Cetean, T. Ciuleanu, D.C. Leucuta, C. Cainap, A.M. Constantin, I. Cazacu, S. Cainap, A. Gherman, Y. He, Y. Ding, D. Wang, W. Zhang, W. Chen, X. Liu, W. Qin, X. Qian, H. Chen, Z. Guo, E. StefĂ no, F. De Castro, A. Ciccarese, A. Muscella, S. Marsigliante, M. Benedetti, F.P. Fanizzi, P.M. Takahara, A.C. Rosenzweig, C.A. Frederick, M. Demeunynck, C. Bailly, W.D. Wilson, K. Nakamoto, M. Tsuboi, G.D. Strahan, B.M. Zeglis, V.C. Pierre, J.K. Barton, C. Shobha Devi, B. Thulasiram, R.R. Aerva, P. Nagababu, T. Biver, F. Secco, M. Venturini, C.E. Maciel-Flores, J.A. Lozano-Alvarez, E.Y. BiviĂĄn-Castro, F. Jia, S. Wang, Y. Man, B. Liu, P. Modrich, A. Erxleben, E. Dumont, A. Monari, D.L. Morris, G.S. Khan, A. Shah, D. Zia-ur-Rehman, B.J. Pages, D.L. Ang, E.P. Wright, J.R. Aldrich-Wright, S.M. Nelson, L.R. Ferguson, W.A. Denny, L. Winkler, F. Cortes-Guzman, T.E. Cheatham, O. Sarpataki, N.K. Olah, M. Taulescu, I. Marcus, C. Cătoi, M.M. GonzĂĄlez-Ballesteros, L. SĂĄnchez-SĂĄnchez, A. Espinoza-GuillĂ©n, J. Espinal-EnrĂ­quez, C. MejĂ­a, E. HernĂĄndez-Lemus, P.H. von Hippel, A.H. Marcus, S. Komeda, T. Moulaei, K. Kruger Woods, M. Chikuma, N.P. Farrell, L.D. Williams, T. Jany, A. Moreth, C. Gruschka, A. Sischka, A. Spiering, M. Dieding, Y. Wang, S. Haji Samo, A. Stammler, H. Bögge, S. Li, B. Yuan, J. Zhang, L. Yue, H. Hou, J. Hu, S. Chen, B.R. Kirthan, M.C. Prabhakara, H.S. Bhojya Naik, P.H.A. Nayak, E.I. Naik, U. Saha, S. Chatterjee, M. Dolai, G.S. Kumar, A.M. Abu-Dief, N.H. Alotaibi, E.S. Al-Farraj, H.A. Qasem, S. Alzahrani, M.K. Mahfouz, A. Abdou, B. Kurt, H. Temel, M. Atlan, S. Kaya, H.A. Kiwaan, A.S. El-Mowafy, A.A. El-Bindary, S. Baskaran, M.N. Krishnan, M. Arumugham, R. Kumar, N. Kumar, R. Kaushal, P. Awasthi, A. Kellett, Z. Molphy, C. Slator, V. McKee, V.G. Vaidyanathan, B.U. Nair, R. Vijayalakshmi, P. Karacan, O. Okay, S. Phukan, S. Mitra, S. Nafisi, A.A. Saboury, N. Keramat, J.F. Neault, H.A. Tajmir-Riahi, P. Sathyadevi, P. Krishnamoorthy, R.R. Butorac, A.H. Cowley, N.S.P. Bhuvanesh, N. Dharmaraj, F. Arjmand, S. Parveen, M. Afzal, M. Shahid, J.B. Lepecq, C. Paoletti, J.L. Garcia-Gimenez, M. Gonzalez-Alvarez, M. Liu-Gonzalez, B. Macias, J. Borras, G. Alzuet, M. Aslanoglu, M. Zaheer, R. Qureshi, Z. Akhter, M.F. Nazar, M. Ngoepe, H. Clayton, P. Mucha, P. Hikisz, K. GwoĆșdziƄski, U. Krajewska, A. Leniart, E. Budzisz, E.F. Garman, J.R. Helliwell, E.P. Mitchell, A.N. Boynton, K.M. Boyle, M.J. Waring, S. Da Vela, D.I. Svergun, L.A. Feigin, P.P.P. Kumar, D.K. Lim, T.H. Jensen, M. Bech, O. Bunk, M. Thomsen, A. Menzel, A. Bouchet, G. Le Duc, R. Feidenhans, F. Pfeiffer, S. Sidhu, G. Falzon, S.A. Hart, J.G. Fox, R.A. Lewis, K.K.W. Siu, D.A. Jacques, J. Trewhella, N. Allec, M. Choi, N. Yesupriya, B. Szychowski, M.R. White, M.G. Kann, E.D. Garcin, M.C. Daniel, A. Badano, Y. Qu, J.B. Mangrum, A. Hegmans, S.J. Berners-Price, L. Ronconi, X. Filip, C. Tripon, C. Morari, C. Filip, T. Urathamakul, D.J. Waller, J.L. Beck, S.F. Ralph, X. Fan, J. Wang, X. Zhang, Z. Yang, J.C. Zhang, L. Zhao, H. Peng, J. Lei, H.W. Wang, J.L. Rubinstein, X. Benjin, L. Ling, A. Punjani, D.J. Fleet, M.A. Brubaker, A. Goldstein, Y. Soroka, M. FruĆĄic-Zlotkin, I. Popov, R. Kohen, M. Havrdova, K. Polakova, J. Skopalik, M. Vujtek, A. Mokdad, M. Homolkova, J. Tucek, J. Nebesarova, R. Zboril, M. Malatesta, M.R. RodrĂ­guez, M.J. Lavecchia, B.Z. ParajĂłn-Costa, A.C. GonzĂĄlez-BarĂł, M.R. GonzĂĄlez-BarĂł, E. CattĂĄneo, A.N. Alaghaz, S. Aldulmani, A. Yadav, K. Poonia, R. Ștefan, K.R. Fox, M.V. Villa, R. Lapresa, J. Hernandez-Gil, F. Sanz, J.B. Chaires, M. Mudasir, E.T. Wahyuni, D.H. Tjahjono, N. Yoshioka, H. Inoue, P. Jaividhya, R. Dhivya, M.A. Akbarsha, M. Palaniandavar, N. Raman, R. Jeyamurugan, A. Sakthivel, L. Mitu, A. Prisecaru, R.G. Kipping, E.J. Peterson, J.L. GarcĂ­a-GimĂ©nez, J. HernĂĄndez-Gil, A. MartĂ­nez-RuĂ­z, A. Castiñeiras, M. Liu-GonzĂĄles, F.V. PallardĂł, J. BorrĂĄs, G. Alzuet Piña, M. Swathi, D.S. Shankar, S. Daravath, N. Ganji, P.V.A. Lakshmi, R. Shivaraj, A. PĂ©rez, F.J. Luque, M. Orozco, N.M. Henriksen, D.R. Davis, D.A. Case, T.E.I. Cheatham, T. Darden, H. Gohlke, R. Luo, K.M. Merz, A. Onufriev, C. Simmerling, B. Wang, R.J. Woods, M.B. Peters, Y. Yang, L. FĂŒsti-MolnĂĄr, M.N. Weaver, M. Sahadevan, M. Sundaram, K. Subramanian Show less
DNA structure has many potential places where endogenous compounds and xenobiotics can bind. Therefore, xenobiotics bind along the sites of the nucleic acid with the aim of changing its structure, its Show more
