đŸ‘€ E Reed

🔍 Search 📋 Browse đŸ·ïž Tags ❀ Favourites ➕ Add 🧬 Extraction
4
Articles
4
Name variants
Also published as: D.E. Reed, M. A. C. Reed, S. Reed
articles
S. Trapotsi, G. Drakakis, A. Koutsoukas +1688 more · 2022 · RSC Chemical Biology · Royal Society of Chemistry · added 2026-04-20
S. Trapotsi, G. Drakakis, A. Koutsoukas, I. Cortes–Ciriano, P. MartĂ­nez–Alonso, T. E. Malliavin, A. Velazquez-Campoy, S. C. Brewerton, M. J. Bodkin, D. A. Evans, R. C. Glen, J. A. Carrodeguas, A. Bender, S. W. Page, J. E. Maddison, M. R. Trusheim, E. R. Berndt, F. L. Douglas, L. Rovin, C. J. Bailey, G. Zhou, R. Myers, Y. Li, Y. Chen, X. Shen, J. Fenyk-Melody, M. Wu, J. Ventre, T. Doebber, N. Fujii, N. Musi, M. F. Hirshman, L. J. Goodyear, D. E. Moller, I. Bezprozvanny, J. Wu, Q. Li, A. C. Lai, C. M. Crews, J. Downward, F. Ardito, M. Giuliani, D. Perrone, G. Troiano, L. L. Muzio, H. Lodish, A. Berk, S. L. Zipursky, P. Matsudaira, D. Baltimore, J. Darnell, N. Ammeux, B. E. Housden, A. Georgiadis, Y. Hu, N. Perrimon, J. E. Dumont, S. Dremier, I. Pirson, C. Maenhaut, T. Vu, F. X. Claret, H. S. Camp, O. Li, S. C. Wise, Y. H. Hong, C. L. Frankowski, R. Vanbogelen, T. Leff, K. Kores, J. Konc, U. Bren, M.-A. Trapotsi, L. H. Mervin, A. M. Afzal, N. Sturm, O. Engkvist, I. P. Barrett, B. Baillif, J. Wichard, O. MĂ©ndez-Lucio, D. RouquiĂ©, J. Inglese, D. S. Auld, B. A. Wetmore, J. F. Wambaugh, S. S. Ferguson, M. A. Sochaski, D. M. Rotroff, K. Freeman, H. J. Clewell III, D. J. Dix, M. E. Andersen, K. A. Houck, B. Allen, R. S. Judson, R. Singh, R. J. Kavlock, A. M. Richard, R. S. Thomas, M. Schenone, V. Dančík, B. K. Wagner, P. A. Clemons, A. Subramanian, R. Narayan, S. M. Corsello, D. D. Peck, T. E. Natoli, X. Lu, J. Gould, J. F. Davis, A. A. Tubelli, J. K. Asiedu, D. L. Lahr, J. E. Hirschman, Z. Liu, M. Donahue, B. Julian, M. Khan, D. Wadden, I. C. Smith, D. Lam, A. Liberzon, C. Toder, M. Bagul, M. Orzechowski, O. M. Enache, F. Piccioni, S. A. Johnson, N. J. Lyons, A. H. Berger, A. F. Shamji, A. N. Brooks, A. Vrcic, C. Flynn, J. Rosains, D. Y. Takeda, R. Hu, D. Davison, J. Lamb, K. Ardlie, L. Hogstrom, P. Greenside, N. S. Gray, S. Silver, X. Wu, W.-N. Zhao, W. Read-Button, S. J. Haggarty, L. V. Ronco, J. S. Boehm, S. L. Schreiber, J. G. Doench, J. A. Bittker, D. E. Root, B. Wong, T. R. Golub, J. M. Raser, E. K. O’Shea, A. A. Kalaitzis, N. D. Lawrence, D. P. Nusinow, J. Szpyt, M. Ghandi, C. M. Rose, E. R. McDonald, M. Kalocsay, J. JanĂ©-Valbuena, E. Gelfand, D. K. Schweppe, M. Jedrychowski, J. Golji, D. A. Porter, T. Rejtar, Y. K. Wang, G. V. Kryukov, F. Stegmeier, B. K. Erickson, L. A. Garraway, W. R. Sellers, S. P. Gygi, M.-A. Bray, S. Singh, H. Han, C. T. Davis, B. Borgeson, C. Hartland, M. Kost-Alimova, S. M. Gustafsdottir, C. C. Gibson, A. E. Carpenter, A. X. Lu, O. Z. Kraus, S. Cooper, A. M. Moses, S. N. Chandrasekaran, H. Ceulemans, J. D. Boyd, M. J. Cox, S. Jaensch, J. Van de Waeter, L. Cougnaud, D. Seynaeve, S. Benalla, S. J. Koo, I. Van Den Wyngaert, J.-M. Neefs, D. Malkov, M. Bittremieux, M. Steemans, P. J. Peeters, J. K. Wegner, E. Gustin, Y. T. Chong, H. W. H. Göhlmann, I. Nassiri, M. N. McCall, P. D. Piehowski, V. A. Petyuk, D. J. Orton, F. Xie, M. Ramirez-Restrepo, A. Engel, A. P. Lieberman, R. L. Albin, D. G. Camp, R. D. Smith, A. J. Myers, M. Medo, D. M. Aebersold, M. MedovĂĄ, C. H. Johnson, F. J. Gonzalez, T. Ramirez, M. Daneshian, H. Kamp, F. Y. Bois, M. R. Clench, M. Coen, B. Donley, S. M. Fischer, D. R. Ekman, E. Fabian, C. Guillou, J. Heuer, H. T. Hogberg, H. Jungnickel, H. C. Keun, G. Krennrich, E. Krupp, A. Luch, F. Noor, E. Peter, B. Riefke, M. Seymour, N. Skinner, L. Smirnova, E. Verheij, S. Wagner, T. Hartung, B. van Ravenzwaay, M. Leist, A. M. D. Livera, M. Sysi-Aho, L. Jacob, J. A. Gagnon-Bartsch, S. Castillo, J. A. Simpson, T. P. Speed, R. Chaleckis, I. Meister, P. Zhang, C. E. Wheelock, J. G. Abelin, J. Patel, C. M. Feeney, L. Fagbami, A. L. Creech, L. Pino, J. W. Qiao, E. Kuhn, A. Officer, J. Li, S. Abbatiello, R. Sidman, E. Snyder, S. A. Carr, J. D. Jaffe, Y. A. Chen, S. A. Eschrich, L. Litichevskiy, R. Peckner, C. M. Dunning, J. D. Egertson, S. Egri, T. Ko, B. X. MacLean, A. E. Mungenast, M. Papanastasiou, V. Sharma, J. Z. Young, M. J. MacCoss, L.-H. Tsai, R. Lewis, Z. Tanoli, U. Seemab, A. Scherer, K. Wennerberg, J. Tang, M. VĂ€hĂ€-Koskela, A. Gaulton, L. J. Bellis, A. P. Bento, J. Chambers, M. Davies, A. Hersey, Y. Light, S. McGlinchey, D. Michalovich, B. Al-Lazikani, J. P. Overington, S. Kim, J. Chen, T. Cheng, A. Gindulyte, J. He, S. He, B. A. Shoemaker, P. A. Thiessen, B. Yu, L. Zaslavsky, J. Zhang, E. E. Bolton, I. A. Smit, C. H. G. Allen, F. Svensson, T. Hanser, J. Bajorath, J. Sun, N. Jeliazkova, V. Chupakhin, J.-F. Golib-Dzib, L. Carlsson, J. Wegner, I. Georgiev, V. Jeliazkov, N. Kochev, T. J. Ashby, H. Chen, T. Kalliokoski, C. Kramer, A. Vulpetti, P. Gedeck, A. Lin, D. Horvath, V. Afonina, G. Marcou, J.-L. Reymond, A. Varnek, C. Ye, D. J. Ho, M. Neri, C. Yang, T. Kulkarni, R. Randhawa, M. Henault, N. Mostacci, P. Farmer, S. Renner, R. Ihry, L. Mansur, C. G. Keller, G. McAllister, M. Hild, J. Jenkins, A. Kaykas, P. R. Bushel, R. S. Paules, S. S. Auerbach, H. K. Yalamanchili, Y.