DNA structure has many potential places where endogenous compounds and xenobiotics can bind. Therefore, xenobiotics bind along the sites of the nucleic acid with the aim of changing its structure, its genetic message, and, implicitly, its functions. Currently, there are several mechanisms known to be involved in DNA binding. These mechanisms are covalent and non-covalent interactions. The covalent interaction or metal base coordination is an irreversible binding and it is represented by an intra-/interstrand cross-link. The non-covalent interaction is generally a reversible binding and it is represented by intercalation between DNA base pairs, insertion, major and/or minor groove binding, and electrostatic interactions with the sugar phosphate DNA backbone. In the present review, we focus on the types of DNA–metal complex interactions (including some representative examples) and on presenting the methods currently used to study them. Show less
📄 PDF DOI: 10.3390/molecules29184361
DNA-binding coordination-chemistry review
S. Trapotsi, G. Drakakis, A. Koutsoukas +1688 more · 2022 · RSC Chemical Biology · Royal Society of Chemistry · added 2026-04-20
S. Trapotsi, G. Drakakis, A. Koutsoukas, I. Cortes–Ciriano, P. MartĂ­nez–Alonso, T. E. Malliavin, A. Velazquez-Campoy, S. C. Brewerton, M. J. Bodkin, D. A. Evans, R. C. Glen, J. A. Carrodeguas, A. Bender, S. W. Page, J. E. Maddison, M. R. Trusheim, E. R. Berndt, F. L. Douglas, L. Rovin, C. J. Bailey, G. Zhou, R. Myers, Y. Li, Y. Chen, X. Shen, J. Fenyk-Melody, M. Wu, J. Ventre, T. Doebber, N. Fujii, N. Musi, M. F. Hirshman, L. J. Goodyear, D. E. Moller, I. Bezprozvanny, J. Wu, Q. Li, A. C. Lai, C. M. Crews, J. Downward, F. Ardito, M. Giuliani, D. Perrone, G. Troiano, L. L. Muzio, H. Lodish, A. Berk, S. L. Zipursky, P. Matsudaira, D. Baltimore, J. Darnell, N. Ammeux, B. E. Housden, A. Georgiadis, Y. Hu, N. Perrimon, J. E. Dumont, S. Dremier, I. Pirson, C. Maenhaut, T. Vu, F. X. Claret, H. S. Camp, O. Li, S. C. Wise, Y. H. Hong, C. L. Frankowski, R. Vanbogelen, T. Leff, K. Kores, J. Konc, U. Bren, M.-A. Trapotsi, L. H. Mervin, A. M. Afzal, N. Sturm, O. Engkvist, I. P. Barrett, B. Baillif, J. Wichard, O. MĂ©ndez-Lucio, D. RouquiĂ©, J. Inglese, D. S. Auld, B. A. Wetmore, J. F. Wambaugh, S. S. Ferguson, M. A. Sochaski, D. M. Rotroff, K. Freeman, H. J. Clewell III, D. J. Dix, M. E. Andersen, K. A. Houck, B. Allen, R. S. Judson, R. Singh, R. J. Kavlock, A. M. Richard, R. S. Thomas, M. Schenone, V. Dančík, B. K. Wagner, P. A. Clemons, A. Subramanian, R. Narayan, S. M. Corsello, D. D. Peck, T. E. Natoli, X. Lu, J. Gould, J. F. Davis, A. A. Tubelli, J. K. Asiedu, D. L. Lahr, J. E. Hirschman, Z. Liu, M. Donahue, B. Julian, M. Khan, D. Wadden, I. C. Smith, D. Lam, A. Liberzon, C. Toder, M. Bagul, M. Orzechowski, O. M. Enache, F. Piccioni, S. A. Johnson, N. J. Lyons, A. H. Berger, A. F. Shamji, A. N. Brooks, A. Vrcic, C. Flynn, J. Rosains, D. Y. Takeda, R. Hu, D. Davison, J. Lamb, K. Ardlie, L. Hogstrom, P. Greenside, N. S. Gray, S. Silver, X. Wu, W.-N. Zhao, W. Read-Button, S. J. Haggarty, L. V. Ronco, J. S. Boehm, S. L. Schreiber, J. G. Doench, J. A. Bittker, D. E. Root, B. Wong, T. R. Golub, J. M. Raser, E. K. O’Shea, A. A. Kalaitzis, N. D. Lawrence, D. P. Nusinow, J. Szpyt, M. Ghandi, C. M. Rose, E. R. McDonald, M. Kalocsay, J. JanĂ©-Valbuena, E. Gelfand, D. K. Schweppe, M. Jedrychowski, J. Golji, D. A. Porter, T. Rejtar, Y. K. Wang, G. V. Kryukov, F. Stegmeier, B. K. Erickson, L. A. Garraway, W. R. Sellers, S. P. Gygi, M.-A. Bray, S. Singh, H. Han, C. T. Davis, B. Borgeson, C. Hartland, M. Kost-Alimova, S. M. Gustafsdottir, C. C. Gibson, A. E. Carpenter, A. X. Lu, O. Z. Kraus, S. Cooper, A. M. Moses, S. N. Chandrasekaran, H. Ceulemans, J. D. Boyd, M. J. Cox, S. Jaensch, J. Van de Waeter, L. Cougnaud, D. Seynaeve, S. Benalla, S. J. Koo, I. Van Den Wyngaert, J.-M. Neefs, D. Malkov, M. Bittremieux, M. Steemans, P. J. Peeters, J. K. Wegner, E. Gustin, Y. T. Chong, H. W. H. Göhlmann, I. Nassiri, M. N. McCall, P. D. Piehowski, V. A. Petyuk, D. J. Orton, F. Xie, M. Ramirez-Restrepo, A. Engel, A. P. Lieberman, R. L. Albin, D. G. Camp, R. D. Smith, A. J. Myers, M. Medo, D. M. Aebersold, M. MedovĂĄ, C. H. Johnson, F. J. Gonzalez, T. Ramirez, M. Daneshian, H. Kamp, F. Y. Bois, M. R. Clench, M. Coen, B. Donley, S. M. Fischer, D. R. Ekman, E. Fabian, C. Guillou, J. Heuer, H. T. Hogberg, H. Jungnickel, H. C. Keun, G. Krennrich, E. Krupp, A. Luch, F. Noor, E. Peter, B. Riefke, M. Seymour, N. Skinner, L. Smirnova, E. Verheij, S. Wagner, T. Hartung, B. van Ravenzwaay, M. Leist, A. M. D. Livera, M. Sysi-Aho, L. Jacob, J. A. Gagnon-Bartsch, S. Castillo, J. A. Simpson, T. P. Speed, R. Chaleckis, I. Meister, P. Zhang, C. E. Wheelock, J. G. Abelin, J. Patel, C. M. Feeney, L. Fagbami, A. L. Creech, L. Pino, J. W. Qiao, E. Kuhn, A. Officer, J. Li, S. Abbatiello, R. Sidman, E. Snyder, S. A. Carr, J. D. Jaffe, Y. A. Chen, S. A. Eschrich, L. Litichevskiy, R. Peckner, C. M. Dunning, J. D. Egertson, S. Egri, T. Ko, B. X. MacLean, A. E. Mungenast, M. Papanastasiou, V. Sharma, J. Z. Young, M. J. MacCoss, L.-H. Tsai, R. Lewis, Z. Tanoli, U. Seemab, A. Scherer, K. Wennerberg, J. Tang, M. VĂ€hĂ€-Koskela, A. Gaulton, L. J. Bellis, A. P. Bento, J. Chambers, M. Davies, A. Hersey, Y. Light, S. McGlinchey, D. Michalovich, B. Al-Lazikani, J. P. Overington, S. Kim, J. Chen, T. Cheng, A. Gindulyte, J. He, S. He, B. A. Shoemaker, P. A. Thiessen, B. Yu, L. Zaslavsky, J. Zhang, E. E. Bolton, I. A. Smit, C. H. G. Allen, F. Svensson, T. Hanser, J. Bajorath, J. Sun, N. Jeliazkova, V. Chupakhin, J.-F. Golib-Dzib, L. Carlsson, J. Wegner, I. Georgiev, V. Jeliazkov, N. Kochev, T. J. Ashby, H. Chen, T. Kalliokoski, C. Kramer, A. Vulpetti, P. Gedeck, A. Lin, D. Horvath, V. Afonina, G. Marcou, J.-L. Reymond, A. Varnek, C. Ye, D. J. Ho, M. Neri, C. Yang, T. Kulkarni, R. Randhawa, M. Henault, N. Mostacci, P. Farmer, S. Renner, R. Ihry, L. Mansur, C. G. Keller, G. McAllister, M. Hild, J. Jenkins, A. Kaykas, P. R. Bushel, R. S. Paules, S. S. Auerbach, H. K. Yalamanchili, Y.-W. Wan, G. X. Y. Zheng, J. M. Terry, P. Belgrader, P. Ryvkin, Z. W. Bent, R. Wilson, S. B. Ziraldo, T. D. Wheeler, G. P. McDermott, J. Zhu, M. T. Gregory, J. Shuga, L. Montesclaros, J. G. Underwood, D. A. Masquelier, S. Y. Nishimura, M. Schnall-Levin, P. W. Wyatt, C. M. Hindson, R. Bharadwaj, A. Wong, K. D. Ness, L. W. Beppu, H. J. Deeg, C. McFarland, K. R. Loeb, W. J. Valente, N. G. Ericson, E. A. Stevens, J. P. Radich, T. S. Mikkelsen, B. J. Hindson, J. H. Bielas, N. J. Schurch, P. Schofield, M. GierliƄski, C. Cole, A. Sherstnev, V. Singh, N. Wrobel, K. Gharbi, G. G. Simpson, T. Owen-Hughes, M. Blaxter, G. J. Barton, A. Koussounadis, S. P. Langdon, I. H. Um, D. J. Harrison, V. A. Smith, X. Xie, E. D. Crawford, D. Peck, J. W. Modell, I. C. Blat, M. J. Wrobel, J. Lerner, J.-P. Brunet, K. N. Ross, M. Reich, H. Hieronymus, G. Wei, S. A. Armstrong, R. Wei, E. S. Lander, R. Edgar, M. Domrachev, A. E. Lash, H. Parkinson, M. Kapushesky, M. Shojatalab, N. Abeygunawardena, R. Coulson, A. Farne, E. Holloway, N. Kolesnykov, P. Lilja, M. Lukk, R. Mani, T. Rayner, A. Sharma, E. William, U. Sarkans, A. Brazma, D. L. Svoboda, T. Saddler, Y. Igarashi, N. Nakatsu, T. Yamashita, A. Ono, Y. Ohno, T. Urushidani, H. Yamada, N. Lim, P. Pavlidis, A. Musa, L. S. Ghoraie, S.-D. Zhang, G. Galzko, O. Yli-Harja, M. Dehmer, B. Haibe-Kains, F. Emmert-Streib, M. Bickle, S. Seal, H. Yang, L. Vollmers, T. R. Jones, M. R. Lamprecht, C. Clarke, I. H. Kang, O. Friman, D. A. Guertin, J. H. Chang, R. A. Lindquist, J. Moffat, P. Golland, D. M. Sabatini, M. Held, M. H. A. Schmitz, B. Fischer, T. Walter, B. Neumann, M. H. Olma, M. Peter, J. Ellenberg, D. W. Gerlich, S. Rajaram, B. Pavie, L. F. Wu, S. J. Altschuler, J. Ollion, J. Cochennec, F. Loll, C. EscudĂ©, T. Boudier, T. Wollmann, M. Gunkel, I. Chung, H. Erfle, K. Rippe, K. Rohr, J. C. Caicedo, A. Goodman, K. W. Karhohs, B. A. Cimini, J. Ackerman, M. Haghighi, C. Heng, T. Becker, M. Doan, C. McQuin, M. Rohban, V. Chernyshev, L. Kamentsky, L. Ding, S. M. Rafelski, D. Thirstrup, W. Wiegraebe, F. Heigwer, S. Warchal, P. Qiu, C. Molnar, A. S. Vasilevich, J. D. Barry, H. S. Bansal, O. Kraus, M. Wawer, L. Paavolainen, M. D. Herrmann, J. Hung, H. Hennig, J. Concannon, I. Smith, P. Rees, P. Horvath, R. G. Linington, V. Ljosa, K. L. Sokolnicki, E. Williams, J. Moore, S. W. Li, G. Rustici, A. Tarkowska, A. Chessel, S. Leo, B. Antal, R. K. Ferguson, R. E. C. Salas, J. R. Swedlow, M. H. Rohban, N. E. Bodycombe, T. P. Hasaka, C. S. Hon, M. M. Kemp, K. Li, D. Walpita, M. J. Wawer, A. Mullard, A. A. Saei, C. M. Beusch, A. Chernobrovkin, P. Sabatier, B. Zhang, Ü. G. Tokat, E. Stergiou, M. Gaetani, Á. VĂ©gvĂĄri, R. A. Zubarev, M. Zapalska-Sozoniuk, L. Chrobak, K. Kowalczyk, M. Kankofer, H. Gullberg, K. Johansson, B. Lundgren, P. I. Arvidsson, E. S. J. ArnĂ©r, Y. Perez-Riverol, A. Csordas, J. Bai, M. Bernal-Llinares, S. Hewapathirana, D. J. Kundu, A. Inuganti, J. Griss, G. Mayer, M. Eisenacher, E. PĂ©rez, J. Uszkoreit, J. Pfeuffer, T. Sachsenberg, ƞ. Yılmaz, S. Tiwary, J. Cox, E. Audain, M. Walzer, A. F. Jarnuczak, T. Ternent, J. A. VizcaĂ­no, P. Samaras, T. Schmidt, M. Frejno, S. Gessulat, M. Reinecke, A. Jarzab, J. Zecha, J. Mergner, P. Giansanti, H.