-W. Wan, G. X. Y. Zheng, J. M. Terry, P. Belgrader, P. Ryvkin, Z. W. Bent, R. Wilson, S. B. Ziraldo, T. D. Wheeler, G. P. McDermott, J. Zhu, M. T. Gregory, J. Shuga, L. Montesclaros, J. G. Underwood, D. A. Masquelier, S. Y. Nishimura, M. Schnall-Levin, P. W. Wyatt, C. M. Hindson, R. Bharadwaj, A. Wong, K. D. Ness, L. W. Beppu, H. J. Deeg, C. McFarland, K. R. Loeb, W. J. Valente, N. G. Ericson, E. A. Stevens, J. P. Radich, T. S. Mikkelsen, B. J. Hindson, J. H. Bielas, N. J. Schurch, P. Schofield, M. GierliƄski, C. Cole, A. Sherstnev, V. Singh, N. Wrobel, K. Gharbi, G. G. Simpson, T. Owen-Hughes, M. Blaxter, G. J. Barton, A. Koussounadis, S. P. Langdon, I. H. Um, D. J. Harrison, V. A. Smith, X. Xie, E. D. Crawford, D. Peck, J. W. Modell, I. C. Blat, M. J. Wrobel, J. Lerner, J.-P. Brunet, K. N. Ross, M. Reich, H. Hieronymus, G. Wei, S. A. Armstrong, R. Wei, E. S. Lander, R. Edgar, M. Domrachev, A. E. Lash, H. Parkinson, M. Kapushesky, M. Shojatalab, N. Abeygunawardena, R. Coulson, A. Farne, E. Holloway, N. Kolesnykov, P. Lilja, M. Lukk, R. Mani, T. Rayner, A. Sharma, E. William, U. Sarkans, A. Brazma, D. L. Svoboda, T. Saddler, Y. Igarashi, N. Nakatsu, T. Yamashita, A. Ono, Y. Ohno, T. Urushidani, H. Yamada, N. Lim, P. Pavlidis, A. Musa, L. S. Ghoraie, S.-D. Zhang, G. Galzko, O. Yli-Harja, M. Dehmer, B. Haibe-Kains, F. Emmert-Streib, M. Bickle, S. Seal, H. Yang, L. Vollmers, T. R. Jones, M. R. Lamprecht, C. Clarke, I. H. Kang, O. Friman, D. A. Guertin, J. H. Chang, R. A. Lindquist, J. Moffat, P. Golland, D. M. Sabatini, M. Held, M. H. A. Schmitz, B. Fischer, T. Walter, B. Neumann, M. H. Olma, M. Peter, J. Ellenberg, D. W. Gerlich, S. Rajaram, B. Pavie, L. F. Wu, S. J. Altschuler, J. Ollion, J. Cochennec, F. Loll, C. EscudĂ©, T. Boudier, T. Wollmann, M. Gunkel, I. Chung, H. Erfle, K. Rippe, K. Rohr, J. C. Caicedo, A. Goodman, K. W. Karhohs, B. A. Cimini, J. Ackerman, M. Haghighi, C. Heng, T. Becker, M. Doan, C. McQuin, M. Rohban, V. Chernyshev, L. Kamentsky, L. Ding, S. M. Rafelski, D. Thirstrup, W. Wiegraebe, F. Heigwer, S. Warchal, P. Qiu, C. Molnar, A. S. Vasilevich, J. D. Barry, H. S. Bansal, O. Kraus, M. Wawer, L. Paavolainen, M. D. Herrmann, J. Hung, H. Hennig, J. Concannon, I. Smith, P. Rees, P. Horvath, R. G. Linington, V. Ljosa, K. L. Sokolnicki, E. Williams, J. Moore, S. W. Li, G. Rustici, A. Tarkowska, A. Chessel, S. Leo, B. Antal, R. K. Ferguson, R. E. C. Salas, J. R. Swedlow, M. H. Rohban, N. E. Bodycombe, T. P. Hasaka, C. S. Hon, M. M. Kemp, K. Li, D. Walpita, M. J. Wawer, A. Mullard, A. A. Saei, C. M. Beusch, A. Chernobrovkin, P. Sabatier, B. Zhang, Ü. G. Tokat, E. Stergiou, M. Gaetani, Á. VĂ©gvĂĄri, R. A. Zubarev, M. Zapalska-Sozoniuk, L. Chrobak, K. Kowalczyk, M. Kankofer, H. Gullberg, K. Johansson, B. Lundgren, P. I. Arvidsson, E. S. J. ArnĂ©r, Y. Perez-Riverol, A. Csordas, J. Bai, M. Bernal-Llinares, S. Hewapathirana, D. J. Kundu, A. Inuganti, J. Griss, G. Mayer, M. Eisenacher, E. PĂ©rez, J. Uszkoreit, J. Pfeuffer, T. Sachsenberg, ƞ. Yılmaz, S. Tiwary, J. Cox, E. Audain, M. Walzer, A. F. Jarnuczak, T. Ternent, J. A. VizcaĂ­no, P. Samaras, T. Schmidt, M. Frejno, S. Gessulat, M. Reinecke, A. Jarzab, J. Zecha, J. Mergner, P. Giansanti, H.-C. Ehrlich, S. Aiche, J. Rank, H. Kienegger, H. Krcmar, B. Kuster, M. Wilhelm, B. Aslam, M. Basit, M. A. Nisar, M. Khurshid, M. H. Rasool, Y. Lao, X. Wang, N. Xu, H. Zhang, H. Xu, K. Hollywood, D. R. Brison, R. Goodacre, L. Zhang, C. Ma, H. Chao, Y. Long, Z. Li, X. Ge, H. Xia, Y. Yin, J. Batley, M. Li, R. Cavill, D. Jennen, J. Kleinjans, J. J. BriedĂ©, W. Lu, X. Su, M. S. Klein, I. A. Lewis, O. Fiehn, J. D. Rabinowitz, M. Wright Muelas, I. Roberts, F. Mughal, S. O’Hagan, P. J. Day, D. B. Kell, Y. Lin, G. W. Caldwell, W. Lang, J. Masucci, K. Peters, J. Bradbury, S. Bergmann, M. Capuccini, M. Cascante, P. de Atauri, T. M. D. Ebbels, C. Foguet, R. Glen, A. Gonzalez-Beltran, U. L. GĂŒnther, E. Handakas, T. Hankemeier, K. Haug, S. Herman, P. Holub, M. Izzo, D. Jacob, D. Johnson, F. Jourdan, N. Kale, I. Karaman, B. Khalili, P. Emami Khonsari, K. Kultima, S. Lampa, A. Larsson, C. Ludwig, P. Moreno, S. Neumann, J. A. Novella, C. O’Donovan, J. T. M. Pearce, A. Peluso, M. E. Piras, L. Pireddu, M. A. C. Reed, P. Rocca-Serra, P. Roger, A. Rosato, R. Rueedi, C. Ruttkies, N. Sadawi, R. M. Salek, S.-A. Sansone, V. Selivanov, O. Spjuth, D. Schober, E. A. ThĂ©venot, M. Tomasoni, M. van Rijswijk, M. van Vliet, M. R. Viant, R. J. M. Weber, G. Zanetti, C. Steinbeck, J. Xia, N. Psychogios, N. Young, D. S. Wishart, K. Cochrane, V. C. Nainala, M. Williams, J. Chang, K. V. Jayaseelan, A. I. Campos, M. Zampieri, T. Fuhrer, D. C. SĂ©vin, U. Sauer, N. Zamboni, N. J. Shah, S. Sureshkumar, D. G. Shewade, P. V. Hornbeck, J. M. Kornhauser, S. Tkachev, E. Skrzypek, B. Murray, V. Latham, M. Sullivan, T. Y. Low, M. A. Mohtar, P. Y. Lee, N. Omar, H. Zhou, M. Ye, M. K. Morris, A. Chi, I. N. Melas, L. G. Alexopoulos, M. L. Guerriero, A. Corrigan, A. Bornot, M. Firth, P. O’Shea, D. Ross-Thriepland, S. Peel, A. Agrotis, R. Ketteler, M. Jost, J. S. Weissman, E. Goncalves, C. Fellmann, B. G. Gowen, P.