-C. Ehrlich, S. Aiche, J. Rank, H. Kienegger, H. Krcmar, B. Kuster, M. Wilhelm, B. Aslam, M. Basit, M. A. Nisar, M. Khurshid, M. H. Rasool, Y. Lao, X. Wang, N. Xu, H. Zhang, H. Xu, K. Hollywood, D. R. Brison, R. Goodacre, L. Zhang, C. Ma, H. Chao, Y. Long, Z. Li, X. Ge, H. Xia, Y. Yin, J. Batley, M. Li, R. Cavill, D. Jennen, J. Kleinjans, J. J. BriedĂ©, W. Lu, X. Su, M. S. Klein, I. A. Lewis, O. Fiehn, J. D. Rabinowitz, M. Wright Muelas, I. Roberts, F. Mughal, S. O’Hagan, P. J. Day, D. B. Kell, Y. Lin, G. W. Caldwell, W. Lang, J. Masucci, K. Peters, J. Bradbury, S. Bergmann, M. Capuccini, M. Cascante, P. de Atauri, T. M. D. Ebbels, C. Foguet, R. Glen, A. Gonzalez-Beltran, U. L. GĂŒnther, E. Handakas, T. Hankemeier, K. Haug, S. Herman, P. Holub, M. Izzo, D. Jacob, D. Johnson, F. Jourdan, N. Kale, I. Karaman, B. Khalili, P. Emami Khonsari, K. Kultima, S. Lampa, A. Larsson, C. Ludwig, P. Moreno, S. Neumann, J. A. Novella, C. O’Donovan, J. T. M. Pearce, A. Peluso, M. E. Piras, L. Pireddu, M. A. C. Reed, P. Rocca-Serra, P. Roger, A. Rosato, R. Rueedi, C. Ruttkies, N. Sadawi, R. M. Salek, S.-A. Sansone, V. Selivanov, O. Spjuth, D. Schober, E. A. ThĂ©venot, M. Tomasoni, M. van Rijswijk, M. van Vliet, M. R. Viant, R. J. M. Weber, G. Zanetti, C. Steinbeck, J. Xia, N. Psychogios, N. Young, D. S. Wishart, K. Cochrane, V. C. Nainala, M. Williams, J. Chang, K. V. Jayaseelan, A. I. Campos, M. Zampieri, T. Fuhrer, D. C. SĂ©vin, U. Sauer, N. Zamboni, N. J. Shah, S. Sureshkumar, D. G. Shewade, P. V. Hornbeck, J. M. Kornhauser, S. Tkachev, E. Skrzypek, B. Murray, V. Latham, M. Sullivan, T. Y. Low, M. A. Mohtar, P. Y. Lee, N. Omar, H. Zhou, M. Ye, M. K. Morris, A. Chi, I. N. Melas, L. G. Alexopoulos, M. L. Guerriero, A. Corrigan, A. Bornot, M. Firth, P. O’Shea, D. Ross-Thriepland, S. Peel, A. Agrotis, R. Ketteler, M. Jost, J. S. Weissman, E. Goncalves, C. Fellmann, B. G. Gowen, P.-C. Lin, J. A. Doudna, J. E. Corn, S. M. B. Nijman, A. E. Enayetallah, D. Ziemek, M. T. Leininger, J. Yang, T. B. Manion, D. E. Mather, W. J. Zavadoski, M. Kuhn, J. L. Treadway, S. A. G. des Etages, E. M. Gibbs, N. Greene, C. M. Steppan, R. Kumar, S. J. Blakemore, C. E. Ellis, E. F. Petricoin, D. Pratt, M. Macoritto, A. L. Matthews, J. J. Loureiro, K. Elliston, R. T. Pillich, V. Rynkov, D. Welker, S. Orchard, S. Kerrien, S. Abbani, B. Aranda, J. Bhate, S. Bidwell, A. Bridge, L. Briganti, F. S. L. Brinkman, G. Cesareni, A. Chatr-aryamontri, E. Chautard, C. Chen, M. Dumousseau, J. Goll, R. E. W. Hancock, L. I. Hannick, I. Jurisica, J. Khadake, D. J. Lynn, U. Mahadevan, L. Perfetto, A. Raghunath, S. Ricard-Blum, B. Roechert, L. Salwinski, V. StĂŒmpflen, M. Tyers, P. Uetz, I. Xenarios, H. Hermjakob, M. D. Wilkinson, M. Dumontier, I. J. J. Aalbersberg, G. Appleton, M. Axton, A. Baak, N. Blomberg, J.-W. Boiten, L. B. da Silva Santos, P. E. Bourne, J. Bouwman, A. J. Brookes, T. Clark, M. Crosas, I. Dillo, O. Dumon, S. Edmunds, C. T. Evelo, R. Finkers, A. J. G. Gray, P. Groth, C. Goble, J. S. Grethe, J. Heringa, P. A. C.’t Hoen, R. Hooft, T. Kuhn, R. Kok, J. Kok, S. J. Lusher, M. E. Martone, A. Mons, A. L. Packer, B. Persson, M. Roos, R. van Schaik, E. Schultes, T. Sengstag, T. Slater, G. Strawn, M. A. Swertz, M. Thompson, J. van der Lei, E. van Mulligen, J. Velterop, A. Waagmeester, P. Wittenburg, K. Wolstencroft, J. Zhao, B. Mons, C. von Mering, L. J. Jensen, B. Snel, S. D. Hooper, M. Krupp, M. Foglierini, N. Jouffre, M. A. Huynen, P. Bork, L. Garcia-Alonso, M. M. Ibrahim, D. Turei, J. Saez-Rodriguez, H. Huang, B. M. Jedynak, J. S. Bader, X. Zhu, M. Gerstein, M. Snyder, K. Luck, D.-K. Kim, L. Lambourne, K. Spirohn, B. E. Begg, W. Bian, R. Brignall, T. Cafarelli, F. J. Campos-Laborie, B. Charloteaux, D. Choi, A. G. CotĂ©, M. Daley, S. Deimling, A. Desbuleux, A. Dricot, M. Gebbia, M. F. Hardy, N. Kishore, J. J. Knapp, I. A. KovĂĄcs, I. Lemmens, M. W. Mee, J. C. Mellor, C. Pollis, C. Pons, A. D. Richardson, S. Schlabach, B. Teeking, A. Yadav, M. Babor, D. Balcha, O. Basha, C. Bowman-Colin, S.