-C. Lin, J. A. Doudna, J. E. Corn, S. M. B. Nijman, A. E. Enayetallah, D. Ziemek, M. T. Leininger, J. Yang, T. B. Manion, D. E. Mather, W. J. Zavadoski, M. Kuhn, J. L. Treadway, S. A. G. des Etages, E. M. Gibbs, N. Greene, C. M. Steppan, R. Kumar, S. J. Blakemore, C. E. Ellis, E. F. Petricoin, D. Pratt, M. Macoritto, A. L. Matthews, J. J. Loureiro, K. Elliston, R. T. Pillich, V. Rynkov, D. Welker, S. Orchard, S. Kerrien, S. Abbani, B. Aranda, J. Bhate, S. Bidwell, A. Bridge, L. Briganti, F. S. L. Brinkman, G. Cesareni, A. Chatr-aryamontri, E. Chautard, C. Chen, M. Dumousseau, J. Goll, R. E. W. Hancock, L. I. Hannick, I. Jurisica, J. Khadake, D. J. Lynn, U. Mahadevan, L. Perfetto, A. Raghunath, S. Ricard-Blum, B. Roechert, L. Salwinski, V. StĂŒmpflen, M. Tyers, P. Uetz, I. Xenarios, H. Hermjakob, M. D. Wilkinson, M. Dumontier, I. J. J. Aalbersberg, G. Appleton, M. Axton, A. Baak, N. Blomberg, J.-W. Boiten, L. B. da Silva Santos, P. E. Bourne, J. Bouwman, A. J. Brookes, T. Clark, M. Crosas, I. Dillo, O. Dumon, S. Edmunds, C. T. Evelo, R. Finkers, A. J. G. Gray, P. Groth, C. Goble, J. S. Grethe, J. Heringa, P. A. C.’t Hoen, R. Hooft, T. Kuhn, R. Kok, J. Kok, S. J. Lusher, M. E. Martone, A. Mons, A. L. Packer, B. Persson, M. Roos, R. van Schaik, E. Schultes, T. Sengstag, T. Slater, G. Strawn, M. A. Swertz, M. Thompson, J. van der Lei, E. van Mulligen, J. Velterop, A. Waagmeester, P. Wittenburg, K. Wolstencroft, J. Zhao, B. Mons, C. von Mering, L. J. Jensen, B. Snel, S. D. Hooper, M. Krupp, M. Foglierini, N. Jouffre, M. A. Huynen, P. Bork, L. Garcia-Alonso, M. M. Ibrahim, D. Turei, J. Saez-Rodriguez, H. Huang, B. M. Jedynak, J. S. Bader, X. Zhu, M. Gerstein, M. Snyder, K. Luck, D.-K. Kim, L. Lambourne, K. Spirohn, B. E. Begg, W. Bian, R. Brignall, T. Cafarelli, F. J. Campos-Laborie, B. Charloteaux, D. Choi, A. G. CotĂ©, M. Daley, S. Deimling, A. Desbuleux, A. Dricot, M. Gebbia, M. F. Hardy, N. Kishore, J. J. Knapp, I. A. KovĂĄcs, I. Lemmens, M. W. Mee, J. C. Mellor, C. Pollis, C. Pons, A. D. Richardson, S. Schlabach, B. Teeking, A. Yadav, M. Babor, D. Balcha, O. Basha, C. Bowman-Colin, S.-F. Chin, S. G. Choi, C. Colabella, G. Coppin, C. D’Amata, D. De Ridder, S. De Rouck, M. Duran-Frigola, H. Ennajdaoui, F. Goebels, L. Goehring, A. Gopal, G. Haddad, E. Hatchi, M. Helmy, Y. Jacob, Y. Kassa, S. Landini, R. Li, N. van Lieshout, A. MacWilliams, D. Markey, J. N. Paulson, S. Rangarajan, J. Rasla, A. Rayhan, T. Rolland, A. San-Miguel, Y. Shen, D. Sheykhkarimli, G. M. Sheynkman, E. Simonovsky, M. Taßan, A. Tejeda, V. Tropepe, J.-C. Twizere, Y. Wang, R. J. Weatheritt, J. Weile, Y. Xia, X. Yang, E. Yeger-Lotem, Q. Zhong, P. Aloy, G. D. Bader, J. De Las Rivas, S. Gaudet, T. Hao, J. Rak, J. Tavernier, D. E. Hill, M. Vidal, F. P. Roth, M. A. Calderwood, S. Bazzani, K. Sriyudthsak, F. Shiraishi, M. Y. Hirai, E. Alm, A. P. Arkin, J. Ma, A. Shojaie, G. Michailidis, S. Chowdhury, R. R. Sarkar, G. Vert, J. Chory, W. A. Haynes, A. Tomczak, P. Khatri, T. Charitou, K. Bryan, A. BrĂŒckner, C. Polge, N. Lentze, D. Auerbach, U. Schlattner, B. Tian, C. Zhao, F. Gu, Z. He, R. Krause, M. Cornell, S. G. Oliver, S. Fields, D. Voet, J. G. Voet, A. R. Neves, A. Ramos, M. C. Nunes, M. Kleerebezem, J. Hugenholtz, W. M. de Vos, J. Almeida, H. Santos, S. A. Lambert, A. Jolma, L. F. Campitelli, P. K. Das, M. Albu, X. Chen, J. Taipale, T. R. Hughes, M. T. Weirauch, P. J. Park, A. Blais, B. D. Dynlacht, M. Haque, R. Sarmah, D. K. Bhattacharyya, P. J. Thul, C. Lindskog, R. Barshir, M. Sharon, E. Lerman, B. F. Kirson, I. Hekselman, J. K. Huang, D. E. Carlin, M. K. Yu, W. Zhang, J. F. Kreisberg, P. Tamayo, T. Ideker, D. Yu, M. Kim, G. Xiao, T. H. Hwang, C. H. Wu, N. C. Duarte, S. A. Becker, N. Jamshidi, I. Thiele, M. L. Mo, T. D. Vo, R. Srivas, B. Ø. Palsson, D. TĂŒrei, T. KorcsmĂĄros, R. Oughtred, J. Rust, C. Chang, B. Breitkreutz, C. Stark, A. Willems, L. Boucher, G. Leung, N. Kolas, F. Zhang, S. Dolma, J. Coulombe-Huntington, K. Dolinski, E. L. Huttlin, L. Ting, R. J. Bruckner, F. Gebreab, M. P. Gygi, S. Tam, G. Zarraga, G. Colby, K. Baltier, R. Dong, V. Guarani, L. P. Vaites, A. Ordureau, R. Rad, M. WĂŒhr, J. Chick, B. Zhai, D. Kolippakkam, J. Mintseris, R. A. Obar, T. Harris, S. Artavanis-Tsakonas, M. E. Sowa, P. DeCamilli, J. A. Paulo, J. W. Harper, R. Goel, H. C. Harsha, A. Pandey, T. S. K. Prasad, C. S. Greene, A. Krishnan, A. K. Wong, E. Ricciotti, R. A. Zelaya, D. S. Himmelstein, R. Zhang, B. M. Hartmann, E. Zaslavsky, S. C. Sealfon, D. I. Chasman, G. A. FitzGerald, T. Grosser, O. G. Troyanskaya, J. J. O’Shea, D. M. Schwartz, A. V. Villarino, M. Gadina, I. B. McInnes, A. Laurence, S. A. Sam, J. Teel, A. N. Tegge, A. Bharadwaj, T. M. Murali, A. Fabregat, S. Jupe, L. Matthews, K. Sidiropoulos, M. Gillespie, P. Garapati, R. Haw, B. Jassal, F. Korninger, B. May, M. Milacic, C. D. Roca, K. Rothfels, C. Sevilla, V. Shamovsky, S. Shorser, T. Varusai, G. Viteri, J. Weiser, G. Wu, L. Stein, P. D’Eustachio, D. N. Slenter, M. Kutmon, K. Hanspers, A. Riutta, J. Windsor, N. Nunes, J. MĂ©lius, E. Cirillo, S. L. Coort, D. Digles, F. Ehrhart, P. Giesbertz, M. Kalafati, M. Martens, R. Miller, K. Nishida, L. Rieswijk, L. M. T. Eijssen, A. R. Pico, E. L. Willighagen, M. Kanehisa, S. Goto, M. Trupp, T. Altman, C. A. Fulcher, R. Caspi, M. Krummenacker, S. Paley, P. D. Karp, E. G. Cerami, B. E. Gross, E. Demir, I. Rodchenkov, Ö. Babur, N. Anwar, N. Schultz, C. Sander, L. Y. Geer, A. Marchler-Bauer, R. C. Geer, L. Han, C. Liu, W. Shi, S. H. Bryant, S. G. Jantzen, B. J. Sutherland, D. R. Minkley, B. F. Koop, F. Supek, M. BoĆĄnjak, N. Ć kunca, T. Ć muc, D. V. Klopfenstein, B. S. Pedersen, F. RamĂ­rez, A. Warwick Vesztrocy, A. Naldi, C. J. Mungall, J. M. Yunes, O. Botvinnik, M. Weigel, W. Dampier, C. Dessimoz, P. Flick, H. Tang, D. Domingo-FernĂĄndez, S. Mubeen, J. MarĂ­n-LlaĂł, C. T. Hoyt, M. Hofmann-Apitius, A. B. Keenan, M. L. Wojciechowicz, Z. Wang, K. M. Jagodnik, S. L. Jenkins, A. Lachmann, A. Ma’ayan, X. P. Peng, C. Clement, A. Rodina, M. Nieto, J. Du, K. Stegmaier, S. M. Raj, K. N. Maloney, J. Clardy, W. C. Hahn, G. Chiosis, I. Barrett, P. Shannon, T. Sandmann, S. K. Kummerfeld, R. Gentleman, R. Bourgon, M. A. GarcĂ­a-Campos, J. Espinal-EnrĂ­quez, E. HernĂĄndez-Lemus, A. Yuryev, S. Ekins, R. Mathur, D. Rotroff, A. Motsinger-Reif, M. Sirota, A. J. Butte, B. Debrabant, M. E. Ritchie, B. Phipson, D. Wu, C. W. Law, G. K. Smyth, E. Lim, F. Vaillant, M.-L. Asselin-Labat, J. E. Visvader, P. D. Thomas, M. J. Campbell, A. Kejariwal, H. Mi, B. Karlak, R. Daverman, K. Diemer, A. Muruganujan, A. Narechania, E. Y. Chen, C. M. Tan, Y. Kou, Q. Duan, G. V. Meirelles, N. R. Clark, G. Dennis, B. T. Sherman, D. A. Hosack, W. Gao, H. C. Lane, R. A. Lempicki, A. Markiel, O. Ozier, N. S. Baliga, J. T. Wang, D. Ramage, N. Amin, B. Schwikowski, G. Bindea, B. Mlecnik, H. Hackl, P. Charoentong, M. Tosolini, A. Kirilovsky, W.-H. Fridman, F. PagĂšs, Z. Trajanoski, J. Galon, G. Yu, Q.-Y. He, L.-G. Wang, Y. Han, I. Ihnatova, E. Budinska, F. Li, Y. Qin, X. Bo, Y. Wu, S. Wang, G. Bradley, S. J. Barrett, N. L. Catlett, A. J. Bargnesi, S. Ungerer, T. Seagaran, W. Ladd, K. O. Elliston, S. Jaeger, J. Min, F. Nigsch, M. Camargo, J. Hutz, A. Cornett, S. Cleaver, A. Buckler, J. L. Jenkins, J. H. Woo, Y. Shimoni, W. S. Yang, P. Subramaniam, A. Iyer, P. Nicoletti, M. RodrĂ­guez MartĂ­nez, G. LĂłpez, M. Mattioli, R. Realubit, C. Karan, B. R. Stockwell, M. Bansal, A. Califano, H. Noh, J. E. Shoemaker, R. Gunawan, A. Liu, P. Trairatphisan, E. Gjerga, A. Didangelos, J. Barratt, A. Dugourd, C. Kuppe, M. Sciacovelli, K. B. Emdal, D. B. Bekker-Jensen, J. Kranz, E. M. J. Bindels, A. S. H. Costa, J. V. Olsen, C. Frezza, R. Kramann, A. Dubovenko, Y. Nikolsky, E. Rakhmatulin, T. Nikolskaya, A. KrĂ€mer, J. Green, J. Pollard, S. Tugendreich, C. Wiwie, J. Baumbach, R. Röttger, M. R. Karim, O. Beyan, A. Zappa, I. G. Costa, D. Rebholz-Schuhmann, M. Cochez, S. Decker, D. Xu, Y. Tian, F. Pedregosa, G. Varoquaux, A. Gramfort, V. Michel, B. Thirion, O. Grisel, M. Blondel, P. Prettenhofer, R. Weiss, V. Dubourg, J. Vanderplas, A. Passos, D. Cournapeau, M. MĂ€chler, P. Rousseeuw, A. Struyf, M. Hubert, K. Hornik, A. Kassambara, F. Mundt, R. Argelaguet, B. Velten, D. Arnol, S. Dietrich, T. Zenz, J. C. Marioni, F. Buettner, W. Huber, O. Stegle, A. Klami, S. Virtanen, E. LeppĂ€aho, S. Kaski, S. A. Khan, O. P. Kallioniemi, A. Poso, T. Chen, S. Tyagi, D. Bredikhin, Y. Deloro, E. Leppaaho, M. Ammad-ud-din, I. Subramanian, S. Verma, S. Kumar, A. Jere, K. Anamika, R. Chen, X. Liu, S. Jin, J. Lin, J. Liu, J. Vamathevan, D. Clark, P. Czodrowski, I. Dunham, E. Ferran, G. Lee, B. Li, A. Madabhushi, P. Shah, M. Spitzer, S. Zhao, J. Scheiber, M. Glick, J. W. Davies, K. Azzaoui, J. Hamon, L. Urban, S. Whitebread, D. Rogers, M. Hahn, Y. C. Martin, J. L. Kofron, L. M. Traphagen, S. Gao, D. Luo, G. Liu, Z. Xiao, G. Shan, Y. Zhang, W. Zhou, C. Scheeder, M. Boutros, R. P. Sheridan, L. M. Kauvar, D. L. Higgins, H. O. Villar, J. R. Sportsman, A. Engqvist-Goldstein, R. Bukar, K. E. Bauer, H. Dilley, D. M. Rocke, C. Yuan, T. V. Aa, I. Chakroun, J. Simm, A. Arany, Y. Moreau, T. L. Van, J. F. G. Dzib, R. Wuyts, W. Verachtert, M. Wen, Z. Zhang, S. Niu, H. Sha, R. Yang, Y. Yun, H. Lu, A. A. M. Al-Saffar, H. Tao, M. A. Talab, A. Mayr, G. Klambauer, T. Unterthiner, M. Steijaert, D.-A. Clevert, S. Hochreiter, M. C. Robinson, A. A. Lee, I. CortĂ©s-Ciriano, Y. Zhu, T. Brettin, F. Xia, A. Partin, M. Shukla, H. Yoo, Y. A. Evrard, J. H. Doroshow, R. L. Stevens, M. Hofmarcher, E. Rumetshofer, N. Aniceto, A. A. Freitas, T. Ghafourian, N. Bosc, F. Atkinson, E. Felix, A. R. Leach, Y. Saeys, I. Inza, P. Larrañaga, R. Caruana, S. Lawrence, C. L. Giles, Y. E. Wang, G.-Y. Wei, D. Brooks, C. Rudin, M. Walter, P. Wright, A. Bartosik, D. Dolciami, A. Elbasir, N. Fortelny, C. Bock, M. Abadi, P. Barham, Z. Chen, A. Davis, J. Dean, M. Devin, S. Ghemawat, G. Irving, M. Isard, M. Kudlur, J. Levenberg, R. Monga, S. Moore, D. G. Murray, B. Steiner, P. Tucker, V. Vasudevan, P. Warden, M. Wicke, Y. Yu, X. Zheng, A. Paszke, S. Gross, F. Massa, A. Lerer, G. Chanan, T. Killeen, Z. Lin, N. Gimelshein, L. Antiga, A. Desmaison, A. Köpf, E. Yang, Z. DeVito, M. Raison, A. Tejani, S. Chilamkurthy, L. Fang, S. Chintala, P. Zakeri, T. Haber, K. C. Bulusu, L. Kalash, M. A. Firth, Z. Ji, J. Su, H. Wang, D. Huang, X. Zhou, O. Weinreb, T. Amit, M. B. H. Youdim, N. L. Patel-Murray, M. Adam, N. Huynh, B. T. Wassie, P. Milani, E. Fraenkel, J. Vialard, P. Buijnsters, I. Velter, A. Vapirev, M. F. Cuccarese, B. A. Earnshaw, K. Heiser, B. Fogelson, P. F. McLean, H. B. Gordon, K.-R. Skelly, F. L. Weathersby, V. Rodic, I. K. Quigley, E. D. Pastuzyn, B. M. Mendivil, N. H. Lazar, C. A. Brooks, J. Carpenter, B. L. Probst, P. Jacobson, S. W. Glazier, J. Ford, J. D. Jensen, N. D. Campbell, M. A. Statnick, A. S. Low, K. R. Thomas, S. S. Hegde, R. W. Alfa, M. L. Victors, I. S. Haque, M. Kibble, N. Saarinen, F. Iorio, S. MĂ€kelĂ€, T. Aittokallio, M. Iwata, R. Sawada, H. Iwata, M. Kotera, Y. Yamanishi, E. Dazert, M. Colombi, T. Boldanova, S. Moes, D. Adametz, L. Quagliata, V. Roth, L. Terracciano, M. H. Heim, P. Jenoe, M. N. Hall, D. Carrella, F. Napolitano, R. Rispoli, M. Miglietta, A. Carissimo, L. Cutillo, F. Sirci, F. Gregoretti, D. Di Bernardo, A. Conesa, S. Beck Show less