-F. Chin, S. G. Choi, C. Colabella, G. Coppin, C. D’Amata, D. De Ridder, S. De Rouck, M. Duran-Frigola, H. Ennajdaoui, F. Goebels, L. Goehring, A. Gopal, G. Haddad, E. Hatchi, M. Helmy, Y. Jacob, Y. Kassa, S. Landini, R. Li, N. van Lieshout, A. MacWilliams, D. Markey, J. N. Paulson, S. Rangarajan, J. Rasla, A. Rayhan, T. Rolland, A. San-Miguel, Y. Shen, D. Sheykhkarimli, G. M. Sheynkman, E. Simonovsky, M. Taßan, A. Tejeda, V. Tropepe, J.-C. Twizere, Y. Wang, R. J. Weatheritt, J. Weile, Y. Xia, X. Yang, E. Yeger-Lotem, Q. Zhong, P. Aloy, G. D. Bader, J. De Las Rivas, S. Gaudet, T. Hao, J. Rak, J. Tavernier, D. E. Hill, M. Vidal, F. P. Roth, M. A. Calderwood, S. Bazzani, K. Sriyudthsak, F. Shiraishi, M. Y. Hirai, E. Alm, A. P. Arkin, J. Ma, A. Shojaie, G. Michailidis, S. Chowdhury, R. R. Sarkar, G. Vert, J. Chory, W. A. Haynes, A. Tomczak, P. Khatri, T. Charitou, K. Bryan, A. BrĂŒckner, C. Polge, N. Lentze, D. Auerbach, U. Schlattner, B. Tian, C. Zhao, F. Gu, Z. He, R. Krause, M. Cornell, S. G. Oliver, S. Fields, D. Voet, J. G. Voet, A. R. Neves, A. Ramos, M. C. Nunes, M. Kleerebezem, J. Hugenholtz, W. M. de Vos, J. Almeida, H. Santos, S. A. Lambert, A. Jolma, L. F. Campitelli, P. K. Das, M. Albu, X. Chen, J. Taipale, T. R. Hughes, M. T. Weirauch, P. J. Park, A. Blais, B. D. Dynlacht, M. Haque, R. Sarmah, D. K. Bhattacharyya, P. J. Thul, C. Lindskog, R. Barshir, M. Sharon, E. Lerman, B. F. Kirson, I. Hekselman, J. K. Huang, D. E. Carlin, M. K. Yu, W. Zhang, J. F. Kreisberg, P. Tamayo, T. Ideker, D. Yu, M. Kim, G. Xiao, T. H. Hwang, C. H. Wu, N. C. Duarte, S. A. Becker, N. Jamshidi, I. Thiele, M. L. Mo, T. D. Vo, R. Srivas, B. Ø. Palsson, D. TĂŒrei, T. KorcsmĂĄros, R. Oughtred, J. Rust, C. Chang, B. Breitkreutz, C. Stark, A. Willems, L. Boucher, G. Leung, N. Kolas, F. Zhang, S. Dolma, J. Coulombe-Huntington, K. Dolinski, E. L. Huttlin, L. Ting, R. J. Bruckner, F. Gebreab, M. P. Gygi, S. Tam, G. Zarraga, G. Colby, K. Baltier, R. Dong, V. Guarani, L. P. Vaites, A. Ordureau, R. Rad, M. WĂŒhr, J. Chick, B. Zhai, D. Kolippakkam, J. Mintseris, R. A. Obar, T. Harris, S. Artavanis-Tsakonas, M. E. Sowa, P. DeCamilli, J. A. Paulo, J. W. Harper, R. Goel, H. C. Harsha, A. Pandey, T. S. K. Prasad, C. S. Greene, A. Krishnan, A. K. Wong, E. Ricciotti, R. A. Zelaya, D. S. Himmelstein, R. Zhang, B. M. Hartmann, E. Zaslavsky, S. C. Sealfon, D. I. Chasman, G. A. FitzGerald, T. Grosser, O. G. Troyanskaya, J. J. O’Shea, D. M. Schwartz, A. V. Villarino, M. Gadina, I. B. McInnes, A. Laurence, S. A. Sam, J. Teel, A. N. Tegge, A. Bharadwaj, T. M. Murali, A. Fabregat, S. Jupe, L. Matthews, K. Sidiropoulos, M. Gillespie, P. Garapati, R. Haw, B. Jassal, F. Korninger, B. May, M. Milacic, C. D. Roca, K. Rothfels, C. Sevilla, V. Shamovsky, S. Shorser, T. Varusai, G. Viteri, J. Weiser, G. Wu, L. Stein, P. D’Eustachio, D. N. Slenter, M. Kutmon, K. Hanspers, A. Riutta, J. Windsor, N. Nunes, J. MĂ©lius, E. Cirillo, S. L. Coort, D. Digles, F. Ehrhart, P. Giesbertz, M. Kalafati, M. Martens, R. Miller, K. Nishida, L. Rieswijk, L. M. T. Eijssen, A. R. Pico, E. L. Willighagen, M. Kanehisa, S. Goto, M. Trupp, T. Altman, C. A. Fulcher, R. Caspi, M. Krummenacker, S. Paley, P. D. Karp, E. G. Cerami, B. E. Gross, E. Demir, I. Rodchenkov, Ö. Babur, N. Anwar, N. Schultz, C. Sander, L. Y. Geer, A. Marchler-Bauer, R. C. Geer, L. Han, C. Liu, W. Shi, S. H. Bryant, S. G. Jantzen, B. J. Sutherland, D. R. Minkley, B. F. Koop, F. Supek, M. BoĆĄnjak, N. Ć kunca, T. Ć muc, D. V. Klopfenstein, B. S. Pedersen, F. RamĂ­rez, A. Warwick Vesztrocy, A. Naldi, C. J. Mungall, J. M. Yunes, O. Botvinnik, M. Weigel, W. Dampier, C. Dessimoz, P. Flick, H. Tang, D. Domingo-FernĂĄndez, S. Mubeen, J. MarĂ­n-LlaĂł, C. T. Hoyt, M. Hofmann-Apitius, A. B. Keenan, M. L. Wojciechowicz, Z. Wang, K. M. Jagodnik, S. L. Jenkins, A. Lachmann, A. Ma’ayan, X. P. Peng, C. Clement, A. Rodina, M. Nieto, J. Du, K. Stegmaier, S. M. Raj, K. N. Maloney, J. Clardy, W. C. Hahn, G. Chiosis, I. Barrett, P. Shannon, T. Sandmann, S. K. Kummerfeld, R. Gentleman, R. Bourgon, M. A. GarcĂ­a-Campos, J. Espinal-EnrĂ­quez, E. HernĂĄndez-Lemus, A. Yuryev, S. Ekins, R. Mathur, D. Rotroff, A. Motsinger-Reif, M. Sirota, A. J. Butte, B. Debrabant, M. E. Ritchie, B. Phipson, D. Wu, C. W. Law, G. K. Smyth, E. Lim, F. Vaillant, M.