The elucidation of a compound's Mechanism of Action (MoA) is a challenging task in the drug discovery process, but it is important in order to rationalise phenotypic findings and to anticipate potenti Show more
The elucidation of a compound's Mechanism of Action (MoA) is a challenging task in the drug discovery process, but it is important in order to rationalise phenotypic findings and to anticipate potential side-effects. Bioinformatic approaches, advances in machine learning techniques and the increasing deposition of high-throughput data in public databases have significantly contributed to recent advances in the field, but it is not straightforward to decide which data and methods are most suitable to use in a given case. In this review, we focus on these methods and data and their applications in generating MoA hypotheses for subsequent experimental validation. We discuss compound-specific data such as -omics, cell morphology and bioactivity data, as well as commonly used supplementary prior knowledge such as network and pathway data, and provide information on databases where this data can be accessed. In terms of methodologies, we discuss both well-established methods (connectivity mapping, pathway enrichment) as well as more developing methods (neural networks and multi-omics integration). Finally, we review case studies where the MoA of a compound was successfully suggested from computational analysis by incorporating multiple data modalities and/or methodologies. Our aim for this review is to provide researchers with insights into the benefits and drawbacks of both the data and methods in terms of level of understanding, biases and interpretation – and to highlight future avenues of investigation which we foresee will improve the field of MoA elucidation, including greater public access to -omics data and methodologies which are capable of data integration. Show less
📄 PDF DOI: 10.1039/d1cb00069a
ML review
M. Jin, H. Itamochi, J. Kigawa +532 more · 2021 · Pharmaceuticals · MDPI · added 2026-04-20
M. Jin, H. Itamochi, J. Kigawa, M.J. McKeage, K.H. Lee, M.S. Hyun, H.K. Kim, H.M. Jin, J. Yang, H.S. Song, Y.R. Do, H.M. Ryoo, J.S. Chung, D.Y. Zang, R.G. Kenny, S.W. Chuah, A. Crawford, C.J. Marmion, T.C. Johnstone, K. Suntharalingam, S.J. Lippard, S. Dilrub, G.V. Kalayd, X.Y. Wang, Z.J. Guo, A.A. Argyriou, P. Polychronopoulos, G. Iconomou, E. Chroni, H.P. Kalofonos, S.R. McWhinney, R.M. Goldberg, H.L. McLeod, Y.Z. Min, C.Q. Mao, S.M. Chen, G.L. Ma, J. Wang, Y.Z. Liu, D. Wang, V. Brabec, O. Hrabina, J. Kasparkova, S. Usanova, A. PiĂ©e-Staffa, U. Sied, J. Thomale, A. Schneider, B. Kaina, B. Köberle, W. Sakai, E.M. Swisher, B.Y. Karlan, M.K. Agarwal, J. Higgins, C. Friedman, E. Villegas, C. Jacquemont, D.J. Farrugia, F.J. Couch, G.Y. Park, W.J. Guo, Y.M. Zhang, L. Zhang, B. Huang, F.F. Tao, W. Chen, Q. Xu, Y. Sun, I.A. Riddell, J. Malina, N.P. Farrell, S.M. Alexander, W. Lin, K.S. Lovejoy, M. Serova, I. Bieche, S. Emami, M. D’Incalci, M. Broggini, E. Erba, C. Gespach, E. Cvitkovic, S. Faivre, W. Zhou, M. Almeqdadi, M.E. Xifaras, Ö.H. Yilmaz, J.J. Wilson, J.P. Macquet, J.L. Butour, M.J. Cleare, J.D. Hoeschele, W.I. Sundquist, D.P. Bancroft, L.S. Hollis, J.N. Burstyn, W.J. Heiger-Bernays, S.F. Bellon, K.J. Ahmed, A.R. Amundsen, E.W. Stern, S. Zhang, J.E. Shima, L.L. Lagpacan, Y. Shu, A. Lapuk, Y. Chen, T. Komori, J.W. Gray, X. Chen, R.C. Todd, M.S. McCormick, J.A. D’Aquino, J.T. Reardon, A. Sancar, K.M. Giacomini, G.Y. Zhu, X.H. Huang, Y. Song, A. Casini, J. Reedijk, M.W. Kellinger, J. Chong, A.A. Almaqwashi, M.N. Naufer, M.C. Williams, M.T. Gregory, Y.S. Lee, W. Yang, H. Baruah, C.L. Rector, S.M. Monnier, U. Bierbach, R. Guddneppanavar, G. Saluta, G.L. Kucera, J.R. Choudhury, A.R. Kheradi, B.D. Steen, C.S. Day, C.L. Smyre, T.E. Kute, G.V. Kalayda, B.A.J. Jansen, P. Wielaard, H.J. Tanke, C. Molenaar, M. Ferrari, J. Brouwer, S.D. Wu, C.C. Zhu, Y.J. Song, Y.Z. Li, C.L. Zhang, Z. Yu, W.J. He, Y.F. He, Z.F. Chen, S.P. Zhang, L. Shen, Z.Z. Zhu, J. Zhang, C. Zhang, R.L. Guan, X.X. Liao, C. Ouyang, T.W. Rees, J.P. Liu, L.N. Ji, H. Chao, S. Bonnet, L.M. Dabids, B. Kleemann, Z.J. Zhou, J.B. Song, L.M. Nie, X.Y. Chen, M. Ethirajan, Y.H. Chen, P. Joshi, R.K. Pandey, A. Naik, R. Rubbiani, G. Gasser, B. Spingler, G.C. Yu, S. Yu, M.L. Saha, J. Zhou, T.R. Cook, B.C. Yung, J. Chen, Z.W. Mao, F.W. Zhang, A.M. Santoro, M.C. Lo