-L. Asselin-Labat, J. E. Visvader, P. D. Thomas, M. J. Campbell, A. Kejariwal, H. Mi, B. Karlak, R. Daverman, K. Diemer, A. Muruganujan, A. Narechania, E. Y. Chen, C. M. Tan, Y. Kou, Q. Duan, G. V. Meirelles, N. R. Clark, G. Dennis, B. T. Sherman, D. A. Hosack, W. Gao, H. C. Lane, R. A. Lempicki, A. Markiel, O. Ozier, N. S. Baliga, J. T. Wang, D. Ramage, N. Amin, B. Schwikowski, G. Bindea, B. Mlecnik, H. Hackl, P. Charoentong, M. Tosolini, A. Kirilovsky, W.-H. Fridman, F. PagĂšs, Z. Trajanoski, J. Galon, G. Yu, Q.-Y. He, L.-G. Wang, Y. Han, I. Ihnatova, E. Budinska, F. Li, Y. Qin, X. Bo, Y. Wu, S. Wang, G. Bradley, S. J. Barrett, N. L. Catlett, A. J. Bargnesi, S. Ungerer, T. Seagaran, W. Ladd, K. O. Elliston, S. Jaeger, J. Min, F. Nigsch, M. Camargo, J. Hutz, A. Cornett, S. Cleaver, A. Buckler, J. L. Jenkins, J. H. Woo, Y. Shimoni, W. S. Yang, P. Subramaniam, A. Iyer, P. Nicoletti, M. RodrĂ­guez MartĂ­nez, G. LĂłpez, M. Mattioli, R. Realubit, C. Karan, B. R. Stockwell, M. Bansal, A. Califano, H. Noh, J. E. Shoemaker, R. Gunawan, A. Liu, P. Trairatphisan, E. Gjerga, A. Didangelos, J. Barratt, A. Dugourd, C. Kuppe, M. Sciacovelli, K. B. Emdal, D. B. Bekker-Jensen, J. Kranz, E. M. J. Bindels, A. S. H. Costa, J. V. Olsen, C. Frezza, R. Kramann, A. Dubovenko, Y. Nikolsky, E. Rakhmatulin, T. Nikolskaya, A. KrĂ€mer, J. Green, J. Pollard, S. Tugendreich, C. Wiwie, J. Baumbach, R. Röttger, M. R. Karim, O. Beyan, A. Zappa, I. G. Costa, D. Rebholz-Schuhmann, M. Cochez, S. Decker, D. Xu, Y. Tian, F. Pedregosa, G. Varoquaux, A. Gramfort, V. Michel, B. Thirion, O. Grisel, M. Blondel, P. Prettenhofer, R. Weiss, V. Dubourg, J. Vanderplas, A. Passos, D. Cournapeau, M. MĂ€chler, P. Rousseeuw, A. Struyf, M. Hubert, K. Hornik, A. Kassambara, F. Mundt, R. Argelaguet, B. Velten, D. Arnol, S. Dietrich, T. Zenz, J. C. Marioni, F. Buettner, W. Huber, O. Stegle, A. Klami, S. Virtanen, E. LeppĂ€aho, S. Kaski, S. A. Khan, O. P. Kallioniemi, A. Poso, T. Chen, S. Tyagi, D. Bredikhin, Y. Deloro, E. Leppaaho, M. Ammad-ud-din, I. Subramanian, S. Verma, S. Kumar, A. Jere, K. Anamika, R. Chen, X. Liu, S. Jin, J. Lin, J. Liu, J. Vamathevan, D. Clark, P. Czodrowski, I. Dunham, E. Ferran, G. Lee, B. Li, A. Madabhushi, P. Shah, M. Spitzer, S. Zhao, J. Scheiber, M. Glick, J. W. Davies, K. Azzaoui, J. Hamon, L. Urban, S. Whitebread, D. Rogers, M. Hahn, Y. C. Martin, J. L. Kofron, L. M. Traphagen, S. Gao, D. Luo, G. Liu, Z. Xiao, G. Shan, Y. Zhang, W. Zhou, C. Scheeder, M. Boutros, R. P. Sheridan, L. M. Kauvar, D. L. Higgins, H. O. Villar, J. R. Sportsman, A. Engqvist-Goldstein, R. Bukar, K. E. Bauer, H. Dilley, D. M. Rocke, C. Yuan, T. V. Aa, I. Chakroun, J. Simm, A. Arany, Y. Moreau, T. L. Van, J. F. G. Dzib, R. Wuyts, W. Verachtert, M. Wen, Z. Zhang, S. Niu, H. Sha, R. Yang, Y. Yun, H. Lu, A. A. M. Al-Saffar, H. Tao, M. A. Talab, A. Mayr, G. Klambauer, T. Unterthiner, M. Steijaert, D.-A. Clevert, S. Hochreiter, M. C. Robinson, A. A. Lee, I. CortĂ©s-Ciriano, Y. Zhu, T. Brettin, F. Xia, A. Partin, M. Shukla, H. Yoo, Y. A. Evrard, J. H. Doroshow, R. L. Stevens, M. Hofmarcher, E. Rumetshofer, N. Aniceto, A. A. Freitas, T. Ghafourian, N. Bosc, F. Atkinson, E. Felix, A. R. Leach, Y. Saeys, I. Inza, P. Larrañaga, R. Caruana, S. Lawrence, C. L. Giles, Y. E. Wang, G.-Y. Wei, D. Brooks, C. Rudin, M. Walter, P. Wright, A. Bartosik, D. Dolciami, A. Elbasir, N. Fortelny, C. Bock, M. Abadi, P. Barham, Z. Chen, A. Davis, J. Dean, M. Devin, S. Ghemawat, G. Irving, M. Isard, M. Kudlur, J. Levenberg, R. Monga, S. Moore, D. G. Murray, B. Steiner, P. Tucker, V. Vasudevan, P. Warden, M. Wicke, Y. Yu, X. Zheng, A. Paszke, S. Gross, F. Massa, A. Lerer, G. Chanan, T. Killeen, Z. Lin, N. Gimelshein, L. Antiga, A. Desmaison, A. Köpf, E. Yang, Z. DeVito, M. Raison, A. Tejani, S. Chilamkurthy, L. Fang, S. Chintala, P. Zakeri, T. Haber, K. C. Bulusu, L. Kalash, M. A. Firth, Z. Ji, J. Su, H. Wang, D. Huang, X. Zhou, O. Weinreb, T. Amit, M. B. H. Youdim, N. L. Patel-Murray, M. Adam, N. Huynh, B. T. Wassie, P. Milani, E. Fraenkel, J. Vialard, P. Buijnsters, I. Velter, A. Vapirev, M. F. Cuccarese, B. A. Earnshaw, K. Heiser, B. Fogelson, P. F. McLean, H. B. Gordon, K.-R. Skelly, F. L. Weathersby, V. Rodic, I. K. Quigley, E. D. Pastuzyn, B. M. Mendivil, N. H. Lazar, C. A. Brooks, J. Carpenter, B. L. Probst, P. Jacobson, S. W. Glazier, J. Ford, J. D. Jensen, N. D. Campbell, M. A. Statnick, A. S. Low, K. R. Thomas, S. S. Hegde, R. W. Alfa, M. L. Victors, I. S. Haque, M. Kibble, N. Saarinen, F. Iorio, S. MĂ€kelĂ€, T. Aittokallio, M. Iwata, R. Sawada, H. Iwata, M. Kotera, Y. Yamanishi, E. Dazert, M. Colombi, T. Boldanova, S. Moes, D. Adametz, L. Quagliata, V. Roth, L. Terracciano, M. H. Heim, P. Jenoe, M. N. Hall, D. Carrella, F. Napolitano, R. Rispoli, M. Miglietta, A. Carissimo, L. Cutillo, F. Sirci, F. Gregoretti, D. Di Bernardo, A. Conesa, S. Beck Show less