Giudice, A. D’Urso, R. Lauceri, R. Purrello, D. Milardi, I.O. Bacellar, T.M. Tsubone, C. Pavani, M.S. Baptista, T.T. Tasso, L.M. Mattiazzi, T.V. Acunha, B.A. Iglesias, G.K. Couto, B.S. Pacheco, V.M. Borba, J.C.R. Junior, T.L. Oliveira, N.V. Segatto, F.K. Seixas, T. Collares, X.J. Hu, K. Ogawa, S. Li, T. Kiwada, A. Odani, X.L. Xu, F.W. Lin, Y. Du, X. Zhang, J. Wu, Z.K. Xu, X. Li, B.D. Zheng, X.H. Peng, S.Z. Li, J.W. Ying, Y. Zhao, J.D. Huang, J. Yoon, R.C.H. Wonga, P.C. Lo, D.K.P. Ng, K. Mitra, M. SamsĂł, C.E. Lyonsb, M.C.T. Hartman, J.F. Mao, J.H. Zhu, M.K. Raza, S. Gautam, A. Garai, P. Kondaiah, A.R. Chakravarty, B. Wang, H.X. Yuan, Z. Liu, C.Y. Nie, L.B. Liu, F.T. Lv, Y.L. Wang, S. Wang, X.L. Xue, H.C. Chen, Y. Bai, X.C. Shi, Y. Jiao, Z.Y. Chen, Y.P. Miao, C. Settembre, A. Fraldi, D.L. Medina, A. Ballabio, S.R. Bonam, F.J. Wang, S. Muller, A.V. Klein, T.W. Hambley, C.G. Qian, H.B. Fang, H.K. Liu, H. Yuan, W.T. Liu, Y.F. Zhong, L.Y. Liu, C.T. Shen, W.J. Zeng, F.Y. Wang, D.Z. Yang, X.H. Zheng, G. Mu, T.P. Zhang, Q. Cao, H. Zhang, Y.W. Zhou, Y. Shen, P.Z. Qin, Y. Li, E. Freisinger, R.K.O. Sigel, B. Dumat, G. Bordeau, E. Faurel-Paul, F. Mahuteau-Betzer, N. Saettel, G. Metge, C. Fiorini-Debuisschert, F. Charra, M.P. Teulade-Fichou, C.P. Tan, U. Basu, B. Banik, R. Wen, R.K. Pathak, S. Dhar, M. Kansara, M.T. Teng, M.J. Smyth, D.M. Thomas, E. Alpaslan, H. Yazici, N.H. Golshan, K.S. Ziemer, T.J. Webster, D.E. Reed, K.M. Shokat, J.S. Whelan, L.E. Davis, G. Makris, E.D. Tseligka, I. Pirmettis, M.S. Papadopoulos, I.S. Vizirianakis, D. Papagiannopoulou, Z.Q. Zhang, C. Luo, K. Wang, S.R. Zhang, H. Hamidi, J. Ivaska, T. Chatzisideri, S. Thysiadis, S. Katsamakas, P. Dalezis, I. Sigala, T. Lazarides, E. Nikolakaki, D. Trafalis, O.A. Gederaas, M. Lindgren, A. Zamora, A. Gandioso, A. Massaguer, S. Buenestado, C. Calvis, J.L. HernĂĄndez, F. Mitjans, V. RodrĂ­guez, J. Ruiz, V. MarchĂĄn, T. Wu, Y. Dai, A.A. Franich, M.D. Ćœivković, T. Ilić-Tomić, I.S. Đorđević, J. Nikodinović-Runić, A. Pavić, G.V. Janjić, S. Rajković, U.E. Martinez-Outschoorn, M. Peiris-Pages, R.G. Pestell, F. Sotgia, M.P. Lisanti, Y.H. Yang, S. Karakhanova, W. Hartwig, J.G. D’haese, P.P. Philippov, J. Werner, A.V. Bazhin, M.G. Vander Heiden, L.C. Cantley, C.B. Thompson, D.C. Wallace, S. Marrachea, R.W. Taylor, D.M. Turnbull, P. Bouwman, J. Jonkers, C. Holohan, S. Van Schaeybroeck, D.B. Longley, P.G. Johnston, S. Fulda, L. Galluzzi, G. Kroemer, N. Lomeli, K.J. Di, J. Czerniawski, J.F. Guzowski, D.A. Bota, Y. Guo, D.F. Song, Z.H. Wang, Y.J. Wang, H.M. Zhang, Z.J. Gan, N. Muhammad, P. Imming, C. Sinning, A. Meyer, R. Ramsay, K. Tipton, N.K. Tonks, L.P. Lu, M.L. Zhu, C.X. Yuan, W.R. Wang, J.W. Wang, X.H. Li, Y.B. Wu, S.D. Li, S. Xing, X.Q. Fu, D.W. Zhang, Y.M. Yip, L.B. Li, S.N. Li, J.J. Li, W.Q. Dai, Q.H. Zhang, J. Feng, L.W. Wu, T. Liu, Q. Yu, S.Z. Xu, W.W. Wang, K. Muhammad, N. Sadia, Z.Y. Pan, P.A. Waghorn, M.R. Jackson, V. Gouverneur, K.A. Vallis, A. Paul, B. Maji, S.K. Misra, A.K. Jain, K. Muniyappa, S. Bhattacharya, G.B. Huang, S. Chen, Q.P. Qin, J.R. Luo, M.X. Tan, Z.F. Wang, B.Q. Zou, H. Liang, X.L. Huang, Y. Zhang, S.L. Wang, H.H. Zou, L. Wang, Z.X. Long, Z.K. Song, T. Xie, S.H. Zhang, Y.C. Liu, B. Lin, M. Sabbatini, I. Zanellato, M. Ravera, E. Gabano, E. Perin, B. Rangone, D. Osella, D.Y.Q. Wong, W.W.F. Ong, W.H. Ang, K.B. Huang, H.W. Feng, H.J. Luo, Y. Long, T.T. Zou, A.S.C. Chan, R. Liu, K. Al-Khayal, M.A. Vaali-Mohammed, M. Elwatidy, T. Bin Traiki, O. Al-Obeed, M. Azam, Z. Khan, M. Abdulla, R. Ahmad, K. Choroba, B. Machura, L.R. Raposo, J.G. MaƂecki, S. Kula, M. Pająk, K. Erfurt, A.M. MaroƄ, A.R. Fernandes, X.M. Tang, X. Wang, Y.N. Liu, G. Ferraro, T. Marzo, T. Infrasca, A. Cilibrizzi, R. Vilar, L. Messori, A. Merlino, Z. Li, Y. Gan, Y.H. Yin, W.C. Zhang, J.F. Yang, Y.X. Tang, Y.B. Dai, C. Icsel, V.T. Yilmaz, B. Cevatemre, M. Aygun, E. Ulukaya, I. Khan, B. Maity, J.Y. Zhang, C. Tu, J. Lin, J. Ding, L.P. Lin, Z.M. Wang, C. He, C.H. Yan, X.Z. You Show less
Platinum-based anticancer drugs represented by cisplatin play important roles in the treatment of various solid tumors. However, their applications are largely compromised by drug resistance and side Show more
Platinum-based anticancer drugs represented by cisplatin play important roles in the treatment of various solid tumors. However, their applications are largely compromised by drug resistance and side effects. Much effort has been made to circumvent the drug resistance and general toxicity of these drugs. Among multifarious designs, monofunctional platinum(II) complexes with a general formula of [Pt(3A)Cl] + (A: Ammonia or amine) stand out as a class of “non-traditional” anticancer agents hopeful to overcome the defects of current platinum drugs. This review aims to summarize the development of monofunctional platinum(II) complexes in recent years. They are classified into four categories: fluorescent complexes, photoactive complexes, targeted complexes, and miscellaneous complexes. The intention behind the designs is either to visualize the cellular distribution, or to reduce the side effects, or to improve the tumor selectivity, or inhibit the cancer cells through non-DNA targets. The information provided by this review may inspire researchers to conceive more innovative complexes with potent efficacy to shake off the drawbacks of platinum anticancer drugs. Show less
📄 PDF DOI: 10.3390/ph14020133
Pt anticancer imaging photoactivated review
S.J. Rayhan, K.M. Koeller, J.C. Wong +221 more · 2020 · Heliyon · Elsevier · added 2026-04-20