The elucidation of a compound's Mechanism of Action (MoA) is a challenging task in the drug discovery process, but it is important in order to rationalise phenotypic findings and to anticipate potenti Show more
The elucidation of a compound's Mechanism of Action (MoA) is a challenging task in the drug discovery process, but it is important in order to rationalise phenotypic findings and to anticipate potential side-effects. Bioinformatic approaches, advances in machine learning techniques and the increasing deposition of high-throughput data in public databases have significantly contributed to recent advances in the field, but it is not straightforward to decide which data and methods are most suitable to use in a given case. In this review, we focus on these methods and data and their applications in generating MoA hypotheses for subsequent experimental validation. We discuss compound-specific data such as -omics, cell morphology and bioactivity data, as well as commonly used supplementary prior knowledge such as network and pathway data, and provide information on databases where this data can be accessed. In terms of methodologies, we discuss both well-established methods (connectivity mapping, pathway enrichment) as well as more developing methods (neural networks and multi-omics integration). Finally, we review case studies where the MoA of a compound was successfully suggested from computational analysis by incorporating multiple data modalities and/or methodologies. Our aim for this review is to provide researchers with insights into the benefits and drawbacks of both the data and methods in terms of level of understanding, biases and interpretation – and to highlight future avenues of investigation which we foresee will improve the field of MoA elucidation, including greater public access to -omics data and methodologies which are capable of data integration. Show less
📄 PDF DOI: 10.1039/d1cb00069a
ML review
B Chapman, L Van Camp, JE Trosko +375 more · 2011 · Metal ions in life sciences · Royal Society of Chemistry · added 2026-04-20
B Chapman, L Van Camp, JE Trosko, VH Mansour, Y Jung, SJ Lippard, J Reedijk, ER Jamieson, GA Natile, LG Marzilli, M Akoboshi, K Kawai, H Maki, K Akuta, Y Ujeno, T Miyahara, JM Pascoe, JJ Roberts, J Rosenberg, P Sato, JM Rosenberg, PH Sato, KA Heminger, SD Hartson, J Rogers, RL Matts, TD Schmittgen, J-F Ju, KD Danenberg, PV Danenberg, LC Shea, T Horikoshi, P Papsai, T Persson, J Aldag, SKC Elmroth, AS Snygg, AA Hostetter, EG Chapman, VJ DeRose, JS Mattick, B Lippert, S Burns, N-K Kim, M Vogt, E Freisinger, RKO Sigel, PB Moore, AM Pyle, RH Crabtree, S Ahmad, AA Isab, S Ali, E Wong, CM Giandomenico, M Akaboshi, K Ono, D Esteban-FernĂĄndez, JM Verdaguer, R RamĂ­rez-Camacho, MA Palacios, MM GĂłmez-GĂłmez, P Kabolizadeh, J Ryan, N Farrell, I-S Song, N Savaraj, ZH Siddik, P Liu, Y Wei, CJ Wu, MT Kuo, J Zhang, X Zhao, J Goodman, D Hagrman, KA Tacka, A-K Souid, E Gabano, D Colangelo, AR Ghezzi, D Osella, N Kitada, K Takara, T Minegaki, C Itoh, M Tsujimoto, T Sakaeda, T Yokoyama, L Martelli, F Di Mario, E Ragazzi, P Apostoli, R Leone, P Perego, G Fumagalli, M Gemba, E Nakatani, M Teramoto, S Nakano, Z Yang, LM Schumaker, MJ Egorin, EG Zuhowski, Z Guo, KJ Cullen, AJ Giurgiovich, BA Diwan, OA Olivero, LM Anderson, JM Rice, MC Poirier, C Semino, A Kassim, DM Lopez-Larraza, E Lindauer, E Holler, G Samimi, K Katano, AK Holzer, R Safaei, SB Howell, M Rochdi, M Tomioka, M Goodman, AV Klein, TW Hambley, GL Beretta, SC Righetti, L Lombardi, F Zunino, MUA Khan, PJ Sadler, Y Kiyozuka, K Takemoto, A Yamamoto, P Guttmann, A Tsubura, H Kihara, C Meijer, MJA van Luyn, EF Nienhuis, N Blom, NH Mulder, EGE de Vries, R Ortega, P Moretto, A Fajac, J BĂ©nard, Y Llabador, M Simonoff, MD Hall, CT Dillon, M Zhang, P Beale, Z Cai, B Lai, APJ Stampfl, RA Alderden, PJ Beale, JP Berry, P Galle, A Viron, H KacerovskĂĄ, A Macieira-Coelho, RG Kirk, ME Gates, C-S Chang, P Lee, T Makita, S Itagaki, T Ohokawa, P Brille, AF LeRoy, Y Gouveia, P Ribaud, G MathĂ©, C Molenaar, J-M Teuben, RJ Heetebrij, HJ Tanke, GV Kalayda, G Zhang, T Abraham, A Holzer, BJ Larson, W Naerdemann, X-J Liang, D-W Shen, KG Chen, SM Wincovitch, SH Garfield, MM Gottesman, D Fink, S Nebel, S Aebi, H Zheng, B Cenm, A Nehm, R Christen, RL Hoffmann, N Carenini, F Giuliani, S Spinelli, GH Manorek, O Rixe, W Ortuzar, M Alvarez, R Parker, E Reed, K Paull, T Fojo, HC Harder, B Rosenberg, P Jordan, M Carmo-Fonseca, S Tornaletti, SM Patrick, JJ Turchi, PC Hanawalt, WH Ang, M Myint, GE Damsma, A Alt, F Brueckner, T Carell, P Cramer, K Rijal, CS Chow, D Draper, M HĂ€gerlöf, V Monjardet-Bas, MA Elizondo-Riojas, JC Chottard, J Kozelka, M Brindell, G Stochel, T Cheatham, P Kollman, K Chin, KA Sharp, B Honig, P Acharya, S Acharya, P Cheruku, NV Amirkhanov, A Foldesi, J Chattopadhyaya, P Legault, A Pardi, D Rhodes, PW Piper, BFC Clark, JR Rubin, M Sabat, M Sundaralingam, JC Dewan, YT Yu, PA Maroney, E Darzynkiewicz, TW Nilsen, P Fabrizio, J Abelson, SA Woodson, R Dalbies, D Payet, M Leng, M Boudvillain, KM Comess, CE Costello, M Escaffre, S Bombard, M Guerin, T Saison-Behmoaras, B Alguero, JL de la Osa, C Gonzalez, E Pedroso, V Marchan, A Grandas, K Aupeix-Scheidler, S Chabas, L Bidou, JP Rousset, JJ Toulme, M Hagerlof, H Hedman, HK Hedman, U Jungwirth, V Jenei, A Favre, J-C Chottard, JR Thomas, PJ Hergenrother, J Boer, KF Blount, NW Luedtke, L Elson-Schwab, Y Tor, CN N’soukpoe-Kossi, C Descoteaux, E Asselin, J Bariyanga, HA Tajmir-Riahi, G Berube, JS Saad, G Natile, H Schöllhorn, G Raudaschl-Sieber, G MĂŒller, U Thewalt, J Lippert, F Cannito, N Hadjiliadis, E Sletten, PJ Sanz Miguel, M Roitzsch, L Yin, PM Lax, L Holland, O Krizanovic, M Lutterbeck, M Schurmann, EC Fisch, SE Sherman, D Gibson, AH-J Wang, A Gelasco, GN Parkinson, GM Arvanitis, L Lessinger, SL Ginell, R Jones, B Gaffney, HM Berman, CC Correll, A Munishkin, Y-L Chan, Z Ren, IG Wool, TA Steitz, FM Jucker, HA Heus, PF Yip, EHM Moors, S Gelbel, S Banckenko, M Engell, E Lanka, W Saenger, PS Klosterman, SA Shah, K Hindmarsch, DA House, MM Turnbull, MF Osborn, JA Cowan, DE Draper, D Grilley, AM Soto, M Roychowdhury-Saha, DH Burke, AY Keel, RP Rambo, RT Batey, JS Kieft, E Ennifar, P Walter, P Dumas, DM Calderone, EJ Mantilla, M Hicks, DH Huchital, W Rorer Murphy, RD Sheardy, FR Keene, JA Smith, JG Collins Show less
In this chapter several aspects of Pt(II) are highlighted that focus on the properties of Pt(II)-RNA adducts and the possibility that they influence RNA-based processes in cells. Cellular distribution Show more
In this chapter several aspects of Pt(II) are highlighted that focus on the properties of Pt(II)-RNA adducts and the possibility that they influence RNA-based processes in cells. Cellular distribution of Pt(II) complexes results in significant platination of RNA, and localization studies find Pt(II) in the nucleus, nucleolus, and a distribution of other sites in cells. Treatment with Pt(II) compounds disrupts RNA-based processes including enzymatic processing, splicing, and translation, and this disruption may be indicative of structural changes to RNA or RNA-protein complexes. Several RNA-Pt(II) adducts have been characterized in vitro by biochemical and other methods. Evidence for Pt(II) binding in non-helical regions and for Pt(II) cross-linking of internal loops has been found. Although platinated sites have been identified, there currently exists very little in the way of detailed structural characterization of RNA-Pt(II) adducts. Some insight into the details of Pt(II) coordination to RNA, especially RNA helices, can be gained from DNA model systems. Many RNA structures, however, contain complex tertiary folds and common, purine-rich structural elements that present suitable Pt(II) nucleophiles in unique arrangements which may hold the potential for novel types of platinum-RNA adducts. Future research aimed at structural characterization of platinum-RNA adducts may provide further insights into platinum-nucleic acid binding motifs, and perhaps provide a rationale for the observed inhibition by Pt(II) complexes of splicing, translation, and enzymatic processing. Show less
no PDF DOI: 10.1039/9781849732512-00347
Pt amino-acid coordination-chemistry
Yu Chen, John A. Parkinson, Zijian Guo +2 more · 1999 · Angewandte Chemie International Edition · Wiley · added 2026-04-20
no PDF DOI: 10.1002/%28SICI%291521-3773%2819990712%2938%3A13/14%3C2060%3A%3AAID-ANIE2060%3E3.0.CO%3B2-J
Pt anticancer