S.J. Rayhan, K.M. Koeller, J.C. Wong, R.A. Butcher, S.L. Schreiber, F.G. Kuruvilla, A.F. Shamji, S.M. Sternson, P.J. Hergenrother, D.B. Kitchen, H. Decornez, J.R. Furr, J. Bajorath, Z. Mousavian, A. Masoudi-Nejad, R.S. Olayan, H. Ashoor, V.B. Bajic, Y. Yamanishi, M. Araki, A. Gutteridge, W. Honda, M. Kanehisa, S. Khakabimamaghani, K. Kavousi, F. Rayhan, S. Ahmed, S. Shatabda, D.M. Farid, A. Dehzangi, M.S. Rahman, K. Tian, M. Shao, Y. Wang, J. Guan, S. Zhou, K.C. Chan, Z.-H. You, W. Wang, S. Yang, J. Li, X. Chen, M.-X. Liu, G.-Y. Yan, K. Bleakley, S. Alaimo, A. Pulvirenti, R. Giugno, A. Ferro, F. Cheng, C. Liu, J. Jiang, W. Lu, W. Li, G. Liu, W. Zhou, J. Huang, Y. Tang, Z. He, J. Zhang, X.-H. Shi, L.-L. Hu, X. Kong, Y.-D. Cai, K.-C. Chou, X. Xiao, J.-L. Min, P. Wang, J. Keum, H. Nam Self-blm, M. Hao, S.H. Bryant, M. Gönen, W. Ba-Alawi, O. Soufan, M. Essack, P. Kalnis, H. Chen, Z. Zhang, Y.-A. Huang, S. Daminelli, J.M. Thomas, C. DurĂĄn, C.V. Cannistraci, V.J. Haupt, M. Schroeder, Q. Yuan, J. Gao, D. Wu, S. Zhang, H. Mamitsuka, S. Zhu, L. Wang, S.-X. Xia, F. Liu, X. Yan, Y. Zhou, K.-J. Song, A. Ezzat, M. Wu, X.-L. Li, C.-K. Kwoh, C.C. Yan, X. Zhang, F. Dai, J. Yin, Y. Zhang, M. Wen, S. Niu, H. Sha, R. Yang, Y. Yun, H. Lu, Y. LĂłpez, S.P. Lal, G. Taherzadeh, J. Michaelson, A. Sattar, T. Tsunoda, A. Sharma, A.W.-C. Liew, Y. Yang, Y. Freund, R.E. Schapire, I. Goodfellow, Y. Bengio, A. Courville, Y. Du, J. Wang, X. Wang, J. Chen, H. Chang, C. Szegedy, W. Liu, Y. Jia, P. Sermanet, S. Reed, D. Anguelov, D. Erhan, V. Vanhoucke, A. Rabinovich, S. Ioffe, J. Shlens, Z. Wojna, A.A. Alemi, M. Abadi, P. Barham, Z. Chen, A. Davis, J. Dean, M. Devin, S. Ghemawat, G. Irving, M. Isard, A. Mahbub, M. Jani, D.P. Kingma, J. Ba Adam, M. Lin, Q. Chen, S. Yan, D.S. Wishart, C. Knox, A.C. Guo, D. Cheng, S. Shrivastava, D. Tzur, B. Gautam, M. Hassanali, S. Goto, M. Hattori, M. Hirakawa, M. Itoh, T. Katayama, S. Kawashima, S. Okuda, T. Tokimatsu, I. Schomburg, A. Chang, C. Ebeling, M. Gremse, C. Heldt, G. Huhn, D. Schomburg, S. GĂŒnther, M. Kuhn, M. Dunkel, M. Campillos, C. Senger, E. Petsalaki, J. Ahmed, E.G. Urdiales, A. Gewiess, L.J. Jensen, D.-S. Cao, S. Liu, Q.-S. Xu, H.-M. Lu, J.-H. Huang, Q.-N. Hu, Y.-Z. Liang, J.H. Friedman, F. Pedregosa, G. Varoquaux, A. Gramfort, V. Michel, B. Thirion, O. Grisel, M. Blondel, P. Prettenhofer, R. Weiss, V. Dubourg, S.R. Safavian, D. Landgrebe, T. Joachims, C.M. Rahman, M. Kotera, P. Mutowo, A.P. Bento, N. Dedman, A. Gaulton, A. Hersey, J. Lomax, J.P. Overington Show less
The task of drug-target interaction prediction holds significant importance in pharmacology and therapeutic drug design. In this paper, we present FRnet-DTI, an auto-encoder based feature manipulation Show more
The task of drug-target interaction prediction holds significant importance in pharmacology and therapeutic drug design. In this paper, we present FRnet-DTI, an auto-encoder based feature manipulation and a convolutional neural network based classifier for drug target interaction prediction. Two convolutional neural networks are proposed: FRnet-Encode and FRnet-Predict. Here, one model is used for feature manipulation and the other one for classification. Using the first method FRnet-Encode, we generate 4096 features for each of the instances in each of the datasets and use the second method, FRnet-Predict, to identify interaction probability employing those features. We have tested our method on four gold standard datasets extensively used by other researchers. Experimental results shows that our method significantly improves over the state-of-the-art method on three out of four drug-target interaction gold standard datasets on both area under curve for Receiver Operating Characteristic (auROC) and area under Precision Recall curve (auPR) metric. We also introduce twenty new potential drug-target pairs for interaction based on high prediction scores. The source codes and implementation details of our methods are available from https://github.com/farshidrayhanuiu/FRnet-DTI/ and also readily available to use as an web application from http://farshidrayhan.pythonanywhere.com/FRnet-DTI/ . Show less
📄 PDF DOI: 10.1016/j.heliyon.2020.e03444
Au ML
B Chapman, L Van Camp, JE Trosko +375 more · 2011 · Metal ions in life sciences · Royal Society of Chemistry · added 2026-04-20
B Chapman, L Van Camp, JE Trosko, VH Mansour, Y Jung, SJ Lippard, J Reedijk, ER Jamieson, GA Natile, LG Marzilli, M Akoboshi, K Kawai, H Maki, K Akuta, Y Ujeno, T Miyahara, JM Pascoe, JJ Roberts, J Rosenberg, P Sato, JM Rosenberg, PH Sato, KA Heminger, SD Hartson, J Rogers, RL Matts, TD Schmittgen, J-F Ju, KD Danenberg, PV Danenberg, LC Shea, T Horikoshi, P Papsai, T Persson, J Aldag, SKC Elmroth, AS Snygg, AA Hostetter, EG Chapman, VJ DeRose, JS Mattick, B Lippert, S Burns, N-K Kim, M Vogt, E Freisinger, RKO Sigel, PB Moore, AM Pyle, RH Crabtree, S Ahmad, AA Isab, S Ali, E Wong, CM Giandomenico, M Akaboshi, K Ono, D Esteban-FernĂĄndez, JM Verdaguer, R RamĂ­rez-Camacho, MA Palacios, MM GĂłmez-GĂłmez, P Kabolizadeh, J Ryan, N Farrell, I-S Song, N Savaraj, ZH Siddik, P Liu, Y Wei, CJ Wu, MT Kuo, J Zhang, X Zhao, J Goodman, D Hagrman, KA Tacka, A-K Souid, E Gabano, D Colangelo, AR Ghezzi, D Osella, N Kitada, K Takara, T Minegaki, C Itoh, M Tsujimoto, T Sakaeda, T Yokoyama, L Martelli, F Di Mario, E Ragazzi, P Apostoli, R Leone, P Perego, G Fumagalli, M Gemba, E Nakatani, M Teramoto, S Nakano, Z Yang, LM Schumaker, MJ Egorin, EG Zuhowski, Z Guo, KJ Cullen, AJ Giurgiovich, BA Diwan, OA Olivero, LM Anderson, JM Rice, MC Poirier, C Semino, A Kassim, DM Lopez-Larraza, E Lindauer, E Holler, G Samimi, K Katano, AK Holzer, R Safaei, SB Howell, M Rochdi, M Tomioka, M Goodman, AV Klein, TW Hambley, GL Beretta, SC Righetti, L Lombardi, F Zunino, MUA Khan, PJ Sadler, Y Kiyozuka, K Takemoto, A Yamamoto, P Guttmann, A Tsubura, H Kihara, C Meijer, MJA van Luyn, EF Nienhuis, N Blom, NH Mulder, EGE de Vries, R Ortega, P Moretto, A Fajac, J BĂ©nard, Y Llabador, M Simonoff, MD Hall, CT Dillon, M Zhang, P Beale, Z Cai, B Lai, APJ Stampfl, RA Alderden, PJ Beale, JP Berry, P Galle, A Viron, H KacerovskĂĄ, A Macieira-Coelho, RG Kirk, ME Gates, C-S Chang, P Lee, T Makita, S Itagaki, T Ohokawa, P Brille, AF LeRoy, Y Gouveia, P Ribaud, G MathĂ©, C Molenaar, J-M Teuben, RJ Heetebrij, HJ Tanke, GV Kalayda, G Zhang, T Abraham, A Holzer, BJ Larson, W Naerdemann, X-J Liang, D-W Shen, KG Chen, SM Wincovitch, SH Garfield, MM Gottesman, D Fink, S Nebel, S Aebi, H Zheng, B Cenm, A Nehm, R Christen, RL Hoffmann, N Carenini, F Giuliani, S Spinelli, GH Manorek, O Rixe, W Ortuzar, M Alvarez, R Parker, E Reed, K Paull, T Fojo, HC Harder, B Rosenberg, P Jordan, M Carmo-Fonseca, S Tornaletti, SM Patrick, JJ Turchi, PC Hanawalt, WH Ang, M Myint, GE Damsma, A Alt, F Brueckner, T Carell, P Cramer, K Rijal, CS Chow, D Draper, M HĂ€gerlöf, V Monjardet-Bas, MA Elizondo-Riojas, JC Chottard, J Kozelka, M Brindell, G Stochel, T Cheatham, P Kollman, K Chin, KA Sharp, B Honig, P Acharya, S Acharya, P Cheruku, NV Amirkhanov, A Foldesi, J Chattopadhyaya, P Legault, A Pardi, D Rhodes, PW Piper, BFC Clark, JR Rubin, M Sabat, M Sundaralingam, JC Dewan, YT Yu, PA Maroney, E Darzynkiewicz, TW Nilsen, P Fabrizio, J Abelson, SA Woodson, R Dalbies, D Payet, M Leng, M Boudvillain, KM Comess, CE Costello, M Escaffre, S Bombard, M Guerin, T Saison-Behmoaras, B Alguero, JL de la Osa, C Gonzalez, E Pedroso, V Marchan, A Grandas, K Aupeix-Scheidler, S Chabas, L Bidou, JP Rousset, JJ Toulme, M Hagerlof, H Hedman, HK Hedman, U Jungwirth, V Jenei, A Favre, J-C Chottard, JR Thomas, PJ Hergenrother, J Boer, KF Blount, NW Luedtke, L Elson-Schwab, Y Tor, CN N’soukpoe-Kossi, C Descoteaux, E Asselin, J Bariyanga, HA Tajmir-Riahi, G Berube, JS Saad, G Natile, H Schöllhorn, G Raudaschl-Sieber, G MĂŒller, U Thewalt, J Lippert, F Cannito, N Hadjiliadis, E Sletten, PJ Sanz Miguel, M Roitzsch, L Yin, PM Lax, L Holland, O Krizanovic, M Lutterbeck, M Schurmann, EC Fisch, SE Sherman, D Gibson, AH-J Wang, A Gelasco, GN Parkinson, GM Arvanitis, L Lessinger, SL Ginell, R Jones, B Gaffney, HM Berman, CC Correll, A Munishkin, Y-L Chan, Z Ren, IG Wool, TA Steitz, FM Jucker, HA Heus, PF Yip, EHM Moors, S Gelbel, S Banckenko, M Engell, E Lanka, W Saenger, PS Klosterman, SA Shah, K Hindmarsch, DA House, MM Turnbull, MF Osborn, JA Cowan, DE Draper, D Grilley, AM Soto, M Roychowdhury-Saha, DH Burke, AY Keel, RP Rambo, RT Batey, JS Kieft, E Ennifar, P Walter, P Dumas, DM Calderone, EJ Mantilla, M Hicks, DH Huchital, W Rorer Murphy, RD Sheardy, FR Keene, JA Smith, JG Collins Show less
In this chapter several aspects of Pt(II) are highlighted that focus on the properties of Pt(II)-RNA adducts and the possibility that they influence RNA-based processes in cells. Cellular distribution Show more
In this chapter several aspects of Pt(II) are highlighted that focus on the properties of Pt(II)-RNA adducts and the possibility that they influence RNA-based processes in cells. Cellular distribution of Pt(II) complexes results in significant platination of RNA, and localization studies find Pt(II) in the nucleus, nucleolus, and a distribution of other sites in cells. Treatment with Pt(II) compounds disrupts RNA-based processes including enzymatic processing, splicing, and translation, and this disruption may be indicative of structural changes to RNA or RNA-protein complexes. Several RNA-Pt(II) adducts have been characterized in vitro by biochemical and other methods. Evidence for Pt(II) binding in non-helical regions and for Pt(II) cross-linking of internal loops has been found. Although platinated sites have been identified, there currently exists very little in the way of detailed structural characterization of RNA-Pt(II) adducts. Some insight into the details of Pt(II) coordination to RNA, especially RNA helices, can be gained from DNA model systems. Many RNA structures, however, contain complex tertiary folds and common, purine-rich structural elements that present suitable Pt(II) nucleophiles in unique arrangements which may hold the potential for novel types of platinum-RNA adducts. Future research aimed at structural characterization of platinum-RNA adducts may provide further insights into platinum-nucleic acid binding motifs, and perhaps provide a rationale for the observed inhibition by Pt(II) complexes of splicing, translation, and enzymatic processing. Show less
no PDF DOI: 10.1039/9781849732512-00347
Pt amino-acid coordination-chemistry